不出所料，熬夜看比赛的小智，成功错过了挑选初始神奇宝贝的时间。
穿着一身睡衣跑到大木博士研究所，小智的嘴里嚷嚷道：
“大木博士，请给也妙蛙种子！！”
“小智，你怎么现在才来！？”
“这个不重要，快给我妙蛙种子！！”
“宝贝球留在桌子上面，你自己去拿吧。唉～”
看完比赛，小智的心中全是在最后一场比赛中大发神威的妙蛙花。
“出来吧，妙蛙种子！”
“啊！？”
空空如也～～
“那小火龙也行，出来吧！”
“啊～～”
“杰尼龟！？”
“他们都已经被没有迟到的人挑选走了。”
“那我怎么办，大木博士，你总不能让我空着手出去旅行吧。”
“没办法，我的确准备了四只神奇宝贝，不过最后这一只有点问题。希望你能够解决！”
大木博士按下开关。
“电气鼠神奇宝贝，皮卡丘，就交给你了。”
“很可爱诶！哪里有什么问题！”
看着一脸傻笑的小智，大木博士再次叹了口气。
“宝贝球，图鉴，送给你的饯别礼物。会去收拾好东西，准备出发吧。”
“出发吧，皮卡丘。”
小智伸手去抱皮卡丘，皮卡丘直接就是一个电击出手。
“我说过了，这只皮卡丘有一点问题。”
顶着焦黑的脸颊，小智带着皮卡丘走出大木研究所。
“把这只皮卡丘交给小智，真的没问题吗？”
“放心吧，他们一定会成为最好的搭档。要相信小智，他对神奇宝贝的热爱是肉眼可见的。”
太一从黑暗的角落中走了出来。
“希望如此吧。”
大木博士走出去研究所的大门，小智的妈妈正带着一队镇民给即将出发的小智加油打气。
花子还是成功将皮卡丘招惹生气，生气的皮卡丘发动电击，将所有人笼罩其中。
“快使用橡胶手套。”
大木博士躲在门后面提醒小智。
就这样，小智带着不情不愿的皮卡丘踏上了旅程。
……
乌云大雨，小智骑着单车，载着皮卡丘正在躲避烈雀的追击。
单车倒下了！
小智开始了他大义凛然的宣言。
皮卡丘为之感动，从小智的肩膀上面高高跃起。
“电龙，用充电。”
“呜～～”
电龙挥动双手，乌云中的雷电被她引动，化为落雷打在跃起的皮卡丘身上。
照耀整片原野的电光，烈雀被皮卡丘的攻击震慑住了，纷纷落荒而逃。
太一来这里的目的并不算单纯为了小智和皮卡丘，也是为了一会儿路过，或者专程过来在小智面前露一下脸的凤王。
太一这几年在亚细亚岛也算和洛奇亚拉上了关系，还主动做了一会妇科圣手，帮助洛奇亚夫妇成功诞下麟儿。
妙蛙花他们的成长，少不了洛奇亚在背后帮忙输送营养。
成长起来的妙蛙花，返回她的家长滨海森林，开始打造属于自己的王国，说不定以后滨海森林中也能拥有一个不思议花园。
所以太一来这里等凤王，就是想要和凤王搭上关系，看看能不能给比雕他们也弄一个快车道。
“比雕，喷火龙，七夕青鸟，大嘴鸥。”
雨过天晴，一只冒着金光，带着七彩光尾的凤王沿着彩虹飞了过去。
小智看了两眼凤王，还要带着皮卡丘去神奇宝贝中心治疗，就抱起皮卡丘朝着常磐市跑了过去。
“走吧。”
太一乘坐在比雕的背上，朝着凤王的方向追了过去。
“凤王！”
凤王转过头看着追上来的太一，鸣叫一声，询问太一追上来干什么？
“我希望能将我这几只不成器的神奇宝贝，托付给你带领一下，你有什么事情也可以交给他们去做。”
“毕竟他们能在天上飞，做起事来不比你麾下的三圣兽差。只希望你能随便指点一下他们。”
凤王深深凝望了太一一眼，似乎看透了太一，答应了太一的请求。
“你们几个跟着凤王好好学。”
说着太一放出胡地，胡地也落在比雕的背上。也就是比雕的体型变大了很多，不然也站不下太一和胡地。
“胡地，瞬间移动。”
胡地登场，超能力控制太一和自己，瞬间移动出现在刚才小智站的那片草地。
看着前方的常磐市，太一喃喃自语：
“希望小智能够担负起重任吧。”
星野源不知道什么时候出现在太一身边。
“走吧，阿罗拉群岛。”
“奈克洛兹玛已经开始活动了？”
“没错，我们的人在究极空间里面找到了两只小星云，都是科斯莫古，需要你去使用源力控制器帮助他们成长。”
“就我抽取源力的速度，你觉得我有那个能力在奈克洛兹玛发动攻击之前，能够抽取到足够的源力供养他们成长为索尔迦雷欧和露奈雅拉？”
“先过去，等到了地方，你用源力控制器感知一下，就知道我说的是什么意思了。”
说着星野源拿出源光权杖，直接带着太一跃迁到阿罗拉群岛的美乐美乐岛。
“现在你可以试着感知一下了。”
太一拿出源力控制器，闭上眼睛开始感知阿罗拉群岛的情况。
使用源力控制器，太一将自己的感知能力扩散到整个阿罗拉群岛。太一发现，整个阿罗拉群岛都被一股特殊的光能量所笼罩。
“这是！奈克洛兹玛的力量？”
“没错。奈克洛兹玛就是想要夺回这股力量，从而让自己恢复全盛形态。”
“我们的计划就是让两只科斯莫古将这些力量吸收掉，这样奈克洛兹玛就没有办法将力量夺回去了。”
“这可是我想出来的办法，你觉得怎么样？”
“的确不错，将奈克洛兹玛的力量集中在两只神奇宝贝的身上再好不过。但是你确定奈克洛兹玛不能将力量在从他们身上吸收回去？”
“只要他们能够将奈克洛兹玛的力量吸收掉，这样奈克洛兹玛想要再夺回去就没有现在这么容易了。”
“虽然阿罗拉地区的人类和神奇宝贝一直在努力吸收转化奈克洛兹玛的力量，不过速度还是太慢了。”
“所以，我们只好出此下策。这两只科斯莫古毕竟是究极空间出来的神奇宝贝。”
“不是我们本土诞生的神奇宝贝，所以不能够完全信任。只能等他们在我们的世界中诞生下新的后代，才算是彻底融入我们的世界。”