之后9月朝廷就升明山东布政司左参政：铁铉，为〈山东左布政使〉，并改命明山东都指挥使：盛庸，代替明曹国公：李景隆，继续抵抗燕军南侵。12月初8明安陆侯：吴杰、明后军都督府都督佥事兼北平行都指挥使：平安，防两人防守定州，明山东都指挥使驻扎在刚刚收复的德州卫，明万全都指挥使：徐凯，则屯兵在沧州，三方互为掎角。燕军首先袭击沧州擒获明万全都指挥使，夺其辎重进逼济宁卫，明山东都指挥使立即率军驻扎在东昌府进行拦击背城列阵，明燕武亲王率军铁骑直逼山东明军的左翼，但山东明军变换阵形临危不惧。接着燕军又冲其中军，明山东都指挥使很自信的张开队列放燕军进来，再用兵收拢层层包围，燕军中军主将：张玉、燕军北平都指挥佥事：朱能，率领兀良哈三卫骑兵来救，与明燕武亲王会合拼死突围而出。但燕军中军主将却不知燕亲王殿下已被救出，仍在阵中冲杀最终力竭被明军长矛队包围刺落下马而死，时年58岁！导致燕军大败，许多燕军被明军火器所伤，只有明燕武亲王以数百名骑兵殿后，才能安然退至山东承宣布政使司馆陶县，可依旧被明山东都指挥使传令明安陆侯、明北平行都指挥使从真定府抄近路拦截燕军归路。然而待得胜捷报回去朝廷之时，却遭到了明惠宗的反感与大怒，因为之前自己下令削藩已经逼死了一个十二皇叔明湘献亲王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔燕武亲王：朱棣，的话那么自己就是千古罪人了！故此他下了一道诏令去前线，让围剿燕军的明军们有些懵圈？他的一道圣旨“朕要见到活的叔父押来应天府。”
才因此使得明燕武亲王逃过了多次被围困的劫难，正是明惠宗的这种妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。在明建文三年公元1401年正月由于明军不敢过多围攻燕军，才让燕军得以喘息过来，朝廷经过兵部商议不得不重新启用明兵部左侍郎：齐泰、明翰林院大学士：黄澄，官复原职留朝参政。紧跟着明安陆侯、明北平行都指挥使两人在深州之战中失利，燕军才得以返回，在这次战役中燕军精锐几乎丧失殆尽，幸亏明山东都指挥使及时赶到打退燕军声威大振，明惠宗亲自为此祭庙告捷。3月燕军又南出保定府，明山东都指挥使则扎营在夹河，被明燕武亲王轻率骑兵来探掠阵而过偷袭侧营，气得明山东都指挥使立刻派遣千名骑兵追击，还反被燕军射箭击退。双方交战过后明山东都指挥使军持盾而进，明燕武亲王则命步兵先攻，骑兵则乘机迅速推进，明山东都指挥使大怒亲率军力战，斩其燕军北行都指挥同知：谭渊。而燕军左军都指挥使：朱能、燕军万全都指挥同知：张武，等部将也率部殊死战斗，明燕武亲王则以轻骑穿越阵地与燕军左军都指挥使会合，明山东都指挥使的援军明山西行都指挥使：庄得、明河南都指挥使：皂旗张，等将领战死，但是燕军在这一天内也死伤惨重几乎大败。第二天再战燕军在东北，明山东都指挥使在西南，从早晨战至下午双方互有胜负，待两军都已疲惫之时，将士们各自坐下休息。随后又开始交战，忽然东北风大起，飞尘遮蔽天空，燕军乘风大喊左右横击，打得明山东都指挥使大败逃回德州卫从此气沮不已，燕军山东都指挥佥事：李远，在沛县焚毁明军运粮船只，使得明军缺乏粮饷不敢轻易出兵。燕军才能继续组织军队大规模南下，败明山东都指挥使于滹沱河，再败明安陆侯于藁城，朝廷震怒直接让明兵部左侍郎在外募师勤王。当时明燕武亲王虽多胜但也损失颇重，而朝廷军源颇广不必担心，燕军在北平行都指挥使司、山东承宣布政使司一带所攻下的城邑，等军撤回后又被朝廷军队所占据。5月朝廷辽东明军又南下围攻永平府，燕军山海卫指挥佥事：吴兴旺、燕军抚宁卫指挥使：谷祥，将其击败。当时驻守县中嵩林庄、高家庄的燕军与辽东军对垒八十天，以燕军开平卫百户：陈华，阵亡于良儿庄而继续推进。11月明辽东总兵：杨文，进攻抚宁卫，结果被燕军反扑大败！是月在燕亲王府内评论战守永平府功绩，所有军士官升一级。同年12月底京畿应天府皇城有内臣自京师送信来北平行都指挥使司告密，让明燕武亲王得知应天府兵力空虚可图大计，便决计改变战略转攻南下。明建文四年公元1402年正月明燕武亲王率师绕开山东承宣布政使司济南府从东昌府全力南下。4月燕军连破明左军都督府左都督：何福、明北平行都指挥使：平安，两处明军横过河南承宣布政使司汝宁府进入中都留守司凤阳府地界。