与政府平行的是法院、监察院。
法院的架构变化不大，但是在审判的时候大部分还是使用大清律例。随着江北商业活动越来越频繁，商业纠纷愈加复杂，这些纠纷在大清律例里面很难找到依据。
淮海军现在是没有立法机构的，董书恒现在也不准备弄这个机构。他现在对淮海军的机构设置上还是本着实用、高效、廉洁这几个要点。
最近他让人翻译了很多国外的法典。其中拿破仑颁布的《法国民法典》最让他看中，都说拿破仑最大的成就不是军事方面，而是颁布了一部《民法典》，果真如此。这部法典的立法理念非常先进，怪不得一百年后人们还能继续使用它。
董书恒也专门学习过法律，后世中国法律基本上承袭的德日的大陆法系，殊不知法国才是大陆法系的鼻祖。
董书恒认为中国以后还是要走大陆法系的路线。像英国那样的普通法系，以判例为主，会导致培养法律人才的难度增大，不符合当前中国的国情。
大陆法系要培养一个法律人才只要学习法典，了解立法精神基本上就可以了。而普通法系，要培养法律人才，必须要有长时间的法律熏陶，或者实践让这个人能够从庞杂的判例中自己体会出审判的奥义，这就像是研究中国的玄学一般。
为了解决这个问题，董书恒跟约翰·塞纳合作建立的圣约翰大学将专门成立一个政法学院。培养大陆法系的人才，为今后建立完备的法律体系做好准备。
当然，远水解不了近渴，法学院的学生现在都还不知道在哪里呢。
就当前的问题，董书恒给的解决方法是“抄袭”。拿破仑法典中哪些法条能方便解决咱们现在的问题，那么就抄下来。一个法典太长，那就拆开它，把《债法》、《合同法》、《物权法》等单独抄出来，以淮海军法令的形式发布施行。八壹中文網
程序法上根据淮海军的实际情况编写一部《诉讼法》，也不分民诉刑诉了，简单的才更实用。
这样凑活着，法院就能“开张”了。
对于董书恒这样的安排，伍挺是支持的。他是一个老刑名师爷，对国人的思维很了解。中国人判案还是习惯依据律条，老百姓也都觉得法官判案应该依律来判。你说你根据自己对法的精神的理解来判案，老百姓肯定不接受。
董书恒要求法院系统的所有法官都要轮流接受培训。既然要抄法国民法典，像孟德斯鸠的《论法的精神》这样介绍近代法学思想的启蒙书籍肯定是要读一读、学一学的。
他手下的这些法官大部分都是以前的刑名师爷，不求完全改变他们，至少也要让他们被动地学习一些新的法学思想。等到他自己培养的法学人才进入法院系统，才能够真正从根本上改变当前的法治状况。
……
监察院与法院、政府并列，其职责就是监察内部人员，处理违纪违法行为。
李虎的为人，董书恒是信任的。监察院前面一段时间搞的内部大整顿，确实树立了监察院的威信，因为每一个案子监察院都做得铁证如山。
为了完善监察院的职能，董书恒这次要求监察院以后在每个重要部门都设立监察室。直接直属于监察院纵向管理。
为了防止监察室的人与驻在单位的人串通一气，董书恒规定监察室的人在一地的任职不得超过两年。
在军队中营级以上设立监察委员这个岗位，监察委员负责监督军纪，呈报军功奖励，任何时候不得干预军事指挥。但是对于军事主官的问题有上报的权力。
这样监察院就建立了覆盖到淮海军政、军系统的各个方面，构建了一个全方位的网络。
上午安排好了一府两院的工作，下午董书恒单独就军队整编开会讨论。因为很多地方涉密，政府、法院、监察院除了高层以外，其他人都休会休息。
会议进入了最重要的环节——军队的整改组、扩编。
会议开始是一个表彰环节，董书恒为之前在扬州战役中表现突出的部队，颁发集体奖励。
之后，董书恒发表了讲话。肯定了淮海军的部队的建设情况。他要求部队要继续发扬不怕苦、不畏难的优良作风，遵守“三大纪律八项注意”。维护地方稳定，保护人民群众的生命财产安全。
最后，董书恒以陆海军总司令的名义宣读改组、整编方案。
总司令之下设立总参谋部。
刘青南任副总司令，严仕坤担任总参谋长，原来的参军室并入总参谋部，彭玉麟以及普鲁士退役上校汉斯担任副总参谋长，另外还有几名专业能力强的普鲁士军官加入参谋部。
董书恒觉得普鲁士作为现代参谋制度的发源地，与他们军官的严谨作风制密不可分。所以他才会不遗余力地引进普鲁士的军官，想通过他们影响自己手下的军官。
总参谋部负责作战情报的分析，作战计划的制定。战时要负责向一线派遣作战参谋。
……
总后勤部。
