应节严与小皇帝相处日久，虽然仍难以琢磨透其所想，但是也知陛下所做的事情都是为了复国，其中难免会有些幼稚和性急。不过其本性纯良却也不想伤害到谁，尤其是那些行朝老臣，毕竟这些人跟随行朝历尽艰辛不离不弃，尽管没有功劳也有苦劳，否则换做他人早就展开清洗将那些‘异己’清除出朝。
今日之事来的突然，甚至没有与自己商议，以应节严来看并非自己失去了圣心，恰恰是陛下不想将自己卷入朝争之中，一旦陷入僵局还有回旋的余地。而入学士院的三位老臣，以他看来陛下将他们视作幕僚更为恰当，毕竟那几个人的岁数也不小了，难以在承担繁重的政务，当下不过是敲山震虎给那些心存侥幸之人提个醒儿，并非想改变当前的局面。
刘黻现在显然未能参透小皇帝的意图，因而忧心重重，担心陛下一怒之下做出冲动之事引发动荡，由此可见其目的已经达到。毕竟在这危机四伏的时候，谁也不想引发朝政，尤其是作为首辅的陆秀夫和文天祥，再说小皇帝的话虽然强硬，却也做出了妥协，并没有强行推进文武同阶，想他们二人也不会不明白这是陛下留给他们最后的机会。
眼见刘黻还蒙再鼓中，应节严自然要劝诫一番，不要曲解小皇帝的意图，当下最主要的是要配合其完成军改的第一步。且要注意一些人的动向，防止那些极端保守的士人铤而走险威胁陛下的安危，同时要尽力协助两位首辅做好军改，避免有人借机制造谣言，形成逼宫之势……
军改之事全面铺开后，赵昺的事情自然也就多了起来，作为改革中变化最大的是兵部和枢密院，职司多有变动，主官也要重新遴选。经过会商后，吏部左侍郎高应松改任兵部，兼管兵部司、兵役司和辎重司；以殿前禁军都统制江钲调任兵部右侍郎，兼管步、水、骑、炮四司；苏刘义为步军司郎中，吕师文为水军司郎中，黄显耀为炮军司郎中，马发为骑军司郎中。
枢密院仍以张世杰为枢密院使，刘师勇为枢密院同知，下辖步军衙门和水军衙门及职方司、统领司和机宜司。步军衙门以赵孟锦为主官，水军衙门以刘洙为主官，职方司以江宗杰为郎中，统领司以韩振为郎中，机宜司以原兵部侍郎茅湘暂代。
在上层调整完毕后，两部要在一个月内完成移交并开始工作，可谓时间紧任务重。而军队可谓是赵昺的命根子，六品以上的文官，指挥使以上的将官调动都需他过目审查，以保证自己制定的方针能贯彻执行，所用非人，同时避免被人掺入‘沙子’。
这次调整牵扯到数个部省，调动和补入的官员上百，但赵昺依然不敢大意，从事务局抽调人手会同御前办对举荐和拟任命的人员进行复审，标准就是家事清白，政治过硬，业务精熟，文官有在军中任职的经历，武人有领兵作战的经验。
如此一来工作量大增，不仅御前办的人夜以继夜的工作，赵昺当然也闲不下，淡泊阁的烛光常常彻夜不熄。而白日他除了参加例行的朝会外，还要召开堂议协调各个部门的工作，诏令众臣进宫觐见询问情况。加上因为此次军改涉及编制的改动，不免引起人心浮动，他除了召集各部军将进行解释和安抚，还亲自前往各军巡视，以稳定军心，可谓是工作夜以继日，难得休息片刻……
八月末各部终于在赵昺严厉敦促下完成调整，兵部和枢密院在经过短暂的内部整顿后，于九月中旬开始正常办公，随即对各军的整编工作全面展开，而这项任务更加繁琐和复杂。而此刻陈吊眼再次率军攻下漳州，蒙元调集大军进行清剿，一时间东南震动。
