到了正月13日，明太宗燕武亲王：朱棣，在行过大祀天地从南郊归来之时，文武群臣们开始行庆成礼，由明礼部尚书：李至刚，带头提出改北平行都指挥使司为〈北京〉、改应天府皇城为〈南京〉，还故意编造出理由道“自古帝王，或以布衣平定天下，或繇外藩入承大统，而于肇迹之地皆有升崇，今见北平承宣布政使司，乃陛下承运龙兴之地，宜遵太祖高皇帝设中都留守司之制立为京都。”
此奏当即就被允诺下来。2月初3日明太宗又设置了北京留守行后军都督府、北京邢部、北京国子监，并改北平府为〈顺天府〉，北平行太仆寺为（北京行太仆寺），以及行都督府还设置了左右都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事等无定员。邢部则设置尚书二人、侍郎四人，六曹吏户礼兵刑工，各设有；郎中、员外郎、主事一人，还改明户部尚书：郭资、明刑部尚书：雒佥，两人为〈北京邢部尚书〉。2月12日因之前北元益宗乌萨哈尔汗天元帝：孛儿只斤·脱古思帖木儿，被乞儿吉斯部首领兀雷帖木儿汗：乌格齐·鬼力赤，杀害！而乞儿吉斯鬼并非元帝后裔，导致各部落多不服气，又遭到北元恭宗兴原帝：孛儿只斤·恩克卓里克图（也速迭尔）放弃大元皇帝称号，改称〈鞑靼〉自称大汗，明太宗得知事情后立即遣使给乞儿吉斯首领以通好，并赐与银币等物件。早在明洪武四年公元1371年，大明帝国就在原吐蕃等处宣慰司设置了乌斯藏卫指挥使司、朵甘卫指挥使司以及宜慰使司元帅府、招讨司、万户府、守御千户所等行政机构。明洪武七年公元1374年起开始升朵甘卫指挥使司、乌斯藏卫指挥使司二卫为〈都指挥司〉等到明太宗登基称帝后，听说乌斯藏行都指挥使司僧人：哈立麻，精通道术善于幻化，被称为「尚师」，很想往征一晤。随后明永乐元年公元1403年2月18日，明太宗派遣了明司礼监少监：侯显，同僧人：智先一道，带着书币出使陕西行都司、乌斯藏行都指挥使司，以征召尚师：哈立麻，并挑选壮士健马护行。到京师之后明太宗诏命明驸马都尉：沐昕，出迎并在奉天殿内亲自接见尚师，赐领天下释教，明司礼监少监因奉使有功被擢封为〈司礼监秉笔太监〉奉诏出使周边各国。明太宗还让明翰林院大学士：解缙，负责编写〈永乐大典〉总裁，以及修编〈明太祖实录〉、〈列女传〉等书籍。3月初5日因念及兀良哈三卫扶持自己登基有功，故此特意把大宁都指挥使司所辖地区全部割让给兀良哈三卫作为回报，并调营州左屯卫、营州右屯卫、营州前屯卫、营州后屯卫、营州中屯卫和东胜左卫、东胜右卫至内地，并改北平行都指挥使司为大宁都指挥使司，还把大宁都指挥使司所辖都司府内迁至保定府境内，至此辽东都指挥使司和宣府左卫、宣府右卫、宣府前卫之间的声援隔绝，算是间接的削弱了大明帝国北部的防御能力。然而在辽东都指挥使司关外的女真三大部落；建州八部、海西女真部、东海女真部(野人女真)自从女真斡朵里部首领万户侯：爱新觉罗·孟穆特（猛哥帖木儿）被明帝国天子分封为朝廷官员之外，在加上朝廷经常派遣使臣前关外四处招抚还往东海女真部宣谕，才使得不断有女真部落首领率众入山海卫进关来朝。11月12日明太宗亲自接见了来朝的女真胡里改部首领：阿哈出，等人，再加上女真胡里改部首领帮助大明帝国招抚了东海女真部一些小部落首领，故此被明太宗在女真胡里改部正式设置了〈建州卫军民指挥使司〉任命阿哈出为卫指挥使，娶其女为嫔妃，还赐老丈人汉姓「李思诚」。其余部族人则被委任为千户、百户、卫镇抚、总旗、小旗、千总、把总等官职，赐给诰印、冠带，还设置了建州卫经历司，从此大明帝国在女真族地区开始了大规模的设置卫所机构。明永乐二年公元1404年正月19日，明太宗亲自下令禁止民间海船下海，原有海船全部改为平头船，所在地方设有（备御千户所）防止其私自出海，依旧有福建承宣布政使司塘县沿海居民私载海船出海远行西洋贸易，因而为浪人或者贼寇，所辖地区州府县官员如实奏报朝廷处理。2月有苦兀女真部首领：把刺答哈，忽剌温兀者首领：阿剌孙，脑温部首领：古驴，等人来朝进贡，明太宗一高兴便设置了〈奴儿干卫〉管理此处，并以把刺答哈为奴儿干卫指挥使、阿剌孙为奴儿干卫指挥佥事，古驴为奴儿干卫镇抚，并赐以诰印、冠带、袭衣及钞币等，以此说明黑龙江下游地区归入大明帝国版图。