按照赵昺对国体的设想，要分成两大部分，即内廷和外朝。内廷自不必言，那是他自己的后花园，可以自己做出相应的调整。外朝则分为决策、审核、办事、监察及武装五个大方面，由此衍生出相应的下级机关。
根据历朝的经验，由于三省事权分立，往往产生弊端，尤其是掌握出令权的中书省和掌握政令审核的门下省不时因政见不同而互相扯皮、推委搪塞。中书门下合二为一的制度可以提高行政效率，赵昺以为可以参照设置，但是对其的职能要做出调整。
中书门下省作为国家的最高行政决策机关，负责国家法律的制定和修改，并监督律法的实施；制定国家的发展战略，规划经济的发展目标；根据皇帝的提名，审核三品以上官员的任命；根据皇帝和相应部门的提名，审核和授予国公一下爵位；负责审查和批准地方建置和区划；审查和批准国家预算及执行情况；对外政策的制定；对于皇室相关问题进行建议等等。
中书门下省设左、右相，分管中书和门下事务，由正一品或从一品官员担任。下设国是院、政务院、律政院、总计院、督察院、审刑院和事务司。以六院一司组成中书门下省的构架，分由三品及从三品官员组成。各院设知事领院事，称知某院事，院以下设案分管诸事，以主事领之。
赵昺将过去由自己控制分管预算和资金管理的总计司，从内廷剥离，成为中书门下的机构，又外朝管理国家财政的预决算。看似放弃了财权，其实也是给自己减负，如今国家财政已经过于依赖内库，有事没事就跟他要钱，长此以往他也负担不起，不若两厢分算。
尚书省是国家行政事务的具体执行机构，领六部处理一应事务。但是过去赵昺实施的是三省合一的制度，以此来提高行政效率。但是尚书省就成了集决策、审核及执行三政合一的机构，权力过去集中，从长远看并不利于国家的发展，且尚书左、右相的权力太大，足以威胁皇帝的地位。
此次改制就是将尚书省的决策权和审核权分离出去，使它回归本来面目，只作为事务机构存在。其的机构和事务经过几次调整，早已成熟，保持现状即可，并不需要做出大幅度的调整。仍以左右两相分领尚书省，设参知政事协助两相工作。
不过为了体现中书门下省是国家最高行政机构，尚书省左、右两相的品级，赵昺将其下调为从一品或是正二品，而六部尚书也相应调整为从二品和正三品。
监督机构自然是御史台。这个机构也是早就有的，只需做出局部调整，赵昺恢复以御史大夫为主官的传统。过去中唐之後，御史大夫多缺，仅作加官用，御史中丞为实际上的主官。且御史也是为寄禄官，不理御史台事，监察事务实际由门下省给事中、拾遗等官充任。
此次，赵昺改制对御史台的权力进行了加强，保留了台院、谏院、殿院和察院的设置，又将大理寺归于其管理。如此一来其真正做到了上可对皇帝的错误进行指正，中可对百官进行监察，下可对地方胥吏都能进行督查和惩处，且能刑狱案件进行复核，从而实现了对权力的全方位监督。
至于武装力量当然不能够由行政机构插手，赵昺依然保留了枢密院，以免重蹈前人的覆辙。当初在中书门下体制建立以后，三省机构依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趋严密和完善。但三省与宰相分离，使中书门下成为宰相府署，独立于三省机构之上。
在这种体制下，中书门下直接指挥诸使、诸郡、诸军执行政令，宰相对于行政事务的干预越来越强，甚至直接下行过去由尚书六部处理的事务。宰相与君主的联系更多的作为“参总庶务”的政务官，而不再是“坐而论道”的咨询者。八壹中文網
这是称得上是君相关系和国家权力运作方式的重大转变。而宋前期，也是实施宰相主管民政，枢密使主管军政，三司使主管财政。而神宗官制改革后，宰相实际兼管财政。南渡后，宰相又兼任枢密使，兼管军政。这样宰相再次握有民政、财政和军政的大权。