如此陈吊眼称王自立的事情也为行朝所知再掀波澜，朝中众臣纷纷上书，或要求对叛逆予以剿灭，或请求对此部义勇予以招安。赵昺发现朝中众臣对待此事的态度有些微妙。
主张对陈吊眼这帮‘逆贼’予以剿灭的却是一班文臣，他们以为陈吊眼身为大宋子民不思报国，却趁国事衰微之机，聚众建国自立，不奉天朝正朔为主，实乃大宋的叛逆。若不及时将他们清除，各地乱民将纷纷效仿，则会妨碍复国大业。
而一向主战的武臣们则对出兵征剿陈吊眼持反对态度，以为他们虽然自立，却并未奉蒙元为主，而是打着反元的旗号，这正与朝廷相合。朝廷可予以敕封招安，将这支反元力量收为己用，作为来日复国之战的助力，却不是跨海征剿，徒耗军力和钱粮，那样只会助纣为虐。
对于如雪片般的奏疏赵昺却全部压下，未置可否。他清楚文臣们要求清剿陈吊眼，一者是在这局势微妙的时刻表明己方坚决维护朝廷正朔的决心；二者他们从心里还是对陈吊眼这些乱民有提防之心，怕其投靠蒙元，转而对行朝不利。而武人们则没有那么多的花花肠子，一切从实际出发，一者陈吊眼曾助宋军攻打泉州，尚有袍泽情分；二者军中兵丁半数以上为义勇出身，自己去打他们不免有兔死狐悲之感。
现在是军改深化之际，赵昺当然不肯出兵，且自己也早有安排，因此只向几位宰执通报了自己掌握的情况，让他们压下此事，当然他在其中的布置秘而不宣，以防泄密导致事败害了许夫人，更破坏了自己的大计。事实上事务局在陈吊眼起事之前已经联络上了许夫人，不出赵昺所料其还是心向朝廷的，且又得到幼弟的消息自然惊喜不已，对于小皇帝的报恩之举更是感恩涕零，立誓效忠陛下。
八月十五日夜晚，陈吊眼率联军乘机再次突袭漳州城。这次率军进城，守城的元军十有八九被杀，陈吊眼军威大振，兵员猛增聚众十万。而许夫人在攻打漳州的战斗中，获得大批武器甲仗的武装，又有精兵相助，其统领的义军自然如虎添翼率先攻入城中，分得了最大的一块蛋糕不说，兵力也暴增到三万之众。
其后忽必烈获知漳州再次失陷损兵惨重的消息后勃然大怒，命高兴在建宁府设立行都元帅进行镇压，又命完者都为镇国上将军福建等处征蛮都元帅，领兵五千与高兴会合。重兵威逼之下，陈吊眼领军退出漳州城返回云霄一带山中结寨五十余凭险据守，以王命号令群雄。
这次元军却没有出兵攻打兵力强盛的陈吊眼，完者都率军进入福建后，先用大军镇压政和的黄华义军，并贿以重金，以征蛮副元帅重职招降。果如赵昺所料，黄华没有经受的住考验投降了蒙元，因为赵昺已有准备在获知消息后，立刻通知潜伏在黄华军中的探子率军万余出走投靠许夫人，并与黄华部脱离向广东凤凰山一带转进，避开敌锋芒的同时，接受补给，进行整训，建立根据地。
而元军利用黄华熟悉福建山区作战的特点，命黄华为前驱清剿漳州陈吊眼抗元起义军，其熟悉义军山寨作战的特点，带领元军步步进逼。黄华的投降，许夫人的撤离，使义军联盟破裂，南北难以相互呼应，而黄华熟悉山地作战特点，又知陈吊眼虚实，在其协助下陈吊眼被连破数寨。
陈吊眼分兵驻守拒敌，以其叔陈桂龙驻九层漈，自领一部驻漳浦峰山砦，陈三官驻水篆畲，罗半天驻梅龙长窖，陈大妇驻客寨畲。他们凭借险要的地形扼险固守，一时间使元军无法突破，反而遭到重大伤亡，现在战局暂时陷入僵局，两军各自结寨对峙。
他的想法和此前一样，无论对于招安还是清剿，赵昺现在都不敢兴趣。清剿他没必要助纣为虐，元军多死几个对自己只有好处。而招安上杆子不是买卖，陈吊眼虽然受到点儿挫折，但是声势正盛，绝不会接受招安，反而会提出些条件。若是让朝廷承认其地位又将如何处置？大宋还为有给造反者封王的先例，那纯粹是自找麻烦！
