在帝国战场上陷入苦战的倭军在熊军与帝国军停火之后变得更加吃力，直西北兵团的十几万人投入关外战场后对倭军造成的压力更甚一步。
为了扭转关外战场上的劣势，倭国内阁经过商议之后给陆军部下达命令:
帝国关外战场上转为全面防御，依托山川，河流，城市，村镇节节阻击帝国军的进攻，争取时间。
倭国的主要目光放到帝国的安南殖民地。
安南殖民地的总督李琛将迎来他这一生中最大的考验。
9月22日，倭军发起进攻，首先夺取殖民地安南军驻守的边境哨所。
24日，倭军的航母“翔鹤”号抵达北部湾并出动舰载机，对安南军沿岸阵地进行攻击。位于谅山的安南军被倭军步兵和坦克部队所包围，于25日投降。
投降之前，安南军指挥官命令将他们装备的大量150毫米榴弹炮抛入河中，以防落入倭军之手。
26日，倭军共计4500人的部队和12辆坦克在海防以南的海滩登陆。
26日晚上，战斗基本结束，倭军实现了预定的目标，占领了河内郊外的空军基地、帝国和安南边境和安南北部的重要铁路枢纽，并在海防港派驻了900名士兵，在河内派驻了600多人的军队。
安南陷落之后，暹罗人认为帝国已经无力抵抗倭国入侵，保护殖民地，遂在领袖銮披汶·颂堪的率领下宣布独立，脱离帝国管辖。
而此刻帝国军主力还在马来半岛镇压殖民地起义军。
9月7日晚及8日凌晨，倭军突然在暹罗南部海岸线多处地点登陆。登陆的倭军遭遇了原暹罗殖民地军队的顽强抵抗。
然而抵抗仅仅持续了几个小时，地方官员们就收到了来自曼谷的电报：銮披汶·颂堪统领在与其他高级将领商议后，决定放弃抵抗，允许倭军借道暹罗国境。
倭军挥师遂南下马来半岛，马来亚战役爆发。
9月14日，山下上将指挥的倭军第25集团军，辖新整编的第5、第18师团和近卫师团，共11万人从江户港出发，在南遣舰队、陆军第3航空队掩护下驶向马来半岛。
18日，其先遣部队在暹罗的宋卡、北大年和马来亚的哥打巴鲁登陆，迅速占领当地机场和克拉地峡，随后分兵三路南下。
英帝国军首战失利，节节败退，企图凭借隘路、河流迟滞倭军进攻，以争取时间加强南部防御。
倭海军第22航空战队和陆军第3航空队突然袭击关丹等帝国军重要的基地和机场，重创帝国空军力量。
倭军首先遭到殖民地帝国第3军及数个帝国旅的抵抗，倭军很快就清除了帝国军在海岸线的抵抗之后更集中力量包围及迫使殖民地第3军投降。
倭军在马来亚北部地面占有很大优势，因为他们有强大的空中支援，加上在装甲部队、互相合作、战术及经验均比殖民地帝国军优胜。
尤其是倭军在帝国内的战争中获得很多经验。
帝国军方面没有坦克，而倭军则使用脚踏车及轻型坦克，这令他们能轻易穿越马来亚的热带雨林。
帝国军反攻行动于9月18日展开，但殖民地帝国军很快便被已在暹罗北大年府登陆的倭军第五师团击败。
殖民地海军舰队包括2艘战列号和4艘驱逐舰，由海军上将孙建华指挥在战争爆发前已到达该区。
其旗舰和一艘战列巡洋舰北上迎战倭国海军，因缺少空中掩护于9月20日在关丹东南海域被击沉。
倭军由此夺得制海、制空权，保障了海上输送任务的顺利完成。
这令马来亚东海岸门户大开，允许倭军继续进行登陆行动。
帝国军在马来亚的空军在战事爆发的头一个星期就付出了惨重的代价，导致一些飞行中队需要合并及撤退到爪哇。
剩下的攻击战机大部分在地面及空中很快已被倭军战斗机击落，不能发挥有效的作用，相反，一名新手飞行员史书文9月19日的攻击获颁一级飞行员奖章。
而且，调查显示出倭国军事情报部门聘请了一名帝国军军官柏汉南上校，这名与殖民地帝国空军接触的空军联络官为间谍，当他开始提供情报后，倭军能在3天内摧毁所有在马来亚北部的帝国军空军基地。
柏汉南于9月20日被拘留及被带到爪哇审判，但是倭国人已获得空中优势。
9月24日，倭军已经到达马来亚南部省份柔佛州，他们在这里遇到由殖民地少将卡尔·塔勒斯指挥的马来亚第8师，倭军在这里遇到在战术上的首次挫折。
因为马来亚军在金马士市一带建立了坚强防御，战役围绕金马士桥进行，倭军在此地付出了死伤千人的代价，但大桥却在战斗中被毁，倭军需花了6个小时的时间收复桥梁。
当倭军在金马士西面攻击马来亚军的侧翼时，一场在这次战事中最血腥的战役于9月25日在半岛西海岸的麻坡河一带爆发。
塔勒斯派出已被削弱的马来亚军第45旅去防卫麻坡河南岸，但被从海上登陆的倭军攻击其侧翼，整个旅被彻底击溃，其旅长及属下3个团的团长全部阵亡。
在殖民地中将安达臣的领导下，撤退的马来亚军队在友军的支援下组成麻坡军，孤注一掷的进行了4天的战斗，令其它殖民地的残余部队可以从马来亚北部撤退以避免被包围。
当麻坡军到达了在巴里梳龙的桥梁及发现桥梁已被倭军占领时，安达臣在死伤数字不断上升下，命令所有人冲过去。
一些人逃入附近的丛林、沼泽地及橡胶林地以寻找其在永平的司令部，135名受伤的士兵则落入倭军的魔掌，而安达臣则获颁授帝国奖章。
9月30日，虽然面对帝国空军轰炸机的轰炸，倭军在兴楼再作进一步登陆成功，殖民地帝国军的在柔佛最后防线的峇株巴辖-居銮-丰盛一带全线面对倭军的进攻。
不幸地，卡尔·塔勒斯拒绝在新加坡北面的柔佛建立固定防御。
10月7日，李琛接到帝国军陆军总司令陈中奎的批准，命令部队越过柔佛海峡撤退。
倭军进入柔佛州开阔地后，加快进攻速度。
殖民地军迅速溃败，10月10日撤过海峡，企图凭借柔佛海峡抵御倭军进攻。
10月10日，最后一批殖民地军军队离开马来亚，帝国军军工兵在新柔长堤炸开一个阔20米的大洞，倭军的突击队后来化身成殖民地居民利用小艇横渡柔佛海峡，继续进攻。
在少于两个月的时间内，马来亚战役以殖民地帝国军军队被彻底打败及撤出马来半岛作结束。
接近五万名帝国军士兵被俘虏或被杀。
在日军重重包围下，柔佛海峡以南的8万余守军斗志低落。
10月15日，李琛奉命率残军撤至爪哇。
此役，倭军以伤亡千余人的代价占领马来半岛，打通了进攻爪哇岛战略通道，给帝国军在东南亚细亚战场的防御作战造成不利态势。
山下上将以伤亡一万余人的代价，自北向南席卷马来半岛650公里，直至占领整个马来半岛。
帝国军伤亡远高于日军，投降的士兵也是数万之多。
究其原因，还是殖民地帝国军装备差，战斗经验不足，战斗力低下以及对倭军的突然进攻没有任何准备。
李琛虽然撤了，但用不了多久，他就会带着一支更加强大的帝国军重新打回去。