丹汗本名林丹巴图尔，是成吉思汗之嫡系后裔、达延汗的7世孙。布延彻辰汗（卜言台周）去世后，由于其子莽骨速早逝，故由长孙林丹巴图尔于1604年继承汗位。林丹汗即位时年方13岁，尊号为“呼图克图汗”（意为“有福之汗”，明人译为虎墩兔憨）。
林丹汗继位时，蒙古汗权不振已经很久了，漠南的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政，蒙古大汗只能支配辽河套的察哈尔部（分为浩齐特、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克），仅被奉为名义上的共主，漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌。另一方面，东方的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路。因此，林丹汗早年的处境非常艰难。
在科尔沁部已投入后金阵营、内喀尔喀五部覆灭的情况下，皇太极开始向林丹汗的察哈尔部渗透。察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉夹在林丹汗和皇太极势力之间，他们为缓解两者间的对立关系，甘愿充当调停者角色，于是在1627年初派绰尔济喇嘛去沈阳与皇太极议和。皇太极不仅暗示两鄂托克归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。林丹汗知道了自己的两个鄂托克通款后金的事实后，不但没有理解他们的想法，反而讨伐奈曼、敖汉，奈曼、敖汉不堪林丹汗的压力，于1627年6月背叛林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。[17]
随后，林丹汗离开辽河套，踏上西迁之路。关于他西迁的原因，有以下几个：首先是因为他在左翼已众叛亲离，再加上后金兵锋正盛，被迫选择西迁；其次是利用右翼力量薄弱之机，兼并诸部，恢复蒙古大汗的共主地位；第三是当时察哈尔部与明朝贸易的据点广宁已经失陷，林丹汗想通过兼并右翼诸部以将明朝给右翼的丰厚“市赏”据为己有。[18]1627年十月，林丹汗以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。[19]
《诸侯时代》中的林丹汗
右翼诸部果然不是林丹汗的对手，林丹汗以秋风扫落叶之势击溃了驻牧于宣府外元上都故地的喀喇沁（哈喇慎）部和定居于归化城的土默特部，很快在右翼立足。经过赵城之战、敖木林之战、埃不哈之战等数次战役，林丹汗在1628年底平定右翼地区，驱逐了顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙），并废除了济农额璘臣（济农是达延汗所设置的代表大汗管理右翼的世袭官职，驻鄂尔多斯，到林丹汗时已实际独立），结果右翼诸部相继归附后金。另一方面，留守于辽河套的察哈尔部也开始瓦解，不仅奈曼、敖汉两鄂托克投靠后金，阿喇克卓特也步其后尘而降金，浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克则北上投奔漠北外喀尔喀硕垒台吉（后来的车臣汗）处。