鉴于司马迁《史记·五帝本纪》之前历史的缺失，司马贞以《三皇本纪》为其立传。但其对三皇之一的女娲的态度，却是承袭了汉代以来对女娲这一女性神帝的冷漠和贬低的说法。一方面，他无法回避前代母系社会有关女娲圣德传说的遗闻，承认女娲有"神圣之德"。另一方面，他却为把女娲排除三皇之外寻找各种理由和根据。首先，他对女娲造人、补天等人所共知的功德视而不见，认为女娲除了"作笙簧"之外，没有什么功德可言。并以此作为《易经》没有收录女娲事迹的原因。
其次，他还用秦汉以来的"五德终始"说来解释女娲被排除三皇之外的理由。按照他的解释，自伏羲后经过了数代，金木水火土五德循环了一圈，所以轮到女娲时应该又是木德。然而女娲无论是抟土造人，还是炼石补天，都显示出其土德的内质。所以女娲是"不承五运"。 类似的说法还有唐代丘光庭:郑康成以伏羲、女娲、神农为三皇。宋均以遂人、伏羲、神农为三皇。《白虎通》以伏羲、神农、祝融为三皇。孔安国以伏羲、神农、黄帝为三皇。明曰:"女娲、遂人、祝融事经典未尝以帝皇言之，又不承五行之运。盖霸而不王者也。"(卷一) 可见女娲因不承五运而淡出女皇行列的说法到唐代已经相当普遍。而到了宋代理学家那里，干脆就赤裸裸地指出，作为女人，女娲和武则天一样，根本就不应该出头露面，过问政治:"处在高位的妇女，就是女娲氏、武氏，不寻常的变动，不可以说的，所以有黄裳的警告而不都说了。" 同代的鲍云龙在程颐的基础上则更加直接地指出女娲之类女子参政的荒谬性:"阴数不能违抗阳数，臣子不能违抗君王，妇女不能违抗丈夫，小人不能违抗君子。程子说:臣子处在高位就是王莽董卓之流。还可以说处在高位的妇女，就是女娲氏、武氏。不寻常的变动是不能说的。" 于是乎，女娲一时间竟然成了女人不该过问政治、步入政坛的反面形象的代表。 明周琦也说:"女子主宰天下称王，源头在于女娲。女娲在开始建朝称君的时候，人道还是不明确的时期。如今吕氏执掌国政是在伦理正确的时间，不是女娲时期可以相比。变化也不如王陵、周勃的侍从。怎么会不危害刘氏。" 尽管周琦的主要矛头是要对准汉代的吕雉，因而还算给女娲留足了面子，说她在"人道未明之日""王天下"应该还是情有可原的。但从根本上来说，女娲也都和吕雉同出一辙，都是属于"妇居尊位"之类的大逆不道之举。 看了这些激烈言词，人们庶几不难了解父系社会中的男权主义在政治方而对于女子的介入是不可容忍。从而也就不难理解女娲女皇之治神话的文学移位是遇到了何等强大的阻力。女娲女皇之治的神话没有在后代的文学殿堂中获得像造人和补天神话那样繁荣的生机，其根本原因在于女皇问题涉及中国封建社会的最为重要的王权观念问题。 作为上古母系社会残余观念表现的女娲女皇之治的传说，在进入父系社会后在男权的挑战和排异下逐渐淡出政权统治领域，而只是保留了对社会具有积极贡献的造人和补天等等意象，使其在文学的移位过程中大放异彩。这个明显的对比和反差，极为清楚地揭示出神话在其文学移位的过程中是如何必然受到社会条件的制约和限制的这一历史规律。 蛇身、形象 "登立为帝，孰道尚之;女娲有体，孰制匠之"，语出战国中后期楚国诗人屈原《天问》之篇。关于《天问》对"女娲"的发问，东汉时人王逸注曰:"传言女娲人头蛇身，一日七十化其体，如此，谁所制匠而图之乎。"而《天问》创作宗旨，王逸认为:"仰见图画，因书其壁何而问之，以渫愤懑舒泻愁思"。 从屈原对女娲形象的发问及王逸的释义看，表明在战国中后期的楚地，女娲似乎没有形成一个较为固定的外在形象;更准确的说，在是时人们的心目中，尚没有出现一个被社会普遍认同的女娲形象。故屈原在"仰见"图画于楚先王之庙及公卿祠堂之中的"女娲"形象后，发出了"孰制匠之"的疑问。 而王逸对"女娲人头蛇身"形象的解释，尽管有所谓"传言"之依据，可能更多反映的是汉人之看法。"人头蛇身"的女娲形象，多与"人头蛇身"伏羲的形象并存于汉代画像石之中。显然，这种画像的出现，与两汉时人将女娲与伏羲并列的观念密切相关。 山东嘉祥武梁祠画像石属于东汉时期。迄今为止，最早出现可能是女娲形象的是湖南长沙马王堆西汉墓出土的帛画，上有一"人首蛇身"神像，郭沫若等学者认为是女娲像，但也有学者持不同意见 。 屈原的《天问》，以"多奇怪之事"而见称，射日的"后羿"，无夫而有九子的女神"女岐"等传说中的人物事迹，均成为屈原质问的对象。与女娲传说相关的另一重要人物--共工，《天问》中亦有"康回(共工名)冯怒，何故以东南倾"之语;但在古史传说中与"女娲"关系最为密切的伏羲，在《天问》中却未置一辞;于此，王逸似乎有所察觉，故在释屈原"登立为帝，孰道尚之"的疑问时注曰:"言伏羲始画八卦，修行道德，万民登以为帝，谁开导而尊尚之也。"由于女娲、伏羲并列的观念在汉代已经深入人心，且"登立为帝，孰道尚之"的疑问，又置于"女娲有体，孰制匠之"句前，王逸作如是解亦在情理之中 。