马德拉群岛和亚速尔群岛是葡萄牙在大西洋上的两个领地，其中，亚速尔坐落于三叉汇接区，横跨大西洋洋中脊；马德拉则位于非洲板块的热点处。此二地皆为火山和地震活动形成。两地的最后一次火山喷发事件发生在1957年，于亚速尔群岛的卡佩利尼奥山（英语：Capelinhos），亦有许多低烈度的地震随之而来。
气候特征 根据柯本气候分类法，葡国绝大部分地区属于地中海式气候，冬季多雨，夏季干燥，其中南部地区、内陆地区以及杜罗河流域夏季气温炎热，而北部地区、中部地区和阿连特茹沿海地区的夏季气温则较为温和。葡国海岸线北侧略偏向海洋性气候，而南部的贝雅区则偏向半干旱气候。 葡国是欧洲气温最为温暖的国家之一，就本土地区而言，北部山区的年平均气温为8－12 °C（46.4－53.6 °F），而南部地区则介于16－19 °C（60.8－66.2 °F）之间。南部的瓜迪亚纳河流域的年平均气温高达28 °C（82 °F），夏季能够达到40 °C（104 °F）的峰值；而历史记录的最高温度曾达到47.4 °C（117.3 °F），于阿马雷莱雅；最低温度则达到−17.0 °C（1.4 °F），于杜罗河畔米兰达。北部山区冬季温度或低至−10.0 °C（14.0 °F）以下，且自5月至10月常有降雪。降水方面，葡国的年平均降水量介于800至1000毫米之间。皮科峰（英语：Mount Pico）一带是葡国国内的雨极，年降水量6,250 mm（246.1英寸）；北部和中部的雷亚尔城区、布拉干萨区、维塞乌区和瓜达区冬季常有降雪；南部降雪较少，高海拔地区除外。葡萄牙每年拥有2,500至3,200小时的日照，冬季的日日照时间为4－6小时，夏季为10－12小时，东南部和西北部地区日照时间相对较长。 葡萄牙西部沿海的海面温度冬季介于13－15 °C（55.4－59.0 °F）之间，夏季介于18－22 °C（64.4－71.6 °F）之间；南部沿海冬季介于15 °C（59.0 °F），夏季介于23－24 °C（73.4－75.2 °F）。 亚速尔群岛和马德拉群岛位于亚热带，但岛屿间复杂的气候细节以及粗糙的地形使得天气预报变得困难。两地的年平均气温变化幅度不大，沿海地区不少于20 °C（68 °F）。亚速尔群岛的一些岛屿则拥有旱季。根据柯本分类法，亚速尔群岛和马德拉群岛大部分属于地中海式气候，而亚速尔群岛的弗洛雷斯岛和科尔武岛介于副热带湿润气候和海洋性气候之间，马德拉群岛的圣港岛属于半干旱气候、野蛮群岛（英语：Savage Islands）属于沙漠气候，年降水量约为150 mm（5.9英寸）。两地的海面温度冬季介于17－18 °C（62.6－64.4 °F），夏季介于24－25 °C（75.2－77.0 °F），最高可达到26 °C（78.8 °F）。 自然资源 葡萄牙矿产资源较丰富，主要有：钨、铜、黄铁、铀、赤铁、磁铁矿和大理石，钨储量为西欧第一位。森林面积320万公顷，覆盖率35%。近些年因气候变化，连年发生森林火灾。2011年，发生森林火灾25221次，燃烧面积为73814公顷。 生态资源 虽然葡萄牙有着数千年的人类定居史，但是一些地区仍然保留着原始的植被地貌。热雷什地区拥有成熟的落叶针叶林，阿拉比达山则保留着全球罕见的地中海型成熟林，而马德拉本岛则分布有历史可追溯至第三纪的照叶林。在葡国的一些荒地，由于人口外流，比利牛斯栎（英语：Quercus pyrenaica）等土生树木在当地有规模性的繁殖。照叶林（又称副热带常绿阔叶林）是一种特殊的植被类型，主要分布在欧洲的少数地区。亚速尔群岛和马德拉岛分布有大型的照叶林区，后者则拥有世界最大的连续型照叶林区，作为葡国的自然遗产保护区域。 葡国分布有许多种类的哺乳动物，如狐狸、獾、野山羊、伊比利亚猞猁、伊比利亚狼、斑猫、兔、鼬、獴和麝猫等。近数十年来，葡国境内的一些野生动物，例如野猪、伊比利亚马鹿、西方狍及伊比利亚野山羊的数量据信有着大量的繁殖。塞图巴尔等地还在市区发现过夜间漫游的野猪。葡国亦是众多候鸟的重要中转地。葡国境内有600多种鸟种，这其中包括定居型及沿途经过的候鸟两种分类，每年都有新的鸟种出现。圣维森特角和蒙希克山（英语：Serra de Monchique）等地于春秋两季有数千于欧洲和非洲两地迁徙的鸟群经过，而亚速尔和马德拉则是美洲、欧洲和非洲三个大洲鸟类迁徙的中转地。 葡国境内拥有100多种淡水鱼，大如欧鲶，小如一些生长于小湖泊的地方型物种。由于栖息地丧失、水污染以及干旱的影响，其中一些物种处于严重濒危之中。葡萄牙海岸的上升海流使得当地富集营养，成为世界上最具营养的海水之一，其中分布有数千种海鱼，包括沙丁鱼、鲔鱼和鲭鱼等；其他海洋物种包括发光浮游生物等。葡国国内有许多特有的昆虫物种，只分布于特定地区；其他常见昆虫物种有锹甲和蝉等。马德拉和亚速尔群岛上有许多特有物种，包括鸟类、爬行类、蝙蝠、昆虫、蜗牛和蛞蝓等，它们与葡国本土的生物体系分离开来，自行进化。在马德拉有250多种可见的腹足纲动物。