另一支满清偏师则在前港失利，损失颇多，其后满清户部承政：纳拉·马福塔、满清正白旗梅勒章京：他塔喇·英俄尔岱，趁明军不备之时督率清军及李氏朝鲜军队乘船挂帆鼓噪而进，终于突破了明军的防线。两路清军乘胜进攻，李氏朝鲜军队本来不愿登陆作战，但在清军的压力下也不得不下船。其中李氏朝鲜炮手们，还在战役中发挥了很大的作用，负责轰炸岛上抵抗的明军，尽管明军占据制高点顽强抵抗，导致清军在局部战斗中受挫，但也很难再挽回败局。最终明莱州府副总兵：金日观、明登州府总兵：楚继功、明皮岛千总：张盘、明东江镇千总：朱国昌，等将领都力战殉国。唯有明东江总镇总兵：沈世魁，率领残部杀了出来在逃跑寻船过程中，还让其妻儿先离开，并说道“本镇当死于此！”
随后就被老仇人满清水师总兵：耿仲明，麾下的满清汉军水师梅勒章京：刘福，所擒住并押送至满清户部承政与满清多罗武英郡王面前，但明东江总镇总兵却坐而箕踞，毫无惧色。满清户部承政就用流利的大明官话，问他“你怎么不跪下？”
明东江总镇总兵说回答道“本镇怎会跪东虏建奴鞑子？还是快杀了本镇吧！”
这番话让满清户部承政非常恼火，当即让人去脱他的锁子甲，但却被明东江总镇总兵给挣脱开来，并骂道“凭什么要脱本镇盔甲？尔等一贯的作风就是杀其人穿其衣，今日杀了本镇之后你们就可以穿我的血衣，本镇绝不如你所愿，东虏建奴鞑子不会长久的。”
说完之后就仰天大笑，气得满清户部承政连忙下令将明东江总镇总兵拉去斩首，枭示旗下。清军还对皮岛上的所有男丁，一律格杀勿论，不过从前与明降将孔、耿、尚，三人有过交情的则暂时保住了性命。4月12日，满清多罗武英郡王：爱新觉罗·阿济格，的捷报传到大清国都盛京城时，十五载后顾之忧，一朝解除，不禁让满清太宗：爱新觉罗·皇太极，闻之龙颜大悦，还立即派遣满清国史院大学士：刚林，等人赍敕谕至皮岛，褒奖诸将。此次「皮岛海战」以清鲜联军大获全胜而告终，清军付出了阵亡260人的代价，换取了明军阵亡上万人，只有明东江总镇总兵：沈世魁，之侄明皮岛左参将：沈志祥，率领5千余名残兵逃到了石城岛，与明沿海总兵：陈洪范，会合。至此皮岛汉人军民以及商人们半死半逃，有365名水手和3116名妇女儿童被清军掳走。此外清军的战利品还有蟒素缎匹42880匹、盔甲3417件、白银3万1千两、银器、玉斝及朱砂、玛瑙、璩珀、水晶，等杯共253件、琥珀3枚、犀牛角2140对、布匹氊条共191000多件，骆、马、牛、骡、驴共640多个、大船72艘、弗朗基大炮10门。这让大明帝国经营了十五年之久的皮岛失守，损失了大量兵力和物资，而满清太宗：爱新觉罗·皇太极，则解除了困扰多年的后顾之忧，终于可以放手大举侵略大明了！4月14日，清军凯旋而归，满清太宗下令重赏了李氏朝鲜参战将领，李氏朝鲜义州府府尹：林庆业、李氏朝鲜平安西道兵马节度使：柳琳，又以皮岛可比大城，特颁谕旨，命从优议叙先锋队的，满清镶黄旗牛录额真：瓜尔佳·鳌拜，等有功将士，赐［三等男爵］、封号〈满洲巴图鲁〉。战后满清太宗就开始责备，清军中的汉人部队（乌真超哈、天佑军、天助军）在此次战役中的表现非常消极，主要还是满洲八旗兵发挥了作用，大概就是指这些汉人将领，原本都是原东江镇、皮岛部、辽东都指挥使司的明军原因。待清军撤退后，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，听说明东江总镇总兵：沈世魁，死节的经过后，对他刮目相看。还大加称赞道“朝鲜语：沈总镇总兵乃身于商贾之中，终至死节，甚是忠义之人也！有逃生之路，而效死不去，大明可谓有人矣！”
