【东晋的掌权者中，司马元显就因为颁布不合时宜的政令激起民变，桓玄则设定繁密科条，且政令无常，导致怨声载道。
针对“晋纲弛紊”“臣道专行”等乱象，刘穆之着手调校矫正法令，刘裕以身作则，在两人的通力合作下，“改乱章，布平道”，“威令一施，内外从禁”，仅在两三天内，东晋朝堂的风气为之大变。
更难得的是，两人因为都是微末出身，对东晋门第政治深恶痛绝，他们共同整顿吏治，依照策试的方式甄别名不副实的秀才、孝廉，重用出身“寒微”却有真才实学的人，奠定了南朝“寒人掌机要”的政治格局，也为后来科举制的兴盛铺平道路。】
【刘裕和刘穆之两人的君臣相知，引起了刘毅的忌妒。
刘毅是何许人也？他的发迹史其实和刘裕十分相似，而且还是出生于豪门大族。
刘毅同样投身北府兵，共同讨伐桓玄，有兴复晋室之功勋，身居高位手握重权。
而越是相似，刘毅就越不服刘裕，“我以一时之功相推耳，汝便谓我不及刘裕也！”
然而刘毅多次兵败，却使得他的声望愈发比不过刘裕。】
【义熙三年（407）扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘毅看到了扳倒刘裕的机会，他建议朝堂要么派遣亲近自己的中领军谢混接替刘裕掌管扬州；要么任命刘裕为扬州刺史，由左仆射孟昶执掌中枢。刘毅想得很美好：要么刘裕放弃自己的根本之地扬州，要么外镇一方受到朝廷掣制。
“扬州根本所系，不可假人”，“今若复以他授，便应受制于人”，刘穆之一眼识破刘毅的谋划，他建议刘裕两边都不能放弃，要刘裕亲自入朝为己方谋划，“公至京，彼必不敢越公更授余人”，还说了之前的那句“古有挟天子以令诸侯，今其时也”。】
【刘裕入朝辅政，无人敢拦，他还被授予了侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，兼徐兖二州刺史，得以掌握朝政大权，刘毅的算盘算是彻底落空了。
更关键的是，刘穆之此时竟然已经预料到了刘毅等人终会与刘裕兵戈相向：“力敌势均，终相吞咀”。】
“我感觉这个人跟三国时候的一个人很像！”
“仅仅把刘穆之归于谋士，或许稍微有些狭隘了。”
“刘穆之洞察时局，高瞻远瞩，是个不可多得的战略人才啊！”
【义熙六年（410），刘裕带兵北伐南燕之时，广州刺史卢循起兵造反，刘毅率军拒之。刘裕担心刘毅不是对手，写信相约共同平叛，结果刘毅一意孤行，导致全军覆灭，若不是刘裕、刘穆之回援及时，东晋都城建康可能又一次沦陷。
平定卢循之乱后，刘裕还安慰勉励刘毅一番，不过两人早已经是貌合神离了。
刘毅对刘穆之每每所言必中十分痛恨，常常劝说刘裕夺了刘穆之的权。
可刘裕不是傻子，怎么会听假想敌的一面之词而自断双臂，却反而因此更加信任的刘穆之了。】
【刘穆之看出了刘毅“不能居下，终为异端”，因此提醒刘裕做好防范。
刘穆之辅佐刘裕扩大势力，起用那些被刘毅排斥的人。
谢方明和蔡廓原本是刘毅的死党，看到刘毅失势后，这两人拜访了刘穆之。刘穆之于是向刘裕推荐二人，刘裕都给予重用。
义熙七年（411年），刘裕觉得铲除刘毅的时机成熟，于是亲征刘毅。
出征前，刘裕以豫州刺史诸葛长民监太尉留府事，刘穆之为建威将军辅佐诸葛长民处理政务。】
【诸葛长民是参与京口起兵的老人。
此时他看到刘裕铲除异己，于是有了兔死狐悲之感。
诸葛长民私下里对刘穆之说：“人间论者谓太尉与我不平，其故何也？”刘穆之看出诸葛长民有谋反之意，为了麻痹他，刘穆之宽慰到：“相公西征，老母弱弟委之将军，何谓不平？”
诸葛长民在刘穆之的忽悠下，打消了趁机谋反的打算。不久后刘裕平定了刘毅的叛乱，回师京城。
刘穆之早已向刘裕通报了诸葛长民有谋反之意，刘裕回到京城后，召见诸葛长民，趁其不备将他杀死。】
【铲除权臣后，刘裕将打击的目标锁定为东晋宗室。
荆州刺史司马休之因为是宗室出身，又有贤名，因此颇得人心。
义熙十一年（公元415年），刘裕率领大军攻打司马休之，留下刘穆之镇守京城，事无大小，都由刘穆之决断。
在刘裕的强大攻势下，司马休之迅速被击败，被迫亡命后秦。】
【刘穆之作为刘裕的得力助手，他为刘裕镇守大后方，帮助刘裕物色了大批富有才干而又忠于刘裕的人才。
例如世家大族的代表谢晦，谢晦出自陈郡谢氏，门第高贵。
谢晦不仅对刘裕忠心耿耿，还十分有才华。刘裕征后秦时，“入关十策，晦有其九，才略明练，内外要任悉委之”。
除了谢晦，后来又有谢方明等士族人才加入刘裕的阵营，大量士族的加入，减少了刘裕改朝换代的阻力。
还有寒门士子济阳人江秉之、张邵、羊玄保等人
而对于那些有名无实的人，即使出身高贵，刘穆之也拒之门外。
例如王羲之的孙子、王献之的儿子王靖之，他出身高贵而且和刘穆之的私交很好，但他多次向刘穆之求官都被拒绝了，因为刘穆之深知王靖之仅仅擅长书法，并不擅长处理政务。】
【义熙十二年（公元416年）八月，刘裕率军北伐，洛阳、长安，相继收复，生擒后秦主姚弘，献俘建康。
自三百一十六年匈奴人刘曜攻陷长安以来，汉人的旗帜终于再次飘扬在于古都长安，这也是后世辛弃疾说的“气吞万里如虎”的功绩。
然而在此大好的形势下，刘裕却下令停止北伐，只留下十二岁的儿子刘义真镇守长安，自己匆匆返回建康，对此人们表示难以理解，纷纷猜测原因。
司马光在《资治通鉴》中记录道：“辛未，刘穆之卒，太尉裕闻之，惊恸哀婉者累日。始，裕欲留长安经略西北，而诸将佐皆久役思归，多不欲留。会穆之卒，裕以根本无托，遂决意东还。”
从这段话里，我们能够知道刘裕突然返回建康的一個大概原因：一是将领长期征战，思念故土，大多数不愿再留；
二是留守建康的刘穆之于当年十一月初三病死，鉴于朝中没有可以托付大事的人，刘裕怕后方不稳，才急忙赶回建康。】