————叶凡待在正辉的灯塔又一周后————
小智一行人从森林来到了海边，期间小霞出言讽刺了小智，称他想参加宠物小精灵联盟大赛实力还远远不足，小智于是下定决心要凭借自己的力量去收服一只宠物小精灵。
小智一个人来到沙滩上，以树枝为诱饵，成功地捕获了一只大钳蟹。就在小智自鸣得意时，装有大钳蟹的精灵球突然凭空消失。
随后赶来的小刚告诉小智，一个训练家身上最多只能同时携带6只宠物小精灵，超过这个数量的都会被自动传送走。而小智新收服的大钳蟹如无意外应该是被传送到了交给他宠物小精灵图鉴的人，即大木博士那里。小智放心不下，想找一个地方跟大木博士联络。
之后小智一行人进入了海边不远处伫立着的一座发出光芒的巨大灯塔。
“我们是迷路的旅行者。”
“不好意思，我可以跟你们借一下电话吗？有点急事。”
“如果可以，软绵绵的床也想借用一下。最近我们一只露宿在外。”
“如果能够借用厨房，我会为你做好吃的蛋炒饭的。”
“我们想吃有馅煎饼啊，好吧，你们请进来吧。”对讲机中说。
经过一番沟通小智，小刚和小霞进入黑漆漆的灯塔，找到公共电话，立刻打电话给大木博士。
视频一接通，小智就发现了大木博士正在加热着火锅。
“大木博士，你不会把我的大钳蟹煮了吧。”小智问道。
“你的大钳蟹太小了，不如小茂捕捉到的大钳蟹大。”
大木博士给小智看了看小智的小钳蟹和小茂的大钳蟹，并说道：
“我的孙子小茂他们，已经捕捉了46只宠物小精灵。”
“46只？”小智惊讶道。
“对啊，小智呀，现在你人在哪里呀？”
大木博士问道。
“我在白色悬崖附近的海边附近。”小智回答。
“那一带有灯塔吗？住在那里的青年正辉是不比我逊色的宠物小精灵研究家。你可以多和他请教一下。还有，好像叶凡也在那座灯塔里修行。”大木博士说道。
“这里就是正辉的灯塔，大木博士。”对讲机中第一个男人的声音突然传来。
“欧，是正辉呀，那太好了，你多指点他一下吧。欧，豆腐煮太烂了，挂了。”
大木博士吹着豆腐，说道，然后挂断了电话。
”既然是独一无二的大木博士的要求，那我就不能够怠慢你们咯。我就是这个灯塔的正辉。”
小智一行人向声音发出的阴暗的角落看去。
突然，灯亮起，小智一行发现一只化石盔和一只多刺菊石兽正坐在椅子上。
而那声音是从化石盔发出的。
“什么？会说话的古代宠物小精灵！”小智一行人惊讶道。
只见原本静止的两只“宠物小精灵”突然动了起来，只见多刺菊石兽紧紧贴住化石盔的腹部。
“不会这两只宠物小精灵在彼此吞食吧？好恶心。”小霞惊恐的说道。
“别误会，这只是把正辉博士化石的皮套掀开罢了。”多刺菊石兽发出少年的声音，说道。
果然，化石盔下露出了正辉的真容。
“既然化石盔是正辉博士扮演的，那多刺菊石兽是？”小霞疑惑道。
多刺菊石兽也打开了皮套，露出了本体。
小智和小刚惊讶的说道：“叶凡？”
“叶凡是谁，你们认识他？”小霞疑惑道。
小智解释道：“叶凡是寄宿在大木博士家一段时间的少年，我在大木博士研究所见过几次面。他目前也在进行宠物小精灵训练家的旅行。”
小刚则解释道:“叶凡是个实力强劲的训练家，曾用一只宠物小精灵就挑战过了深灰道馆并获得了深灰徽章，比小智要强很多。”
“什么吗？怎么能这样说。”小智对小刚说道。
叶凡向众人打了招呼，然后给了皮卡丘一瓶放了两周的番茄酱，来讨好皮神。（叶凡也没想到小智一行人这么慢，居然让叶凡等了两周。）
“怎么会有人第一次见面礼物会送番茄酱？”小霞吐槽道。
小智也附和道：“就是，皮卡丘怎么会喜欢这种东西。”
但没想到皮卡丘却格外喜欢，立马对番茄酱爱不释手。
“原来皮卡丘喜欢番茄酱啊，看来我对皮卡丘的了解还不够。”小智沮丧的说。
“看来，叶凡很懂得宠物小精灵的内心呀。”小刚说道。
皮卡丘看向叶凡，这小子还是和以前一样懂事啊，不错。
但没想到小智的妙蛙种子，小火龙，杰尼龟反应巨大，竟直接从球中自己跑出来。
毕竟叶凡和小智的三位御三家都有过一段奇妙的缘分。
三只宠物小精灵怒视着叶凡，叶凡心想：“这么记仇的吗？就该学学我相逢一笑免恩仇呀。”
一旁路卡利欧也站了出来向三只精灵发出警告。
“敢动我大哥，嘎了你们。”
一旁的小智拿出宠物小精灵图鉴：
“路卡利欧，波导宠物小精灵，路卡利欧拥有侦测所有东西发出的波导的能力。通过侦测对方发出的波导，就能读取其想法和行动，理解人类的语言，远在1公里以外的对手的情绪也能学会。不想知道的事情也会知道，所以很容易累积压力。据说凭借感知波动，就连看不见的对手的身姿也能感觉到。因为他能理解人类的想法，所以只会去亲近内心端正的训练家。它不仅仅是读取，还获得了操控波导的能力。它操纵波导的力量来进行狩猎，这种力量就连巨大的岩石也能击得粉碎。”
小刚也感叹道：“原来那只利欧路进化成为路卡利欧了。”
在叶凡和小智一行人相互认识后，正辉开始了自我介绍。
“各位幸会，我就是宠物小精灵研究家正辉，化石盔是绝种的宠物小精灵，但即使是绝种的宠物小精灵也应该是有心的。因为我想知道绝种的宠物小精灵是以什么样的心情活在这个星球上，所以进入这个布偶里面思考……”
在正辉又一次重复自己的介绍传递自己的理念，叶凡悄悄的离开了灯塔。
“正辉博士，一旦开始介绍自己的理念不说两个小时是不会停下来的。”叶凡心想。
灯塔外飘着浓浓的雾，伸手不见五指，但还好叶凡和路卡利欧有波导，叶凡用波导很快找到了火箭队的位置，路卡利欧使用“地狱葬送手刀”三连击，很轻松的解决了火箭队，防止了今晚火箭队对巨大快龙的干涉。
叶凡掏出了绳子，把火箭队一行人绑了起来，搜了火箭队一行人的身，并剪掉了喵喵的指甲，防止他们逃脱。
做这种事情，叶凡很有经验。
做完后，叶凡有些脸红，平复下来心情后，叶凡对路卡利欧说道:“感觉武藏的身材不如亚马多呀。不过这次捆绑比上次进步了很多啊。”
路卡利欧没有答复……