赵昺为此还进行了下一步安排，他保留了皇帝任命丞相的权力，并将权力进一步拆分。中书门下省和尚书省又不设主官，却由两相分领即是防止出现宰相专权，从而导致出现独相的问题。而为了解决部门间各自为政的问题，他沿袭了中枢部门的首脑官署和正副宰相集体处理政事的做法。
所以实际上国家的最高权力是掌握在‘群相’的手中，而政事堂才是最高权力机构。赵昺久烦于政事，因此早就一改日日早朝，为五日小朝、朔望大朝。那么正好借此形成旬日开政事堂议论国家大事，朔望召开大朝会，如此是官员可以有更多的时间处理公务，而不是天天拜见皇帝。而他自然也能偷闲，参加大朝会更多的是表明自己还活着，仍然是国家的最高元首。
能够参加政事堂会议的，赵昺设想分为三种：一种是日常会议，另一种是常务会议，再一种是扩大会议。
日常会议由中书门下省左右两相、尚书省左右两相、知枢密院使及御史台御史大夫参加，对国家日常政务进行讨论，做出决策后形成文书报皇帝审核批准后执行，轮流由中书门下省和尚书省主持讨论；常务会议则由皇帝参加并主持，对近期发生的重大事件进行讨论和做出决策。
至于扩大会议，就是对常务会议上有较大争议难以做出决策，或是在突发重大事件，需要相关部门提供参考意见或参与决策时，将增加参会人数，听取他们的意见，并参与表决。而为了避免出现混乱，赵昺吸取前人的经验，认为必须限定参与人的资格。
当然无论哪种会议，在出现争论时，他保留了‘拍板’的权力。而赵昺也让枢密院保持了独立性，防止相权侵夺军权，又让武人有了参与政事的机会，从而防止文官不顾实际情况，妄自发动战争或裁撤军队，减少开支，给国家造成不可挽回的损失。而皇帝将军权完全掌握在手中，也能够平衡朝局，保证权力斗争中多一张底牌。
对于司法机构，赵昺基本沿袭了过去的惯例。商周时期，中央司法官之名为大理，即“整理律法之官”，此“大理”非云南大理自治州的那个“大理”。至秦汉时期，大理改名为“九卿”中的廷尉。廷尉的职能是掌管天下刑狱之事，廷尉的办公之处又叫廷尉署。
但是从汉代的几个皇帝，如汉景帝和汉献帝就想着搞复古运动，将廷尉重新改为大理，不过每次改完又改回来了。直到北齐时期，皇帝最终将廷尉改名大理，并冠以“寺”之级别，使得大理寺正式成为中央司法机关，位列“九卿”之一。
论职权，到当时为止，审判、核查的司法职权都是掌握在大理寺之手，机构设置比较简单，能够改变其决定的也就是皇帝了。隋唐时期开始实行三省六部制，中书、门下成为中央机关，而六部之一的刑部主管典狱刑罚之事。
按理来说，刑罚之事应该由刑部包办了，但是在这时，刑部还只是一个做司法行政工作的机关，较少裁决具体案件。大理寺非但没有被取消，反而职能与构架更加完善，与刑部和御史台共称唐代司法“三法司”。按照唐律，大理寺卿的品级为从三品，要比正三品的刑部尚书级别低一级，他统筹整个寺内的刑侦审案，少卿则协助寺卿工作。
正是由于大理寺负责刑侦审案司法工作的特殊性，人们又酷爱听推理侦案故事，所以很多侦探题材古装剧中，大理寺出镜率非常高，形象可谓深入人心。而为现代人熟知的唐代名臣狄仁杰，他就曾经在大理寺任从六品上的寺丞，负责核查来自全国各地上报的案件，一年清理上万案件的壮举就是在这时完成的。
一句话归纳，大理寺卿组织大理寺成员审理案件，如果罪行到了需要流放或判死刑的程度，就要报请刑部和中书门下省复核。除了本职工作外，大理寺常与刑部和御史台，一起审理复杂疑难案件，被称为“三司推事”，后世所谓的“三堂会审”就是由此而来。
可以看出，大理寺在以大理寺卿为首的框架下开展工作，与刑部和御史台实行了职能分工：大理寺主管审案，给嫌疑人判处刑罚；刑部则负责司法行政工作，对大理寺的司法程序进行监督，判断是否按大理寺的意见做决定，但是很少参与具体案件的审理；而御史台则负责监察和纠劾官员……