先有明工部员外郎：骆方玺，上奏称“陛下即位之初便处置魏忠贤于大戮，岂为溺情阉宦，不过外廷诸臣无一可用而借才及之，人臣感激恩遇皆知仰报，何论内外，若内臣蒙恩受重任，孰不欲弃捐顶踵以酬陛下。”
因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，就以明内官监太监：李明哲，提督五军营、明尚膳监太监：杜勋，提督神枢营、明印绶监左少监：阎思印，提督神机营、明直殿监右少监：郑良辅，总理京城巡捕。明崇祯十一年公元1638年正月14日，由于朝廷连年用兵，财源匮乏，又加上中原地区天灾人祸，导致国库逐渐供应不了日常开支，因此明工科都给事中：傅元初，便奏请朝廷请开福建承宣布政使司海禁与尼德兰人（荷夷）以通商佐饷，被明毅宗批准大明由此进入国库5千万两黄金。正月23日，朝廷裁南直隶皇城南京冗员89人，吏部主事一人、户部库大使五人、兵部主事二人、兵部会同馆副使二人、工部右侍郎一人、工部营缮清吏司主事三人、都察院监察御史七人、都察院照磨所一人、通政司经历使一人、大理寺左右寺丞各一人、翰林院孔目一人、詹事府主簿厅一人、国子监国广业堂助教一人、光禄寺珍羞、良酝署正二人、行人司右司副一人、宗人府经历使一人、太医院生药库大使一人。2月11日，明詹事府左春坊左中允：陈子龙，编辑的《皇明经世文编》完成，总计五百零四卷，补遗四卷，共分为；政治、文教、武备、皇室，这四大类。子目六十一项、集明初至今崇祯十一年的书籍，共有4百27人之文集奏稿，保存了大量明代政治经济资料，是研究明代历史的重要文献，该书还收集了相当多的满清统治者祖先和大明帝国的关系，记录了满清皇帝最不愿意让人们知道的史实。因此该书也是研究满清前期～后金历史的重要文献，主要有十一人负责编成，二十四人参加选辑，列名参阅一百四十二人。2月17日，明沿海总兵：陈洪范，在夺回石城岛后，又继续追击叛贼：沈志祥，去到黄骨岛上，面对走投无路的情况下，叛贼：沈志祥，也学满清三顺王的做法，也派遣部将：吴朝佐、金光裕，前往满清盛京上疏请降。此时满清太宗：爱新觉罗·皇太极，正在漠南蒙古打猎，还宴请诸王贝勒们共进晚家宴，仅有满清安平贝勒：爱新觉罗·杜度，前来招待使者还让使者转告让其放弃黄骨岛，前去安山城。随后自己便带领部下去沙河堡接应。等满清安平贝勒赶到后，由沈志祥带头归降，麾下有部将；左右参将9人、游击将军18人、都司31人、守备30人、千总40人、诸生2人，共计军民2千5百人。2月23日，满清太宗亲征骚扰归化城的漠北蒙古喀尔喀札萨克图汗：孛儿只斤·素巴第，途中经过万全都指挥使司时，就向大明边臣致书要求「讲和开市」，毕竟关外小冰期粮食紧缺。但是明宣大总督：卢象升，一眼就看出来了满清这是借着开市名义补充物资，好继续攻打大明，因此予以拒绝，还强调道“他夷可抚，东虏建奴断不可轻抚。”
并对满清八旗严阵以待，还以重炮击退满清使者。就有人上报此事，对此满清太宗极为重视，毕竟此人可是大明海上的官二代若是归降大清，那么对于日后招揽明将大有帮助。因此第一时间就命令满清内国史院笔帖式：胡球、满清户部承政：纳拉·马福塔，等官员先犒劳明降将：沈志祥，为他接风洗尘并选出铁岭卫、抚顺守御千户所，两处给他当做屯军之地。最后沈志祥选择了抚顺守御千户所作为屯军所，还被满清太宗赐封为〈续顺公〉。3月26日，明沿海总兵来往于石城岛，一面处理明叛将：沈志祥，之乱的善后事宜，一面又屡次派人联络李氏朝鲜王国继续抗清以及恢复海岛之事。但李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，却迫于满清的压力，所以并没有接受明沿海总兵送来的文书，也没有回复！不过这倒是让李氏朝鲜义州府府尹：林庆业，非常担心会引起满清方面的察觉？便派人哭着劝说陈总兵的使者，近期就不要再来李氏朝鲜王国了，以免引起不必要的的麻烦。4月10日，明兵部尚书：杨嗣昌，以明叛将：沈志祥，降清为契机特此下令将东江镇所辖诸岛剩余数千名军民，尽数撤到辽东都指挥使司地区不得有误。4月18日，明宣大总督：卢象升，之父明南直隶宜兴县知县：卢国霦，在山西行都指挥使司阳和卫探望完儿子卢总督后，便在返乡途中不幸去世！