随后，方以智就坐在武英殿中看起书来。 他以为这是前所未有的殊荣，却不知，如今军务大臣、内阁大臣在武英殿跟朱媺娖开会都是坐着的。 不过，再看《物理》书时方以智心里到底拉了一根弦，记着他人在武英殿，正被皇帝看着，所以后面内容他都是尽快看。 只要看不懂的不去深究，这书他看起来还是颇快的。 可即便如此，还是到了下午太阳偏西时，他才将这本《物理》（第一册）看完。 当合上书后，方以智不禁长长地吐了口气，脸上带着兴奋之余的红润。 这时，他不禁回想起刚看到这书名时，认为是某个狂人胡编乱造的想法，顿时脸更红了。 再见朱媺娖仍坐御案前批改奏章，方以智又不禁暗暗感叹：今上不愧先帝之女，真是勤奋啊。 随即，方以智注意力又被武英殿中十几盏电灯吸引去，想起了此前回南京途中听到的那些关于朱媺娖的神异传闻，又不禁想：莫非陛下真是天女下凡？ 很快方以智就收回这些杂思，起身向朱媺娖一揖道：“启禀陛下，臣已经将此书大略地看过一遍了。”
“全书内容方先生看懂了多少？”
朱媺娖问。 “约莫五六成。”
另一边，郝光明道：“方以智绝对谦虚了，我觉得这初中物理第一册他至少能看懂六七成，甚至更多。因为这书其实删掉了原书中一小部分内容，比如说幻灯机、离心泵等实物的介绍。”
朱媺娖并没接郝光明的话，而是对方以智道：“乡试改革之事方先生应该知道吧？”
“臣今日到了南京才得知。”
“朕希望方先生能够协助报社编著《大明报》与物理、化学、生物有关的特刊。”
听了这话方以智微愣——他还以为那《物理》（第一册）就是《大明报》特刊呢，没想到竟然不是。 回过神来，他便道：“启禀陛下，若只是编著物理相关的特刊，臣或可胜任。可对于化学、生物，臣却一无所知，恐怕会有负圣恩。”
朱媺娖一笑道：“无妨，朕这里还有《化学》、《生物》各一册，方先生到时候参考着这两册书去编就行。”
说完，朱媺娖示意刘珠将两本书拿去给方以智看。 因为正在奏对中，方以智不敢花时间细看，只是扫了眼目录，发现《化学》中多是一些奇怪的符号，内容于他而言如同天书，一时根本看不懂。 《生物》中的内容他虽很容易看懂，却发现都是些耸人听闻的言论。 眼下并非研究书中内容的时候，方以智看了几眼，便将书放到一边桌上，道：“陛下既有《物理》、《化学》、《生物》三册宝典，为何不直接刊行发布，而要再编《大明报》特刊呢？”
朱媺娖对方以智此问倒不是很意外，道：“其一，这三册书中的内容，于方先生而言或许不难，可于天下大多数读书人而言，恐怕理解起来就比较困难了，并不适合全部拿去做理科乡试内容。 其二，这三册书中内容多涉及国家机密，不可肆意外传。若是让敌国得去，学会了其中一些知识，恐怕会用来对付我大明。 至少也得等我大明读书人，将这三册书中的基础内容吃透，掌握其中的各种理论后，才不怕敌国得去研读。 所以，近些年这三册书朕都准备当做‘大明自然科学院’的机密典籍，只给能进入科学院的人阅览、学习。”
朱媺娖这番话中透露的信息不少，即便是方以智，也消化了近半分钟，才道：“臣明白了。不过，这三册书中究竟哪些内容是可以编入《大明报》特刊中给天下人看的呢？”
“很简单。”
朱媺娖含笑道，“凡事以往典籍中可以查证到的内容，或是时人已经证实的内容，都可以编入报纸特刊。 除此外，如‘侧量初识’这中纯粹更改以往度量衡体系的内容，也可编入报纸特刊。 另外，待方先生编好特刊后，需先给朕查看，得到允许后方可刊发。如此，便可保《大明报》特刊内容万无一失。”
听了朱媺娖的要求，方以智先是暗暗点头，觉得确实是个不错的方法。 可很快他就发现了漏洞。 他知道这事关乎国家机密，自然不敢隐瞒，于是直问：“陛下说时人已证实的内容亦可发布于特刊，这时人可包括臣等看过三册宝典的人？”
《化学》、《生物》上的内容方以智没细看，可《物理》一书上一些理论方以智却是很有兴趣做一下证实的，也有信心做出来。 所以他才产生了上述疑问。 朱媺娖笑道：“自然包括——朕建立大明自然科学院，便是希望有如先生这般的人才能证实一些科学理论。 若先生等能证实，便证明我大明读书人真正掌握了这种理论，自然也就不怕敌国看到并掌握了，因为他们肯定比我大明慢了不止一步。”
刚开始，方以智还以为朱媺娖要将那三册宝典中的内容当做朱明皇室的秘术永不外传呢。 待听了朱媺娖这番话，才知道他小看朱媺娖的胸襟了。 注意到朱媺娖两次提及大明自然科学院，方以智便问：“陛下，不知这大明自然科学院所司何事？”
朱媺娖道：“物理、化学、生物、天文地理等学问，其实皆法于天地自然，乃是大道。 人若能明悟其中的种种道理，便可改天换地，譬如令粮食增产、令军备增强、治疗病患、解决旱灾水环虫灾等。 再说具体点，朕这武英殿中的电灯、那长江上的铁甲战船、助我大明数次击败清虏的大炮火枪等等有用之物，皆由自然科学发展所得到。 然而，此前我大明只崇儒学哲理，视自然科学为杂学乃至旁门左道，这于大明强盛是很不利的。 朕建立‘大明自然科学院’，便是要选拔天下于有此天赋的人才，以大力发展自然科学。 待我大明自然科学发展到一定程度，不仅会强大兴盛，再无边患之忧，甚至可以令大明百姓再无饥寒之难，真正的幸福安乐！”
朱媺娖到底只有十七岁，虽是女子，却是女帝，故而这一番话说到最后，她自己都热血沸腾了。 方以智虽已成熟，却是个有理想的读书人，又因这话是当今大明皇帝所说，不仅深受感染，亦是热血沸腾。 他当即深深一揖，道：“臣请加入大明自然科学院，助陛下实现此宏愿！”
朱媺娖闻言露出一个大大的笑容，很高兴地道：“朕本就是要请方先生入职自然科学院的，没想到方先生竟主动请缨，这可是太好了！”
听到这话，方以智更为振奋。 他没想到竟然被陈贞慧三人恭贺话言中，真的被陛下委以重任，一展所长。