5月朝廷辽东军又出击攻打永平府，燕军抚宁卫指挥使则引兵过小凌河到十八里铺击退辽东军论功官升一级。就连李氏朝鲜太宗靖安君恭定郡王：李芳远，以及辽东都指挥使司境内刚刚控制了女真各部落的北方大明建州卫万户侯：爱新觉罗·孟穆特，也都纷纷归顺明燕武亲王，所以在解除了后顾之忧燕军才敢放心南下。随后在中都留守司凤阳府灵璧县之战中由明燕亲王世子：朱高炽，率领大军从后方偷袭明军粮草，在冲入中军活捉明北平行都指挥使：平安，唯有明平燕将军：盛庸，独自率军向南在淮水南岸排列战船。燕军中军都督府都督同知：丘福，偷偷渡过淮河出现在明军后面，牵制住明军打得他们力不能支只得退守长江，待燕军渡过淮水由盱眙州攻打扬州府，明平燕将军则在六合镇巡司以及浦子口巡司率军抵御但都失利。其中明右军都督府都督佥事：陈蠧，亲率水师投降燕军，让燕军乘势渡江，而明军们仓促聚集海船出高资港迎战又败军队溃散。接着燕军又攻克了泗州、扬州府、淮安府等地，迫使明惠宗急忙派遣身为明燕武亲王表姐的明庆成郡主：朱恭倩，入燕军大营内谈判企图割地与明燕武亲王求和，但是明燕武亲王却不准许。因为经过这四年的拉锯战之后，明燕武亲王也分析出了形势，只要明惠宗在位一天，全国地方军队就会抵抗一天，而自己就永远都是叛王，但如果一旦攻占了应天府皇城赶走了明惠宗，那么自己就可以成为一国之君，相信也没有多少人敢反对？因为大家都是观望的态度，才让燕军顺利的一路南下，当时的建文朝廷中早就已经乱作一团，很多地方将领按兵不动隔岸观火6月11日燕军前锋成功渡河下镇江县，直逼应天府皇城而来，明谷宣亲王：朱橞，与明曹国公：李景隆，被迫打开金川门投降至此皇城彻底沦陷。待明燕武亲王：朱棣，进入皇宫之后看见宫中燃起熊熊大火，宫女与宦官们四处奔跑，放眼望去整个皇宫无一人敢抵抗，而明惠宗则下落不明？周围各地方上的承宣布政使司衙门几乎没有任何官员敢站出来反对，在这种情况下明燕武亲王开始放心大胆的坐在龙位上宣告废除〈建文四年〉年号，改为〈洪武三十五年〉并表示自己是继承了，父皇明太祖吴王洪武高皇帝的帝位而不是侄子明惠宗建文让皇帝的帝位，并把明惠宗的二皇子：朱文圭，关在广安宫内。至此想要登基的明燕武亲王就让明翰林院文学博士：方孝孺，帮忙起草即位诏书，他却悲切哀恸的扑倒在地放声哭泣声响传遍奉天殿大殿的台上台下。明燕武亲王走下卧榻台阶慰问他说“先生不要自取忧苦，孤王只是打算仿效周公辅佐成王的之意。”
谁知明翰林院博士听后却问道“周成王在哪里？”
明燕武亲王道“他自 焚而死。”
明翰林院博士又问道“那为何不立成王之子？”
明燕武亲王回答道“国家有赖于成年的君王。”
接着明翰林院博士开口道“那为何不立成王的弟弟？”
明燕武亲王立马答道“这是我们朱家的事，先生未免管的太多了吧？”
说完就回头示意左右侍者授予方孝孺纸笔，并说道“诏示天下，非得由先生您来亲自起草不可。”
不成想明翰林院博士直接把笔扔到地上，边哭边骂道“死就死吧！此等诏书老夫绝不能起草。”
此举直接激怒了明燕武亲王，他下令将明翰林院博士推出去宣武门车裂于菜市口，还让南北镇抚司锦衣卫队抓捕方家十族斩首。7月17日朝中内外无人反对的情况下，明燕武亲王开始在奉天殿内登基加冕，又去太庙祭祀称帝，改次年为〈永乐〉史称「明太宗」他还下令大力搜索明兵部尚书：齐泰、明翰林院大学士：黄子澄，等建文朝臣五十余人，还废除了建文年间所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。明永乐元年公元1403年，明太宗：朱棣，下令安抚被明惠宗削藩以及受靖难之役影响的藩王们以稳定国内局势，还表示自己和皇侄子明惠宗不同，先后恢复了明周定亲王：朱橚、明代简亲王：朱桂、明岷庄亲王：朱楩，等诸亲王旧封。其中明惠宗的皇三弟明吴悼亲王：朱允熥、皇四弟明衡憨亲王：朱允熞、皇五弟明徐简亲王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗给降封为郡王（明广泽郡王：朱允熥、明怀恩郡王：朱允熞、明敷惠郡王：朱允熙）并以不能匡正明惠宗为由废除三位郡王为庶人，软禁明广泽郡王与明怀恩郡王两人于中都留守司凤阳府英武卫，仅留明敷惠郡王一人独自奉祀明懿文皇太子灵位。