显然，这样的机构存在两个突出的弊端，其一是不能使王国事务形成一个有效的整体，实行中央集中领导;其二是不利于中央对各经济部门实行专业化管理和领导。因此腓特烈二世对该机构进行了许多改革。这些改革总的来说，主要是建立一些新的职能型政府部门，以代替全能型的总理衙门，加强对部门经济的领导。1740年到1777年，腓特烈二世先后建立了工商业部、军事管理部、财务关税部、矿业冶金部、林业部等新的职能型部门，到其统治结束时，基本上在中央建立健全的政府经济部门，加强了对经济工作的统一有效领导。
其次，因地制宜，采取不同政策促进采矿业和冶金业的发展。 为了加强对普鲁士重工业的开发和领导，腓特烈二世于1768年成立了王家矿业署。他指示该署负责人海尼茨制定重组和扩大普鲁士制铁工业的计划，并拨出26万塔勒用于扩大和改善采矿业和冶金业。在国家参与重工业发展中，以开发西里西亚最为典型。腓特烈二世通过立法，扩大王室对西里西亚矿藏资源的所有权，大力发展国有企业。1740年以前，西里西亚的地主们拥有在他们领地范国内发现的矿藏的所有权。为了便于国家大规模的开发、利用西里西亚的矿藏资源，腓特烈二世于1756年颁布了"矿业法"，规定王室应获得该地矿石产量的十分之一。七年战争以后的重建时期，他又制定了新矿业法，据此，国家获得了将某一地区指定为王室矿业特许租借地的权利。私人开采者只有在取得王室特许后才能开采矿石。 1753年至1754年，政府在马拉帕涅和克雷兹堡建立了三座鼓风炉，为解决人力不足问题，政府采取不承担各种义务、低税率、疾病工资、住房津帖、免服兵役等优惠政策，吸引曼斯菲尔德、勃兰登堡、萨克森的技术工人和、矿工移居西里西亚，从而保证了国有企业职工的素质。 再次，力图改变国际贸易模式，积极扶植纺织业的发展。 在腓特烈二世统治时期，纺织业是普鲁士最大的也是唯一能生产出口物品的制造业部门。为了改变普鲁士以出口谷物和原料为主的国际贸易模式，减少国际贸易中的逆差，腓特烈二世采取各种措施保护、扶植纺织业的发展。继位不久，他就颁布了一项禁令，严格禁止出口毛皮、羊毛和纱锭，禁止外国纺织品进口，违者处以死刑。为解决资金不足问题，腓特烈二世通过王家赐予和成立抵押银行贷款形式，向纺织业主提供资助。他还设立了"丝织业基金"，由国家信贷机构提供10万塔勒的初始基金。该基金由纺织业负责人管理，不受财政局控制。此外，政府还每月向丝织业提供津帖，即使在经费困乏的七年战争期间，他还给制丝业业主提供5万塔勒的资助。为解决织工短缺问题，腓特烈二世采取向外国企业家和技工提供机器、津贴、年金和减免税额等特权，吸引他们来柏林工作。在七年战争期间，每年用于引进外国熟练工匠的费用仍达3000塔勒。由于采取以上种种措施，普鲁士的纺织业迅速发展。据海茨贝格1785年的统计，普鲁士毛纺织品年出口值达400万塔勒。仅西里西亚的亚麻出口值就由1748年的350万塔勒增加到1790年的590万塔勒。 农业 建立经济稳定的农民阶层 第一，由"保护"农民向"解放"农奴发展。腓特烈二世继续奉行其前辈试图禁止领主驱赶和虐待农民的政策。1750年，盖特伯爵夫人因虐待女奴而被处六年监禁。腓特烈二世认为宣判太温和，命令重新审判。腓特烈二世首先在波美拉尼亚，以后又在其他地区减轻农民的劳役，改每周六天的劳役为三天。1777年，他宣布农奴使用土地权可以世代相传。这无疑对限制领主驱赶农民、剥夺农民的土地有积极意义。更重要的是，腓特烈二世开始向传统的法律原则开刀，在解放农奴的道路上迈出了艰难的第一步。1763年，他颁布法令，取消波美拉尼亚农奴依附关系。1771年11月8日，他下令废除普鲁士的所有人身依附和奴役状态。尽管他的这些政策遭到了贵族领主的强硬反对，但其政策的制定和在一定程度与范围的贯彻执行，对农奴制度进行了冲击，奠定了19世纪斯太阳--哈登堡及以后一些政治家解放农奴政策的基调。第二是鼓励移民，扩大生产者队伍。腓特烈二世利用邻国每一次提高税额，每一次天灾人祸之机会，鼓励、吸引外国人移居普鲁士。在他统治期内，共新建了539座农民村落，有42万个农户移居普鲁士。这些移民除随身携带了大量实物外，还带来了他们的技艺。腓特烈二世用在移民身上的直接费用达2500万塔勒。他还以减免赋税、免服兵役等措施优待移民。这对于稳定移民情绪，使其迅速适应新环境，安家立业，发展生产都有积极意义。 兴修水利，开垦荒地，扩大耕地面积 随着生产的发展和人口的增长，粮食和其它农业品的需求量扩大了。为了得到更多的耕地，腓特烈二世鼓励大规模兴修水利，开垦荒地。18世纪50年代，政府实施了一项由工程师冯·哈莱姆制定的大规模改造沼泽地计划，并为此动用了军队。1753年，排干沼泽地15000公顷，有6000余人迁居到这片新的肥沃土地。对奥德河流域的治理使腓特烈二世得到了22.5方公顷土地，在此建立起12000个小农家庭。对此，腓特烈感叹自己不费一枪一弹就"赢得了一个省"。 建立农业贷款银行，向地主和农民提供农业生产用贷款 为了帮助地主和农民解决农业生产资金不足的问题，腓特烈二世采纳了柏林商人布雷的建议，分别在西里西亚、马尔克、勃兰登堡和波美拉尼亚建立了三家农业贷款银行。这些银行通过发行抵押债券，向大地产所有者提供大量资金。西里西亚的农业贷款银行第一发行债券就达2000万塔勒，其中腓特烈二世提供了20万塔勒。这些钱被用来实施改良土壤、植树造林以及作为农业生产资金，对普鲁士的农业发展起了促进作用。 鼓励学习外国先进耕作技术，努力改善普鲁士农业生产条件 腓特烈二世十分注意英国和荷兰农业生产方法的成就。他支持翻译出版英国经济学家阿瑟·杨格有关农业方面的著作，聘请英籍经济学家来普鲁士工作，派遣国有土地承租人的子孙们去英国学习农业生产方式。腓特烈二世重视改善牲畜品种和质量。他引进西班牙美利奴的细毛羊，鼓励农民在冬季圈养羊。在他统治期内，牲畜数量迅速增加，仅西里西亚和勃兰登堡两地，就有羊3.5万只。为了提高国产烟草质量，节省国家在购买美洲烟草上的开支，腓特烈二世于1780年责成化学家阿卡德研究改进烟草种植问题。当阿卡德的研究取得了一些成就时，腓特烈二世赐给他500塔勒，表彰他在改进烟草种植方面做出的贡献。