见天色不早，朱媺娖并没有留方以智继续细谈“大明自然科学院”的事，而是又给了一本册子。 “这是朕建立‘大明自然科学院’的初步计划，方先生可以拿回去先看一看，若有什么建议，过两日可写一份奏疏呈上来。”
“臣领旨。”
随即，方以智就带着《物理》、《化学》、《生物》三册“宝典”，以及一册《大明自然科学院初步计划》，由锦衣卫护送，离开了紫禁城，安排在锦衣卫南镇抚司下面的一处宅院下榻。 毕竟方以智所带的三册“宝典”还处于保密阶段，需要锦衣卫跟随，以确保机密不会泄露出去。 不过方以智如今倒对锦衣卫没什么恐惧心理了，或者说注意力都被从紫禁城带出的四册书籍吸引了。 匆匆吃过晚饭，在一根点了大蜡的书桌前坐下，方以智下意识地就想继续研究《物理》，或是《化学》、《生物》。 但想到朱媺娖的宏愿，方以智最终还是先打开了那本最薄的计划书。 他怕自己一打开那三册宝典，就沉迷进去，忘了别的事。因此准备先把计划书先看了，了解一番。 结果发现，这个计划书内容竟然也不简单，同样看得他啧叹不已。 开篇就对“自然科学”进行了明确的定义——所谓自然科学，是一门以观察和实验地经验证据为基础，对自然现象进行描述、理解和预测的学问。 这样乍看有些啰嗦、实则简单易懂的大白话，方以智在此前观看各期《大明报》时就迅速适应了，也理解《大明报》推行白话文的用意，并没有觉得哪里不好。 方以智继续往下看，便看到了计划书对自然科学进行了细分。 两个主要分支为物理科学和生命科学。 其中生命科学又可称生物学，三册宝典中的《生物》就是讲述生命科学的。 物理科学则又细分为物理、化学、天文、地球科学。 此外，两大分支还可衍生出医学、农学、气象学、材料学等应用科学。 所以，大明自然科学院下辖“物理科学院”与“生命科学院”。 物理科学院又下辖物理、化学、天文、地球科学等研究院。 生命科学院则下辖医学、农学、生物等研究院。 大明自然科学院的机构等级暂时比照翰林院，各类官职名称却与翰林院大不相同。 设大明自然科学院院正一名（正四品）、院判两名（从四品）。 物理科学院、生命科学院各设院长一名（从四品）、院副一名（正五品）。 下面的各个研究院亦各设院长一名（从五品）、院副一名（正六品）。 研究院又下辖各研究所，设所长（正七品）、副所长（从七品）各一名。 大明自然科学院从大明乃至世界各地招募有天赋且有志于科学研究的人员，不论夷汉，皆需有大明户籍方可。 此类人员的被划分为七级：学员、研究助理、研究员、副院士、院士、大院士、荣誉院士。 其中学员非官员，故无俸禄，只有生活补贴。 研究助理为不入流官员，研究员为正九品、副院士为正七品、院士为正六品、大院士为正五品、荣誉院士为正四品！ 看到这里，方以智不禁瞪大了眼睛，对朱媺娖发展自然科学的决心又有了新的认识。 须知，大院士已然是和内阁大学士同品级了，却还有更高品级的荣誉院士。 岂不是说，以后内阁阁臣即便遇到了荣誉院士，也需要口称下官？ 除此外，这份计划书中，还给自然科学研的官吏及研究人员都定下了颇高的薪俸。 若研究人员取得了研究成果，还将获得丰厚的奖励。 并且为了鼓励更多人去钻研自然科学，还将针对所有大明子民开设几种奖项，每隔几年进行一次评比，并给予获奖者极大的荣誉和丰厚的奖金。 不过计划书上对这一事只是略提了下，并未细讲，预备是在大明自然科学院走上正轨后，再着手去办。 等方以智将这册薄薄的计划书看完，一是半个时辰后了。 将其合上时，方以智不禁目光复杂地看着，感叹道：“若无意外，日后这自然科学院定会凌驾于翰林院之上，我大明的读书人亦将有不少弃儒学而从自然科学啊。不过，这应是好事。”
接着，方以智就看起那三册宝典来，这一看就是一夜··· 砰砰砰。 上午，敲门声将正补觉的方以智吵醒了。 他有些不解。 他是吃过早饭睡的，并且吃完饭后，还分院子里“保护”他的锦衣卫说过，没事别来打搅。 如今他还没睡多久，怎么就被叫醒了呢？ 莫非是陛下相诏？ 起来开门，瞧见外面的人，方以智一下愣住了。随即双目微红，扑通一声跪在了地上。 “孩儿拜见父亲大人！”
原来被锦衣卫带来门外的，赫然是方以智的父亲，方孔炤。 如今方孔炤五十五岁，须发斑白。自方以智被阮大钺通缉后逃遁岭南，他已有近一年时间没见了，心中颇多担心。 此时再见到方以智，亦是双目微红。 “我儿快快起来！”
方孔炤虽然曾做到封疆大吏，又是个对农民军狠辣的封建官员，可在儿女面前却是慈父。 说话间，连忙去拉方以智起来。 之后他细细打量，又不禁道：“我儿黑了也瘦了，不过如今冤案已平反，怎么还憔悴至斯？”
却是方以智熬夜读书，顶着两个大大的黑眼圈，让方孔炤误会了。 微微尴尬，方以智还是解释道：“儿子昨天得陛下召见，有幸拜读三册宝典，通宵研读，忘了休息。”
“原来如此。”
方孔炤并没有怀疑什么，因为他知道方以智是个学霸，很容易沉迷到学问之中，废寝忘食。 接着，父子两到堂屋坐下喝茶，叙说了一会儿家常，方孔炤便要离开。 “此番为父亦是得陛下相诏，今日先需到有司述职、报道，明日还要去参与御前会议，便不与你多聊了。”
方孔炤道。 方以智听了露出喜色，道：“恭喜父亲。”
方孔炤一笑，并没有在儿子面前说什么谦虚客套的话，而是起身离开，待到了院子外，又对相送的方以智嘱咐道：“我儿读书也要注意身体，别再通宵了。”