之后明太宗又在斡难河、黑龙江流域的南北地区以及松花江、乌苏里江、格林河、恒滚河等流域先后设置了120个卫、10个守御千户所，进一步加强了对该地区的统治。11月因为明太宗在直沽县为海运商船往来要地位置十分重要，故此设立〈卫〉筑城，而自己也曾是在这里起兵南下的，为了纪念「靖难之役」的胜利，明太宗赐名为〈天津卫〉意谓着此地乃是天子经由之渡口。故此设置天津卫码头巡司屯守直沽县，由于海运只能抵达直沽县，再用小船运至北京，故命在天津卫置露屯一千四百所，用来储蓄物品。12月又设置了天津左卫码头巡司。之后又派遣使臣去陕西行都指挥使司封原驻守在哈密力的北元肃亲王：孛儿只斤·安克帖木儿，为大明忠顺郡王，又设置哈密卫管理此地。在明永乐三年公元1405年6月15日明太宗派明司礼太监：郑和，带着27800人乘座62艘宝船下西洋，第一次远航大明船队对外宣布天子恩惠安抚边邦诸国，而西洋诸国也都派遣使者去朝见大明皇帝。在途经麻喏八歇国（满者伯夷国王：维克拉马法哈纳）时，因为该国有战乱分东、西二王经常互相交战，待明军们经过之际西王不知情误以为是东王帮凶，故此派人半路劫杀前队大明宝船登岸人员，事件发生之后西王得知真相立即就派了使者前来谢罪，明司礼监太监看在西王主动请罪受罚，以及不知情的份上对该事件予以了克制和原谅。之后在三佛齐国时遇到了抢劫商旅的渤林邦国酋长：陈祖义，他见大明宝船上财货众多就打起了小算盘，计划用诈降计攻打明军船只在杀人夺货。此等计谋自然是瞒不过身经百战的明司礼监太监的，因为他不是宫里面只会佞言的无能太监，而是足智多谋的文人军师，结果可想而知等他们靠近大明宝船之后，明军不仅没混乱反而还以〈布雷船〉用火攻打败渤林邦海盗军并活捉渤林邦国王献给明太宗，当即就被朝廷下令斩首，并在渤林邦国境内设立「旧港宣慰使司」来管理此地。同时琉球山南国王：承察度、中山国王：察度、山北国王：帕尼芝，三王来朝分别被明太宗赐以冠带、诏书与〈尚姓〉。明永乐四年公元1406年因附属国安南辅政太师：胡季犛，谋害陈顺宗：陈颙，和陈少宗：陈安，彻底灭亡安南陈朝，建立起了安南胡朝改国号为〈大虞〉自称「国祖章皇」但是并不敢叫（朕）而是叫（矛）后来在陈朝旧臣们的反对下以及害怕大明才让位给二子开天皇：胡汉苍（他有陈朝宗室血统）故此得到大臣们拥戴。11月15日明礼部郎中：夏止善，奉诏前往安南国，赐封安南开天皇：胡查（黎汉苍）为安南国王还遣使谢恩也得到明太宗的承认。之后安南国先攻打占城国，两军交战之际占军节节败退，不得已上奏请求大明帝国派兵支援，而明使来调解过后安南国同意归还占城国土，可此时又遇陈朝家奴：阮康，谎称是陈朝后裔：陈天平，要朝见明太宗告诉实情，最后明太宗派遣明广西都指挥佥事：黄中，带领5千明军护送陈天平回安南国。但是途中却被安南左相国：胡元澄，斩因此明太宗大怒命明新成侯兼征夷大将军：张辅、明平西侯兼左副将：沐晟，带领20万明军南下镇压安南国，而安南胡朝方面派了7万胡军号称〈百万大军〉对战明军。经过二年时间明军彻底攻灭胡朝，明太宗在此地设立了〈交趾承宣布政使司〉并把安南左相国带回去应天府内关押，本以为他会一辈子坐牢，却没想到因为会制作火器而被明太宗释放赐封他为（工部左侍郎）又拜为工部尚书，负责献上；交趾神铳、木神铳、霹雳火球、引火球、毒药烟球，等作战使用的火器成为明军主要军事武器。使得交趾承宣布政使司与刚封的大明西域哈密卫忠顺郡王一起被纳入大明疆域，并在缅甸宣慰使司境内增设底兀剌宣慰使司、大古刺宣慰使司、底马撒宣慰使司。明永乐五年公元1407年明司礼监太监再次奉命出发南下西洋，访问了占城国、暹罗国、爪哇国、苏门答剌国，又往天竺洋驶去，以柯枝国和古里国为目的地，大明使臣在古里国正式册封古里王为大明帝国附属国，并在古里国刻立石碑以纪念这一盛事。但到锡兰国之时大明船队登陆之后，就向有关佛寺布施了金、银、丝绢、香油等物品，正因如此当即遭到了锡兰国王：阿罗伽拘那罗五世：亚烈苦奈尔（锡兰西南部僧诃罗王国权臣）的惦记，他先是送信交好把明司礼监太监诱骗到岛上。