由原淮海公司采购部部长韩云担任部长。总管淮海军海陆军的物资采购、储备、供应。兵工厂、弹药长以及高邮军用造船厂将划给总后勤部管理。这个部门很容易滋生腐败，董书恒觉得必须交给自己信任的人管。
总作训部兼民兵司令部。
由原武装部部长马宗武担任部长兼民兵副总司令。作训部负责新兵的征募、训练，民兵的日常训练管理，同时管理全军士兵军籍，晋升奖惩……
淮海军陆军野战部队扩编为三个师。除了一些特殊兵种以外，董书恒不准备设置旅一级单位。以后淮海军将以师为单位展开作战。军一级的单位目前还不需要，而且淮海军也还没那么多部队。
野战部队为四个师一个纵队。
教导师。
在原来教导团的基础上扩建而来。
师长：刘青南（本人强烈要求留下一线部队，不愿意在参谋部做。不过董书恒还是让他兼任了陆军的副总司令。)
下辖:
炮团：1200人（拥有75毫米加农炮16门，50毫米榴弹炮25门，60毫米迫击炮30门。）
三个步兵团：6000人
骑兵营:500人
警卫营：500人
工兵营500人
特战营500人
还有一些随军专业人员。
……
教导师将会同原来江北大营的一些人马驻守浦口，建立新的江北大营，以后将是进军江宁或者安徽的主要力量。
原101团扩编为第一师，编制与教导师基本相同，师长王从志。第一师将移防徐州。徐州是江苏的门户，又是交通枢纽，历来是兵家必争之地。
随着自身的壮大，现在董书恒感觉到清廷对自己的容忍快要到达临界点了。说不定什么时候就要对自己动手，所以他要先放一支重兵在徐州，进可沿运河而上，直捣京师，退可以守住淮海军的门户。
原102团扩编为第二师驻守江南的常州、苏州。从东面封锁住太平军，关键时候可以从东部进攻太平军的天京大本营。
山东的陆军蔡树森部会同林威部组建第三师。蔡树森现在桂中行手下组建新军，已经有了三个团的兵力。林威的骑兵团也已经满员。
现在林威在桂中行给清廷的奏报上已经被招安，并且得到了一个沂州游击的头衔。正好方便他的骑兵团在鲁南地区活动。
蔡树森与林威部现在主要负责剿灭山东的捻匪与响马。一方面能让自己在山东站稳脚跟，另一方面也方便桂中行立功升官。
同时利用剿匪，蔡树森和林威没收了大量的恶霸地主土地。这些人跟土匪都有勾结，没有证据留给他造一个证据。这些土地会转交到农垦局手中变成淮海军的农场。
就这样，淮海军利用农场一步步地渗透山东。
吕飞燕手中的部队比较特殊，仍然称为太行纵队，之所以这么称呼就是为了不限制其编制。只要吕飞燕在太行的条件允许，理论上她可以不断地扩编部队。
各地的守备部队仍然以团为单位，但是根据需要重新划分防区，外围的县守备部队的密度相对会高一些。另外守备部队会根据需要随时设立，就比如上海的守备团。
这次主力部队扩编原来的一些守备团军官被抽回了主力部队。然后又从军校的毕业生中挑选人才重新安排入守备部队，这些新晋军官，将在守备部队，磨练一下，积累经验。
董书恒认为最优秀的军官应该到一线野战部队锻炼。守备部队算是二线部队，担任的作战任务相对轻一些。
海军方面由董书恒担任总司令，刘大海担任副总司令。这次任命之后，刘大海将在水师中抽调军官并且去沿海民兵中招募水兵，筹建南洋水师。
彭玉麟以副总参谋长的身份兼任长江水师的司令。
张强依然担任运河水师司令，不过今后运河水师的的活动范围将转移到山东境内的运河段。
马连奎担任太湖水师司令，在太湖西山岛上建设一个水军基地，这个驻地将驻守水师陆战队的一个团，辐射太湖沿岸地区。
最后，是建立两个军校，原来的陆军学堂在原址扩建为高邮陆军军官学校。
另外，在海洲成立一个海军军官学校，趁着现在还没有跟英法闹翻，从英法聘用海军教习，培养专业的海军军官。
董书恒不觉得向自己的敌人学习有什么不好。即使这个老师本性是坏的，只要他的知识是真的，就值得我们去学习，因为知识本身有没有善恶之分。
通过这次扩军，淮海军陆军野战部队将达到近四万人，这还不包括太行纵队。海军将拥有三个内河水师、一个远洋水师。
其实，董书恒也知道这么快速地扩军会影响到军队的战斗力，军官的能力也跟不上。
所以他要求即使是师级军官也要定期地参加军校学习。当然高级军官要学习的知识更多更广。
董书恒认为一个好的高级军官不仅要懂军事还要懂战略、懂政治。
有空的时候他也会给高级军官们上战略课、上国际形势课。军官们还要去学习国际政治、历史，研习国内外的经典战例。
……