神，也分为先天与后天，先天之神又称“元神”，是与生俱来的承受于先天的神气。
而出生后由外景事物为心所任而逐渐产生的后天识神、欲神从本质上是完全不一样的。
修炼的最终目的，就是要把元神放出来。
甚至可以说，修炼就是修元神。
张伯端所说：“失神者，有元神焉，有欲神焉。无神者，乃先天以来一点灵光也;欲神者，乃后人所染气禀之性也”。
张锡纯也说：“元神者，无思无虑，自然虚灵也;识神者，有思有虑，灵而不虚也”。
所以目前的我们，实际上元神是在看看囚禁在身体里的，现在拿着手机，对着小说傻笑的，是后天之神。
《黄帝内经•灵枢•本神》说：“生之来，谓之精，两精相搏谓之神。”
《天年》篇又说：“血气已和，荣卫已通，五脏已成。神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”
元神是先天之性，又称“元性”、“真性”，也就是说元神没有意念活动。
就像婴儿不识不知而又具备感觉、灵动的状态，一生出来如果哭闹，一靠近母亲马上就安静了，这就是先天之性。
在修炼的状态下，人如果处于恬淡虚无的境界，这个时候呼吸绵绵，若存若亡，无思无虑，飘飘欲仙，恍恍惚惚，这一状态即乃元神所现。
先天元神与后天识神、欲神的关系是对立统一的。
人在成长过程中，质性日彰，元性日微，结果欲神将掩盖元神，此乃“气质之性胜本元之性”;若杂念纷坛则元神即退，摒除杂念则元神即现，此乃“念止神即来，念动神即去”。
一般人的先天元神都被后天识神所蔽，昼思夜梦如云遮月，因而元神隐退，识神常日主事。
通过修炼如果能做到静定归一、无思无念，识神自然隐退，元神真性显现，此即佛、道两家之所谓见性。
元神与元气、元精的关系非常密切。
“元神见而元气生，元气生则元精产矣”。
内丹修炼尤重元神，所以《金丹四百字序》说：“炼神者，炼元神，非心意思虑之神。”
内丹的修炼本主导思想既为“返本还元”，故要求以先天制后天，从有为返无为，逐步消除气质之性。只要“气质尽而本无始见，本无见而后可以用事”;“以本元之性而用之，则气力先天之气也”;“先天之气纯熟，日用常行，无非本体矣，此得先天制后天无为之用也”。
从这一意义上讲，修炼的过程，就是为了除欲神、炼元神的过程，这也是修炼的关键所在。
如果要从现代心理学的角度探讨元神，认为元神是人的一种无意识（潜意识）活动，但其并非是“未被意识到的意识”，而是与生俱来的带有明显自然属性的“原生无意识”，与出于后天生活经验的潜移默化逐步积累而成的无意识(如心理定势之类)不同，是个体的一种强大而原始的内驱力源，每个人的生命活动都在不知不觉中为它所左右，其生理基础是皮层下中枢，与真正的意识（识神）有着本质的区别。
当练动者进入气功态后，意识活动暂停，于是所有监视、压抑原生无意识，使之不能活动的因素不再起作用，这种无意识就得以充分活动起来，它不仅能迅速激发体内之生理潜能，而且对人体的脏腑经络、气血阴阳等直接进行调节，使之“阴平阳秘”，从而使机体处于最佳功能态中，达到最佳练功效果。这便是元神论在气功学中的重要价值所在。