南京紫禁城的乾清宫，和北京一样，坐落在后宫正中，以乾清门为界限，把三大殿为主的前朝，和以乾清、坤宁二宫的后廷分开。
好在之前洪承畴临死疯狂，四处纵火，主要集中在前朝，后廷的建筑群并未遭受太大破坏，东西六宫都还算完整，除了原本由于年久失修产生的残破，倒不至于住不了人。
朱由榔进入南京城后，便径直入驻乾清宫，当然，在此之前，先是带着人去清扫祭拜宗庙。
南京既克，肇庆那个临时朝廷便完成了自己的历史使命，权力中心的搬迁已经提上日程。
事实上，军山湖大捷之后，消息传到南面，瞿式耜等人便已经明白，朝廷北上只是时间问题，开始做好准备，南京克复之后，朱由榔立即派人南下报捷。
此时，南面朝廷中枢恐怕已经在路上了。
再回到南京，当明军旗帜进入南京城的那一刻，就意味着自去年开始筹备的东征战役已经基本结束，整个战场都进入了收尾阶段。
清军势力退出长江以南，将在一个月之内成为既定事实，但某位革命导师说得好，扫帚不到，灰尘不会自己跑掉，胜利之前，满朝上下都在聚精会神地对付多铎这一个敌人，但胜利之后，虽然是“宜将剩勇追穷寇”，但想要把穷寇彻底驱逐干净，也是一件麻烦事。
眼下，多铎这一最大野战兵团灰飞烟灭，原本清军“八王会剿”的战略态势立刻被冲得七零八落，长江以南，清军主要剩下四股力量。
其一是济尔哈朗从荆州部分渡江南下，直抵岳阳的一两千精锐，眼下已经准备撤回。
其二，则是军山湖之战的幸存者——耿仲明和谭泰。
这二位的情况就比较尴尬了，军山湖一战，多铎倾尽江南精锐，全军覆没后，只给尚在都昌的二人两万绿营残兵。
这点虾兵蟹将怎么可能和大胜之后的明军打擂台，谭泰或许还有犹豫，但经验丰富的耿仲明二话不说，直接带着亲信兵马跑路安庆。
谭泰无奈，只得相从，风声鹤唳之下，背后又有李定国骑兵追击，二人趁着此时郑成功舰队尚未入江，匆忙逃跑，到了安庆城下，却是只剩几千士卒。
面临如此情状，之前在桂北就有过一次经历的耿仲明自然无语问青天，谭泰倒是识大体，第一时间联系了勒克德浑，帮助其稳住江北。
其三，就是清军现在唯一仅剩，还在江南的野战兵团——博洛了，军山湖之后，博洛立即拔军北上，连福建都不要了，直奔南京，希望抢在朱由榔之前，稳住南直隶。
结果半路被李定国偏师截胡，只得展开对峙，再加上吴王方面浙东、浙南义军一见情势转变，全线出击，抄了勒克德浑出兵后空虚的浙江，占领诸多府县，一时前后受敌、无法脱身。
眼下正与李定国在浙西鏖战，博洛大军看起来不少，有五六万，但实际过半都是新兵，真正的八旗精锐更是只有三四千而已，外强中干。
南京乾清宫大殿之中，朱由榔虽说当了两年多皇帝了，但还是第一次住进真正的皇宫，之前的丽谯楼虽说也号称“永明宫”，但其实也就是个衙门大小罢了。
朱红色的丹陛，金碧辉煌的皇位，雕龙画凤的梁柱，以及地面上那反光的镜面般砖石，让这个山寨皇帝第一次真正体会到什么叫九五之尊，只可惜奉天殿被洪承畴那个杀千刀的焚了，否则比这乾清宫宏伟壮丽多了。
皇位之下，大殿之中，文武分站两班，由于内阁、六部等中枢还没抵达南京，文官这边显得相当寒蝉，只有陈子龙等有策应之功的原弘光、隆武朝官员充门面。
虽然对于江南士绅，还有敲打之意，但对于陈子龙这种立有大功的文官士子，朱由榔还是相当不吝啬的。