当然最后赵昺还是要出手的，但要等到陈吊眼认识到错误的时候，不过替他收拾烂摊子的也不会是自己，而是许夫人。这样绝无羞辱其的意思，而是让他认识到想脱离朝廷造反是不会成功的，必须要依靠朝廷，拥护皇帝才能过上好日子。若是其不能领会自己的意图，那就不好意思了，只有看着他走向灭亡了……
日子很快又到了初冬，不过海南这地方不分冬夏的，只是雨水少了些。军改第二阶段也进入尾声，陆军共编成十个步军师，两个骑兵旅、三个炮兵旅及五个辎重旅，加上御前护军共辖兵力十五万；水军编成攻击船队、支援船队、辎重船队和火力船队，分驻岛南、岛北和岛东三个水警区，另外战兵编成三个水军陆战旅，共有大小战船一千二百余艘，总兵力六万余。
与此同时，新军的半年基础训练已经结束，根据训练情况和志愿准备转入分科专业训练。赵昺决定将新军基础训练结训和各军授旗仪式合并举行，地点就在已经完工的新军营地。过去他觉得这种仪式化的东西十分麻烦，甚至有些厌恶。不过对军中举行的各种仪式却是例外，之所以如此他觉得可能是因为自己是学理工的，从而喜欢线条似的美感，另外他觉的军中的仪式不仅能提高士气，且能让军人增强荣誉感与尊严。
十一月初一，赵昺一早便换上戎装，匆匆吃过早餐便迫不及待的登车，在一营骑军的保护下出城前往新军军营。他自去年岁末勘测场地后便再为来过，此时通往军营的大路已经修通，不需半个时辰军营已经在望，随着离军营越来越近，赵昺心情也愈发激动，虽然军营的设计是出自于他手，可以说每一处都了然于胸，但是看到实物还是觉得十分震撼。
为了新军军营的建设，赵昺先后拨款达十万两白银，整个营区占地三千余亩。整个军营分成了四大部分，包括大操场、总部、分部和南北靶场。其建筑格局赵昺参照了现代军营建成，为一片气象森严的砖瓦结构的建筑群。四面有高大的围墙，墙外有河环护，河两岸树木成行。
军营大门开在南侧，隔河有高大的照壁与之相对。门楼高大，面阔三间，气势之雄伟可与府城行宫大门相比。朱漆大门饰以铜钉铜环，门楣上悬挂着赵昺亲书的“新军训练营”五个大字的横匾。门前有石砌的高台阶，阶前的南路直通河岸。南路两旁有高丈许的石狮一对，河上架一平板桥，用以通大操场。
整个营区共建有营房八百多间，总部以龟山为中心建设，占地约有二百亩，分南北两院。北院是生活区。南院是军营的中枢和教学区，又分东、中、西、三院。东、西院为教室与兵丁宿舍，各有十排带长廊的青砖瓦舍，布局对称，各排房舍之间有走廊相通，每两排组成一个独立的院落，院墙开月形门，每院住约一都士兵。
中院有办公室和尚武堂。高大的尚武堂坐北朝南，四周环以石栏，雕梁画栋，气势宏伟。厅门两侧有副楹联，上书：“尚父阴符，武侯韬略，简练揣摩成一厅；报国有志，束发从戎，莘莘学子济斯望。”虽然这出自于赵昺之手，但绝对是山寨来的。
堂前有长廊直达校门。尚武堂北面是个大空院。院内移植而来的两棵并立的高大古树，二木间悬一铜钟，前边修有一座阅台，用于军将在这里训话和发布命令，因此这里被视为全校之中枢。营本部的东侧是分部，占地百亩。靶场在分部之北，占地四百余亩。大操场成半框形，由北、西、南三面拱卫营本部，占地八百余亩……