5月11日，明宣大总督得知父亲去世的消息后，痛不欲生，连忙上疏朝廷乞求回乡奔丧，但是他的职位特殊且负责防御漠南蒙古诸部以及满清军队，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，不准轻易离职，只是让他以席丧代替。因此卢总督只得身披麻衣、脚穿草履、头裹白巾，还连上七次奏折请求回乡，无奈之下明毅宗也不是不讲情义之人，便派明居庸关监军：高起潜，为［宣大监军］，并明宣府总镇巡抚：陈新甲，为新任〈宣大总督〉才让卢象升穿着丧服交接回乡奔丧。5月24日，明刑部尚书：刘之凤，奏陈道“天下囚徒皆五年一审录，而高墙内宗室罪犯，长期不予审讯，请对高墙罪同于天下四徒例。”
对此明毅宗给予批准，还规定高墙罪宗室五年一审例，还下令京师军民殊死以下特许保候即结。6月初2日，在北直隶帝都顺天府内城西直门内的安民厂火药局发生重大事件，随着一声轰雷响起，方圆十余里内，地轴摇撼不已如地震一般，宫殿屋瓦均被震碎，梁尘飞扬西北隅白云滃郁，弥漫亘空，中夹苍黄黑子，旋转云际。许久烟雾才散去，周边的树木均枯萎，街边行人或死或伤，死皆焦黑如炭，明安民厂太监：王甫、明广平库使：张之秀，当场俱毙！事后据查居民死伤万余人，武库几乎空荡，朝廷只得发五千金赈恤。8月15日，因外戚明英国公：张春，等数家诳财虐民，每征子钱，夺人田宅子女，惹得官员上奏刑部用刑。气得明毅宗立即出面口谕外戚明博平伯：郭振明，等人说道“皇戚驸马之家，姻联帝室，禄享天糈，回视闾阎，不啻天渊，仁人君子，当此遭际，必安心守分，不负国恩，厚德养俭，以保身名。乃有蔑弃礼法，或滥交（岂页）权，至纵令恶棍鱼肉小民，受献霸占，科道瞻徇，有司畏忌，彼茕觊细民，含冤抱恨，惟诅谤呼号而已，天怒降殃，国法罔贷，幽则嗣斩，显则身刑，人鬼交责，即拊心自悔，嗟何及矣，我宣宗章皇帝外戚事鉴，分别善恶，各有报验，足示劝戒，特赐省览，盖不干法纪，即是尊君；不思害人，即是积德在国恩礼无亏，于己身名俱泰，何其之美！”
8月23日，满清太宗开始任命满清和硕睿亲王：爱新觉罗·多尔衮，为［奉命大将军］统率左翼军、明镶红旗多罗贝勒：爱新觉罗·岳讬，为〈扬武大将军〉统率右翼军、明安平贝勒：爱新觉罗·杜度，等为副将，出兵攻明。9月22日，清军八旗第三次绕道漠南蒙古地区入寇中原，由满清扬武大将军兼镶红旗多罗贝勒：爱新觉罗·岳讬，打头阵从大明帝国北直隶密云后卫北边墙子岭长城而入青山口长城地区。由明蓟辽总督：吴阿衡、明密云后卫总兵：鲁宗文，率军出击结果战败而死！仅有明密云中卫监军：郑希诏，带领残部侥幸逃脱。满蒙联军成功长驱直入，屯兵于牛栏山上，此时准备回乡的卢象升带领天雄军在半路上，得知万全都指挥使司地区有明军急行军的消息后，才得知东虏建奴入侵，便也连忙赶回京师驻防。9月24日，大明京师附近卫所州府县彻底戒严不准进出，因此天雄军就驻扎在定边卫，这次满蒙联军们打算兵分二路侵略中原地区。9月28日，由满清奉命大将军兼和硕睿亲王：爱新觉罗·多尔衮，从青山关长城而入，两军在京郊通州三卫会师，是为「戊寅之变」。当时卢象升刚入京师内城，就有朝臣们商议推荐由卢象升来担任抵御东虏建奴的主帅，就连明毅宗也认为比较合适，就命卢象统率万全都指挥使司宣府镇、山西行都指挥使司大同府两地军队。于是就调明宣府总镇总兵：杨国柱、明大同总镇总兵：王朴、明山西总镇总兵：虎大威，三人迅速领兵入京师勤王，并让卢象升负责总督天下援军，还第三次赐予〖尚方宝剑〗。但卢象升闻讯却伏地痛哭，还请求陛下解任继续放他回乡奔丧，明毅宗听后不准，而是命他先打退东虏建奴再说。10月初4日，明毅宗召见卢督师于武英殿后的平台，群臣们都在商议当下如何应对？而卢督师升则针对明兵部尚书：杨嗣昌，的主抚（即主和）之议，并对明毅宗说道“陛下命臣督师，而臣意主战！”
听完这句话后，明毅宗的脸色一变，过一会儿才说道“朝廷原未言抚，这都是外人议论，爱卿不必在意。”
但卢督师却又接着向明毅宗询问杨尚书，是否曾以（格苗的典故）来主和？明毅宗则表示东虏建奴鞑子与上古的三苗不同，早已凌犯我天朝，决不可轻易讲和。紧接着明毅宗还对卢督师说道“此次剿虏与剿寇不同，还望卿宜慎重！”