陈子龙在隆武朝时，是兵部左侍郎，朱由榔恢复了他兵部侍郎的职衔，还让其兼任副都御史，督抚江南诸府（指长江以南的南直隶地区，今安徽、江苏南部）。
陈子龙自然是感激莫名，领旨谢恩，看起来好像只是官复原职，事实上隆武朝那个所谓兵部侍郎根本就是虚职，那时候隆武帝的旨意能不能出福建都不知道，之所以授他兵部侍郎，完全是因为当时他参加了吴昜的抗清起义，笼络罢了。
而朱由榔这个已经基本平定江南，划江而治的兵部侍郎和副都御史，那才是实打实的权柄！
不仅是陈子龙，同样参加了起事的冒襄，也被拔擢为南直隶按察副使，这已经相当恩宠了，毕竟此时的冒襄，连举人都不是（历史上他六次科举均不中，明亡后顺治、康熙多次下诏征召，其人坚决不仕），居然一跃被任命为从四品的按察副使，堪称优渥。
但冒襄却婉拒了，经过国破家亡，又力挽狂澜的数载激荡，这位曾经的浪荡公子获得了自己的成长，也许是目睹并亲身参与了社稷离难、天子戡乱，对他原本那江南士大夫的清谈、傲物性子产生了空前冲击。
冒襄居然主动请缨，他打听到天子在军中设立文官，希望以此革新风气，同时也意图培养一批如堵胤锡这般允文允武的人才，他希望能够去军中任职效命。
这一决定，在这个年代还是比较惊世骇俗的，尤其冒襄本人乃是复社的核心人物，当年金陵呼风唤雨的“青年才俊、清流士子”，做出如此抉择，令江南士林都哗然一片。
朱由榔不禁大为欣赏，思虑再三，却是突发奇想，把其人扔给了郑成功海军中，担任录事参军。
之前朱由榔一直都不干预海军的人事，但很显然，拿下金陵后，明廷已经正式转变为一个稳定政权，而不是之前那样的逃亡政权了，有些事情也不能睁一只眼闭一只眼。
即使从郑氏自己的利益出发，继续保持现在这种完全独立状态，也不是一件好事，否则朱由榔能忍，以后的皇帝能忍吗？想要保全一个臣子，就不要让他手里的权力太大。
但朱由榔不是那种兔死狗烹的人，何况兔子还没死呢，而且是面对郑成功这种民族英雄，他还是希望用一个缓和的手段完成目的。
派驻文官是第一步，接下来稳固江南后，会逐渐给海军安排固定的港口、驻营，将其驻扎地控制在朝廷手中，而后以赏赐提拔的方式，调动人事部属，逐渐拆散派系，最后将粮饷从郑氏自己负担，转为朝廷主动负担，再让扩军征召新卒，以一种温水煮青蛙的方式完成掌控。
郑成功也不傻，当然明白天子这一举动背后的深意，但他没有排斥，毕竟此时的郑成功还不是后来那个独霸东南的延平王，而是一个初出茅庐不久，带兵两年多的青年将领罢了，对于明朝的忠诚，尚未转变为对历史上那般南明失望后，决定“独臂擎天”的野心。
而最让整个南京城都传言讨论的，还是年纪最幼的夏完淳，毕竟是教科书里露过脸的人物，朱由榔格外好奇，召其为中书舍人。
但却被夏完淳拒绝，其人觉得自己无有功名，不能出仕，坚持要等日后开科举，进士及第，而且其父身死未满三年，此时出仕，是为不孝。
对于朱由榔这个后世人而言，这种举动也许比较迷惑，但对这个时代的士民而言，夏完淳的举动堪称忠孝楷模、道德典范。
拿下南京的各种琐事解决完后，明军上下只休整了一两日，几乎毫不犹豫地继续出击。
李过建言，必须要趁此清军动荡时机，向江北发动全面进攻，至少要拿下安庆、扬州等重镇，否则长江不足为屏障。
于是乎，刚刚入城没两天的明军再次开拔，光复前军刘体纯等三个师南下驰援李定国，合力解决掉博洛，剩下光复中军和光复海军一齐北上，剑指淮河流域！