海瑞分析那个被抓捕的土系超凡者会被释放，因为张一凡是被雷系超凡者打昏，锦衣卫那边没有证据，而超凡者一般都有后台。
事实最终果然如此，张一凡去了锦衣卫衙门了解，那土系超凡者果然被释放了。
随后，在海瑞的帮助下，张一凡协助调查赵捕头的案件中，又一次抓获了那土系超凡者，这是一个贩卖少女以养瘦马的大案，稳赚不赔，几百倍甚至更高的利润，并且还能和文官武将，王公勋贵攀上关系的生意。
海瑞审问土系超凡者，试图找出雷系超凡者未果。实际上，这是倭国大宗师要夺舍，操纵了这一幕。
而倭国大宗师夺舍大明皇帝转世的张一凡时被魂穿，这才是张一凡具备三个上品神魂的原因所在。
海瑞头铁，上奏弹劾所有和少女瘦马案有关的官员，最终被调去当了瑞安县县令，以此暗害海瑞。
原因在于雨季要来临，瑞安县必然要遭受大劫，并且瑞安县土地兼并严重，历任县令根本收不上税。
只要海瑞做不好，就会弹劾降罪给他。
朝堂上，张一凡贡献的玻璃功劳，被锦衣卫指挥使占为己有，赚钱入了内库，供大明皇帝修仙和大兴土木之用，并没有惠及民生。
张一凡看到海瑞情况，便出手相助，发明水泥，再加上海瑞的土系能力，最短时间内完成了河道加固，又兴修水利改善民生，丈量土地，打击豪强。其中还发生了胡宗宪儿子打秋风，却被海瑞顶回去的事情。
由此，海瑞的事情，再次到了胡宗宪视野内。
胡宗宪在经过了解之后，又有感于朝廷多事之秋，在他后台也就是首辅严嵩的支持下，抽调各省武备堂精英，由海瑞带班。
由此，张一凡又结识了同学郑成功，戚继光，洪承畴，卢象升等人。破获沿海倭寇和地方豪强勾结案。
这其中，洪承畴、戚继光和卢象升等人表现不一。
随后，北方蛮族大规模入侵，边关告急，张一凡担心他哥安全，以木系超凡者身份赶去支援，和同学与他哥一起大破蛮族，守住了大同边关。但是，陕西遭受荼毒，虽然最终杀退了蛮族，却也导致陕西大乱，官军和民乱结合，到处都是烽火。
张一凡和他同学奉命平定叛乱，先后遇上了李自成、张献忠、李定国等人，或灭，或招安，最终平定陕西之乱。
基于此，他们又被调往蜀地平定蛊族之乱，遇到秦良玉等名人。
随后，张一凡升任巡抚，要进京面圣谢恩。
这时候，他的相貌和先皇很像，最终解开了他的身世。
他其实是先皇儿子，并且确认是皇族一位大宗师转世，被当今皇帝的势力迫害，最终狸猫换太子，以刘秀芝儿子代替。也是这个原因，刘秀芝才相信张一凡绝对会觉醒神魂，因为只有大宗师转世，一定会觉醒神魂。
张一凡在京师遭遇危险，并且被同学洪承畴出卖，却又在其他人的协助下转危为安，出征辽东。
辽东勾结倭寇的走狗依仗魂系大宗师留下的手段，被张一凡破解，最终平定辽东。
这个时候，京师又突变，大明皇帝突破失败而亡，儿子登记，又是红丸案，一个月而死，无子。
张一凡在皇族中修为虽然不是最高的，但是凭借木系和雷系神魂，以及同伴的帮助，强势镇压其他，登上皇位。
随后，改变国策，降低天命丹价格，大量发掘觉醒者，把超凡力量用在民生上，再利用科技手段和后世理念，大明国力在短时间内得到了极大的提升。
十年之后，张一凡御驾亲征，以魂系克制蛮族的兽系，平定了北方。
但是，这个时候，西方超凡者出现，也就是大航海时代为背景，最终，大明朝在张一凡的带领下跨出国门，南征北战，最终统一全球。
他的目标，最终是星辰大海！