帝国局势在1617年急转直下，狂热天主教徒斐迪南二世，继承他的表哥，成为奥地利大公和神圣罗马皇帝。他对新教的零容忍政策，导致他落选波希米亚国王。为夺回王位，斐迪南决定征服波希米亚，反促成神圣罗马帝国内的新教诸侯结盟援助波希米亚，更导致帝国周边的新教国家丹麦和瑞典入侵哈布斯堡家族领地。而改信新教的荷兰反西班牙的独立运动的加剧，和后期信奉天主教的法国加入反哈布斯堡联军，使情况雪上加霜。
虽然波希米亚叛军和丹麦王军被哈布斯堡皇军打败，但与瑞典和法国的战事一直僵持。因此，斐迪南二世将波希米亚王位让与儿子斐迪南三世，以纾解当地民愤。当斐迪南二世逝世后（1637年），斐迪南三世立即与各国议和，终于在1648年签订威斯特伐利亚和约。 三十年战争虽然削弱神圣罗马帝国对内各邦国的控制，使帝国陷入四分五裂的诸侯自立状态；但是，战争期间，奥地利与波西米亚的新教徒都被肃清与“感化”成天主教徒；战后哈布斯堡又强化自身领地的控制力，维持一支五万人的常备军，并在奥地利、波西米亚与西里西亚等地区都建立绝对君主制（专制君权）。因此三十年战争只是使神圣罗马帝国衰落崩解，实际上反而强化皇帝的本体实力。所以1648年后，只能说它扩展皇权的计划挫败，不能说它因此中衰。 从1637年登基的皇帝斐迪南三世，到1658年继位的利奥波德一世（1658-1705年在位），两位皇帝都以各种方式，驯服自家的领地上的贵族地主。皇帝勒令农民每周三天，替贵族地主作白工，鼓励贵族地主将大量农产品卖出获利，换取奥地利与波西米亚贵族对君王的效忠。这个方式获得极大的成功，贵族地主因此向君王（两位皇帝）交出原本的政治特权，任由哈布斯堡家族，掌控主要的立法与收税大权。绝对君主制因此稳定地扎根在哈布斯堡领地上，并且越扎越深。 虽然因为匈牙利贵族的强力反抗，使得贵族特权被大量保留，但是哈布斯堡皇帝在优秀将领拉依蒙多·蒙特库科利的帮助下，先在1661-1664年于匈牙利抵挡住奥斯曼帝国的十二万大军进攻并获得胜利，与土耳其签订和约、承认土耳其对外西凡尼亚的宗主权，强化奥地利对匈牙利的控制力量；然后借由1683年维也纳之战后，与波兰联手打败奥斯曼帝国的威势，在1687年征服并统一大部分的匈牙利，极大地扩张哈布斯堡的领土，并拉开哈布斯堡“中兴”的序幕。 借由萨伏依之欧根亲王（天才将领与伟大政治家）的帮助，奥地利在1687年迎来中兴与颠峰时期。欧根亲王正如奥地利的许多官员一样，根本不是奥地利人；依照出身和教育来分类，他实际上是法国人，并且和当时许多贵族一样，都曾在各国服务任官，是国际性的贵族官僚。最重要的是，他其实是现代奥地利的国家创始人。 欧根亲王在1690年代越发受到皇帝利奥波德一世的重用，担任军事行政长官与统帅时，都表现出杰出的才能。他采用太阳王路易十四的规划办法，改革奥地利军队的供应、装备、训练和指挥，因此在1697年与土耳其作战时，赢得森塔战役（Battle of Zenta）的辉煌胜利，迫使奥斯曼帝国在1699年的卡尔洛夫奇条约上，正式割让匈牙利、外西凡尼亚和克罗地亚给哈布斯堡。 因为1700年西班牙哈布斯堡家族绝嗣，法兰西王国的波旁家族与奥地利哈布斯堡家族，为争夺西班牙王国王位，而在1701-1704年发生欧洲大部分国家参与的西班牙王位继承战争。奥地利与强权英国与荷兰联手，决定摧毁法王路易十四称霸欧洲的野心和霸权。 这场反法战争，由奥地利主帅欧根亲王、英荷联军主帅约翰·丘吉尔，以及荷兰大议长安东尼·海因斯三人所主导。三位军政领袖，组成团结有力的三角同盟，最终在1713-1714年打垮路易十四的野心。结束战争的乌得勒支和约规定，虽然西班牙王位由波旁家族所继承，但是西班牙在欧洲的广大领土，包括南尼德兰与意大利之米兰、那不勒斯等，几乎都割让给皇帝，使皇帝的领地与人口扩张一倍，成为欧陆最大的赢家。新获得的土地不但可以对法国之两侧重新形成遏制，而且不论是在神圣罗马帝国内部还是欧洲舞台上，皇帝的威望都极大的增长。 1713年乌得勒支和约签订后的二十年间（1713-1733年），奥地利迎来历史上最强盛的颠峰期，此后奥地利再也没有这样的强盛国势。因为这二十年中，西欧与东欧的主要强国刚打完死伤惨重、元气大伤的大战（西欧西班牙王位继承战争、东欧是大北方战争），因此出现的欧洲权力真空，就由中兴的奥地利暂时填补。 在皇帝查理六世的统治下，欧根亲王于1716年重新发动对土耳其的攻势，并取得辉煌的胜利。1718年在与奥斯曼帝国签署的帕萨洛维茨条约中，查理六世获得塞尔维亚和瓦拉几亚的部分领土。 1720年，查理六世借由奥、法、荷、英的四国同盟，共同压制敌对的西班牙（四国同盟战争）；并威逼萨伏依的国王，强迫他用富庶的西西里岛，和查理六世交换次等的萨丁尼亚岛。得到西西里的奥地利，处于人口与领土扩张的极限，但好运很快就用完。此时奥地利国势发展到颠峰，但也意味着即将到来的国势下滑，下坡路很快就来到奥地利面前。