距离地下车库爆炸案已经过了好几天，此时柯南正坐在毛利侦探事务所里听着三名一起上来的委托人讲着此次委托给毛利大叔的失踪案——是一名叫作板仓的软件设计师失踪了。
“他这次真的很奇怪啊，明明接了三份工作，但是现在却消失了。”
“对啊，我们分别委托他制造将棋，围棋，西洋棋的游戏软件，但是他同时接这么多工作也不知道他在想什么。”
“对了，那个视频，给毛利先生看一下吧。”
委托人拿出一台笔记本电脑，板仓卓录下的视频大意是表示自己会到远离事务所的地方慢慢设计，请三人耐心等待软件完成，还提到了自己的心脏不太好。
“原来如此，看视频里面他确实是在酒店里面，如果是这位板仓先生如各位所说是一位出名的cg制造者以及软件设计师的话，他有没有可能被什么人绑架了？”
“啊，还真有可能，我在两年前见到过一个满口关西腔的彪形大汉在板仓先生的公司出现过，那个一身黑的男人还说什么‘你已经没有利用价值了’，满天堂新游戏发布会时他也出现了。”
听到这里，柯南立刻就不淡定了，委托人说的那个人很明显是龙舌兰，虽然龙舌兰已经被意外炸死了，但是就算他被炸死了，也不能说明板仓就和黑衣组织没关系了。
不行！必须赶紧找到板仓先生！
柯南的大脑飞速运转，在看到视频中板仓先生的房间内放着三种棋类之后，立刻使用‘阿勒勒’来提醒了毛利大叔。
然后毛利大叔也很给面子地打通了东京各大酒店的前台电话，假装自己就是那个借了三种棋的古怪客人，然后就从前台套出话来，知道了板仓先生的所在了.
可是当众人赶到了他的房间之后，就发现板仓先生捂着胸口，一探鼻息发现他已经死了！
其他人见此情况立刻报警，而柯南也趁着这个机会通过短信告诉了北原真树，板仓卓这个软件设计师和黑衣组织存在着关系，让他赶紧过来。
本来还打算多休息几天的北原真树打消了让越水七槻去解决案子的打算，自己穿上衣服就立刻过去了。
赶到现场后，柯南没有多说什么，而是隐秘地指了指一个u盘，上面贴着‘日记’二字，而且字体还很大。
“板仓先生在两年开始，他的眼睛和心脏就变得不太好，所以他已经退出了cg制造界，投身于软件设计了。然后现在他却被杀了！难道说他是被黑衣组织的人杀了吗！”
北原真树没有回答，关于板仓卓——他记得这位软件设计师是被组织委托制造一个软件，但是到底是什么软件却一直没有说清楚，最关键的是这个人很可能是琴酒负责的，所以关于板仓他必须只能以一起普通凶杀案的态度来对待。
还有就是这个软件设计师的死肯定不会是组织所为，毕竟要是组织所为的话，不会出现这么明显的漏洞。
“小鬼，你好好看看，板仓先生只穿了一只袜子，然后他身边还摆了一副围棋棋盘，你仔细观察就知道——那是板仓先生留下的死亡讯息！”
板仓先生没死之前应该是被绑了起来，所以他靠着还能动的脚趾抓起了围棋将它摆成了他想要说的话。
柯南此时冷静了下来，仔细观察棋盘之后立刻就发现了上面的黑棋传达了一条信息——‘凶手是相马，证据是他的手表’。
“原来如此！板仓先生故意在黑棋围住的地方放下白棋，就是暗示我们不看违反规则的白棋，然后只看黑棋的话——就知道是什么意思了。”
“你看出来是什么意思了吗？”
“哦，对了，点字这种东西就跟盲文很想，如果不是视力消退的人根本没有必要去学习，我能看出是什么意思也是因为我在夏威夷度假时学的。”
行吧，夏威夷还有地方教盲文，这种匪夷所思的事情北原真树就懒得多想了。
此时已经可以确定杀死板仓的人就是三名委托人之一，这三个人肯定是和黑衣组织无关的，所以到了现在板仓的死反而不重要了，重要的是黑衣组织到底让他干了什么，还有他留下来了什么。
北原真树当机立断，让柯南麻醉毛利小五郎拖延时间，然后北原真树将会找出所有关于黑衣组织的情报。
现在北原真树的优势在于琴酒那边还不知道板仓突然被一个路人给杀了，而且琴酒也从来没有告诉过北原真树关于板仓的事情，那么琴酒肯定会觉得北原真树对此一无所知，但是很可惜的是——他早就知道了大部分事情。
可是即便是他——也不知道那个组织想要买下来的软件到底是什么，其实只要问问贝尔摩德也许就能有结果，但是前置的解释又会涉及到许多事情，所以现在还是先看看他的日记里到底记录了什么东西。
北原真树趁着所有人的注意都在毛利大叔的身上时，他将u盘的数据通过板仓的电脑拷贝了下来，并且看起了电脑上面的其他内容以及板仓的包包里面还有没有其他重要的内容。
在北原真树的寻找过程中突然发现——在他的衣服下面还压着一个u盘，这个u盘跟日记u盘不一样，是到了现在警方都没有发现的，板仓的随身物品之一。
北原真树先将它揣进了兜里面，然后跟鉴识人员打了招呼，找了个借口说看看随身物品列表，发现里面确实没有记录这个u盘之后，北原真树就放心了，这个不起眼的u盘跟日记u盘不一样，因为没有被发现的原因，所以即便北原真树直接将它拿走了也不会有任何问题。
可是软件——也就是黑衣组织强迫他开发的那个软件是绝对不可能拿一个u盘就能放得下，估计是用移动硬盘装着，毕竟在他的电脑里面也没有发现什么和黑衣组织相关的东西，不过这也得找机会彻底搜查才行。
为了彻底检查一遍板仓的电脑需要花的时间会很长，而且北原真树也不敢让小哀远程操控板仓的电脑进行搜索，因为要是以后组织的人发现了远程操纵的痕迹的话，就会很危险。
那么现在只能去确定关于u盘的内容了。
等到目暮警官将那名路人凶手带走之后，北原真树提着柯南飞奔去了阿笠博士的家中，确定u盘的细节去了。