并指示有关部门准备棺椁，礼葬明东江总镇总兵以及死难的明军将领。同时明分宜县学教谕：宋应星，写著了《开工开物》刊行，共有三卷18篇，全书收录了；农业、手工业，诸如砖瓦、陶瓷、硫磺、烛、纸、兵器、火药、纺织、染色、制盐、采煤、榨油等生产技术。尤其是每一产品，从原料到成品的生产过程和工序，都有详细记述，且附有二百幅图画，具有极高的科学价值。4月22日，深得明毅宗信王崇祯帝：朱由检，信任的明兵部尚书：杨嗣昌，在听说皮岛陷落的消息后，他决定把逃出来的军民，分配到皇城岛、觉华岛，两地做到军民归属于；宁远卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁中屯守御千户所（松山堡）、宁远中左守御千户所（塔山堡）、宁远中右守御千户所，这八城。然而明沿海总兵却继续恋恋不舍于恢复孤岛，仍在李氏朝鲜王国黄海右道诸岛附近徘徊。4月26日，还向李氏朝鲜王国送去票文加以怀柔，又给在皮岛之战前向大明帝国通风报信的李氏朝鲜平安西道兵马节度使：柳琳、李氏朝鲜义州府府尹：林庆业，下达命令任命他们为一个为〈水师总兵〉，另一个为［水师副总兵］。打算让他俩配合着恢复大明海上岛屿的抗清事业，但两位李氏朝鲜将领却表示难以从命，毕竟还有满清将领在监视。所以5月初3日，任不死心的明沿海总兵还在长山岛，接见了被明军护送回国的李氏朝鲜冬至使：金堉，并让他转告李氏朝鲜郡王五件事，包括马上派使者前去德川幕府（日本）联络盟军，意在同仇共耻，合力恢剿。同时又向朝廷请求调集大明天津三卫、登莱两府、威海卫、福建水师、广东水师，甚至是闽浙水师前来增援。可见明沿海总兵：陈洪范，仍继续尝试他的〔复海计划〕意图拉拢李氏朝鲜王国，恢复之前东江镇皮岛与李氏朝鲜王国抗清的局面，但李氏朝鲜郡王可是刚见识过了满蒙大军的可怕，因此对于明沿海总兵提出的五件事，似乎面有难色。就连明兵部尚书也觉得这事操作起来，难度系数太大，且耗资巨大得不偿失，毕竟大明还有围剿中原农民军以及救治瘟疫，国库压根不能满足海上大用兵的开支，因此就否决了他的这个计划。还希望他能撤到大明辽东都指挥使司海域，附近的皇城岛、觉华岛，一带坚守辽西防线，李氏朝鲜使者也识趣的回国了。5月15日，满清太宗虽然责怪汉人将领，但东江镇与皮岛等地岛屿，毕竟还是被汉人将领们成功拿下了，因此便加封明降将满清都元帅：孔有德，为〈恭顺郡王〉、满清水师总兵：耿仲明，为［怀顺郡王］、满清金州卫总兵：尚可喜，为「忠顺王」，满清广宁卫先锋右参将：麻登云，为『督催粮草使』。5月20日，明刑科都给事中：傅朝佑，上疏弹劾明中极殿大学士：温体仁，「六大罪」因此得罪于明毅宗信王崇祯帝：朱由检，还得罪于祖宗、得罪于天地、得罪于封疆、得罪于圣贤、得罪于心性，当即就被明毅宗下令打入刑部狱中治罪。5月26日，在李氏朝鲜王国黄海右道石城岛附近，逃出去的明皮岛左参将：沈志祥，借着官二代的身份四处收揽东江镇与皮岛的溃军，企图自立门户继承叔父的〈东江总镇总兵〉官职。为此明皮岛左参将还带兵前去向明登莱监军道：黄孙茂，索要［东江总镇总兵敕印］但却被拒绝了，还称；必须要有朝廷诏命才能胜任。这气得明皮岛左参将一怒之下，当场就杀了明登莱监军道：黄孙茂，又骗来明东江总镇副总兵：白登庸，等将领借着商议事情为由趁机斩杀。意图夺取明沿海总兵：陈洪范，的兵权并挟持陈总兵，逼迫陈总兵承认他的地位，还授封其为〈东江总镇副总兵〉，但陈总兵却借口说要去登州府为伪明东江总镇副总兵：沈志祥，请命让朝廷下诏书。从而得以脱身回到山东承宣布政使司登州府。7月11日，明陕西布政使司右参议：史可法，因功绩著作擢升为「都察院右佥都御史」，被调去巡抚南直隶；安庆府、庐州府、太平府、池州府，以及河南承宣布政使司、湖广承宣布政使司、江西承宣布政使司，等九个布政司提督军务，设额兵万人。然而明都察院右佥都御史：史可法，却目光短小精悍，面黑心粗，目烁烁有光，又有廉信肯与部下吃苦，故得士卒们效力。7月15日，明兵部尚书：杨嗣昌，奏请朝廷处置让石城岛兵变的明沿海总兵：陈洪范，并让他戴罪立功，负责出海捉拿叛贼：沈志祥，得到了明毅宗的批准。8月26日，从山东承宣布政使司登州府领兵出发到石城岛的明沿海总兵：陈洪范、明山东总镇总兵：倪宠，一起擒获了手刃明登莱监军道：黄孙茂，的叛贼明皮岛游击将军：李逢春、明石城岛千总：李毓秀，父子俩。但是明山东总镇总兵却与他争功，明毅宗就责令他继续前去捉拿叛贼主犯：沈志祥。11月10日，明司礼监太监：曹化淳，受命提督京营戎政，这是他再次担任此职位了，辽东都指挥使司的危局日渐衰落，中原地区又久乱不平，因此明毅宗更加有意启用宦官监军重要军事重地。