不管魏忠贤是真死还是假死，反正其政治生命是结束了。而其铁杆爪牙，如“五虎”、“五彪”、“十狗”都齐齐地递交了辞呈。这一切仿佛有人统一指挥。朝堂上的大臣有点措手不及，许多和阉党有斩不断理还乱关系的大臣都没机会表现一下，为自己洗白。于是，和时间赛跑的弹劾魏忠贤死党罪行的奏折如冰雹一样砸向皇宫。其中，最起劲的是什么“四十孙”里的墙头草。
然而内廷也在洗牌，王体乾为首的司礼监秉笔集体辞职，当然这并没有给朱由检上眼药的意思。朱由检的心腹太监也只有王承恩等几个王府内侍，于是他把因王安案被发配到南京待罪的曹化淳召回来。人手还是不够，于是只能先留任张邦治等几个原来的秉笔。鉴于魏忠贤的恶劣影响，朱由检下定决心今后不依靠宦官。
朱由校让朱由检下旨，将王体乾调任南京守备太监。李永贞、李朝钦、刘若愚、王朝用等魏忠贤心腹太监也一并调往南京，同时朱由校还抽调了二十四监里的尚膳监、内官监、银作局、宝钞司、钟鼓司里的几个有本事的太监也派往南京。
此外，田尔耕被调任南京锦衣卫镇抚司镇抚使，许显纯也去南京任水军所千户。而其他辞职的魏忠贤亲信都调到南京待命。
这一系列任命把满朝大臣看看傻了，有看过西游记的官员明悟了。不管你作恶多端，只要你的后台不放弃你，你最多换个地方继续混。于是，痛打落水恶犬的行动，变成在朝中攻击草狗了。
把人先撒到朱由校今后的主基地南京后，接着要处理好自己兄弟的后事。对，就是朱由检的后事。朱由校以当年三门两殿工程还有个收尾的心愿未了，即在煤山主峰的四井一亭工程。朱由检也搞不清楚自己的老哥到底想干什么，看看花钱不多，就答应了。他哪里知道，这个可是他将来的救命工程。
工程由魏存忠负责。
金天启在最后的旅程中，和他的燕儿来过。思宗殉国处也是个著名的景点。那时他还点评了朱由检一番，可现在这个倒霉的皇帝成了他的弟弟。
金天启记得他被迫读过姚老的小说《李自成》里是怎么写的：
“带着田妃来到煤山脚下闲步，发现了这个地方，喜欢这地方十分幽静，对田妃说道：“日后战乱平息，重见太平，朕将在此两株槐树中间建一个小亭，前边几丈外种几丛翠柳，万机之暇，偕汝来此亭下小憩，下棋弹琴，稍享太平无事乐趣！”
自从他同心爱的田皇贵妃闲步此处之后，这事情、这地方、这个心愿，一直牢记在他的心中，所以到今天选择此处殉国。”
那一颗老槐树和一颗小槐树之间的亭，最后还是没有建。金天启去参观时候的亭子是后人为了纪念朱由检而建。亭子是不能建的，否则就没了后话，若崇祯挑了其他地方，不是给自己添麻烦么。
那就挖口井吧，顺便在井里偷偷挖了一条从煤山穿过宫墙直达太液池中的琼华岛的地道。地道出口建了一个临水院子，院子里有个封闭的船坞，打开闸门，船只可以从院子直接驶入太液池。
朱由校又让朱由检责令工部疏通从太液池经什刹海，最后通过德胜门水门通往护城河的河道。且今后每年都要疏通。此外，在德胜门外的护城河边还建了一个堡，堡里有马厩。
金天启从姚老的小说里知道，李自成是从居庸关打过来的，书上说：
“崇祯十七年三月十七日上午，当李自成的一部分骑兵到达北京城外的时候，首先被包围的是北边的德胜门和安定门，西边的西直门和阜成门，内城的东边城门和外城各门是直到十七日下午才被大顺军包围的，并有骑兵在外城的近郊巡逻。从此，北京城与外边的消息完隔绝。”
按理说李自成的军队从北面来，那么应该往南面跑。但是从书上所写，从哪面跑都成不了。还有要跑的也不止朱由检一个。
在阅读《李自成》时，金天启被书里描写的崇祯皇帝最后时光的凄惨所打动，看完这那几章后，心里那个憋屈，不忍和哀叹的情绪好几天才恢复过来。作为一个现代人阅读古人的小说时候的感受都如此激烈，何况现在这些小说里的人物，活生生的在他接替的朱由校的生活中。金天启不想改变历史，但他要救人，在最小影响历史进程的前提下，尽可能救人，救自己熟悉的人。
要带十几号人，还都是妇孺，在大军重围的情形下，走陆路就是走死路。所以只有走水路，京师水系发达，但是南面的河道条件不如北面好。可以从太液池往南走通惠河去通州，但通惠河在明末水量不足，河道淤积严重。
而往北的水路，河道宽，水量大，一口气能跑到德胜门，经水关入北护城河，也是又宽又深。再往东走，就是亮马河、西坝河、温榆河最后到通州。这一路水路条件也是很好的。而且，李自成的军队主要目标是京城，不会有大部队往东郊去的。但是，其中最凶险的是德胜门到亮马河这段的北护城河，必须快速通过，至于如何快速，金天启还有十几年的时间去考虑。
救命工程虽然动静不大，那也要一二个月。接下来，解决魏忠贤生祠问题。自从九千岁倒了，他的四十个生祠成了朝堂上攻击对手的地雷。为了防止地方官员毁尸灭迹，朱由检紧急下旨，所有生祠只拆除魏逆的塑像，其余一个钉子也不许动。
随后，又一道圣旨，要将这些生祠改成鲁班庙、纪念蒯祥和纪念朱载堉的祠堂。
蒯祥是明初北京皇宫的设计和监造，官至工部侍郎。由于其高超的技艺和强大的工程管理能力，被世人誉为蒯鲁班。
朱载堉为大明郑王皇族，精通音律，数学等。发明的十二平均律被誉为所有键盘乐器的理论依据。
这道圣旨不用猜也知道是木匠皇帝的意思。但是，惊天动地的还在后面。
圣旨又下，定于腊月二十鲁班先师诞辰，册封鲁班先师为匠神。不光是木匠，而是所有匠人的神，鲁班庙改名匠神庙。蒯祥封匠圣，朱载堉封律圣。
所有魏逆生祠改建的成前学后祠的结构，设立匠人学校，对就用“校”，朱由校的“校”。所有匠人划分等级，三等学徒、二等学徒、一等学徒，匠辅，匠正，匠员，匠师，大匠。匠正同秀才，匠员同副贡生，匠师同同进士。大匠依照汉唐官制为从三品。
此政一出，天下哗然，读书人都跳出来反对。匠人自古地位很低，如今被提到和读书人差不多的地位，那当然不行。更主要的是怕匠人抢了读书人的官位。
于是，为了安抚读书人，后续政策出台。匠人等级也是要分专业考试，目前专业分木作，金作，土作，水利。秋闱同时同场，限定匠员及以上人数，匠员匠师只能任工部及下属职位。
一听也要考试，读书人平衡了。任你手艺再高超，不认字也是考不出的。既然认字了，就是半个读书人了。