一九二八年春天，傅斯年接到考古学家马衡一封信，马在信中建议傅设法收购流散在外的大量清内阁大库档案。
马衡（1881年-1955年3月），浙江鄞县人，字叔平。 早年入读南洋公学，精于汉魏石经，注重文献研究与实地考察。中国金石学家，考古学家，书法篆刻家。曾任北京大学研究所国学门考古学研究室主任、西泠印社第二任社长，故宫博物院院长 。一九五二年任北京文物整理委员会主任委员。 主持过燕下都遗址的发掘，对中国考古学由金石考证向田野发掘过渡有促进之功，是中国近代考古学的一个重量级人物。 这件事傅斯年虽然早有耳闻，但看过了马衡的信后，感觉到了事态的严重。当即去找国民党要员戴季陶、朱家骅，结果终因资金难筹而无果。傅斯年随后找胡适、陈寅恪商议，商量的结果是求助老校长蔡元培。于是就有了一九二八年九月十一日，傅斯年关于此事给蔡元培的一封信。 信的全文如下： “午间与适之先生及陈寅恪兄餐，谈及八千麻袋档案，本是马邻翼时代由历史博物馆卖出，北大所得，乃一甚小部分，其大部分即此七千麻袋，李盛铎以万八千元（按：实为一万六千元)自罗振玉手中买回，月出三十元租一房以储之。其中无尽宝藏。盖明清历史，私家记载，究竟见闻有限；官书则历朝改换，全靠不住。政治实情，全在此档案中也。且明末清初，言多忌讳，官书不信，私人揣测失实。而神、光诸宗时代，御虏诸政，《明史》均阙。以后《明史》改修，《清史》编纂，此为第一种有价值之材料。罗振玉稍整理了两册，刊于东方学会，即为日本、法国学者所深羡，其价值重大可想也。 “去年冬，满铁公司将此件订好买约，以马叔平(按：马衡字叔平)诸先生之大闹而未出境。李盛铎切欲即卖，且租房漏雨，麻袋受影响，如不再买来保存，恐归损失。今春叔平先生致函斯年设法，斯年遂与季(按：指戴季陶)、骝(按：指朱骝先，即朱家骅)两公商之，云买，而付不出款，遂又有燕京买去之议。昨日适之、寅恪两先生谈，坚谓此事如任其失落，实文化学术上之大损失，《明史》、《清史》恐因而搁笔，且亦国家甚不荣誉之事也。 “拟请先生设法，以大学院名义买下，送赠中央研究院，为一种Donation（此恐为Donation之误，意为捐赠品），然后由中央研究院责成历史语言研究所整理之。如此，则（一）此一段文物，不致失散，于国有荣。（二）明清历史得而整理。（三）历史语言研究所有此一得，声光顿起，必可吸引学者来合作，及增加社会上（外国亦然）对之之观念，此实非浪费不急之事也。先生虽辞去大学院，然大学院结束事务，尚有杏佛先生负责，容可布置出此款项，以成此大善事，望先生与杏佛先生切实商之。此举关系至深且巨也。至费用，因李盛铎索原价一万八千元，加以房租，共在两万以内，至多如此。叔平先生前云可减，容可办到耳。”傅斯年、胡适和陈寅恪在商量此事时，想得很周全。首先，凭他们对蔡元培的了解，蔡元培肯定会为此事全力以赴。考虑到中央研究院也无买下的资金实力，只有大学院能有条件张罗到钱。而蔡元培此时虽然已不是大学院长，但影响力还在，加之还有杨杏佛从中全力斡旋。 杨杏佛（1893年4月5日 —1933年6月18日），名铨，字宏甫，号杏佛，江西清江县（今江西省樟树市）人，祖籍江西玉山，近代经济管理学家，辛亥革命社会活动家，中国人权运动先驱，中国管理科学先驱。 一九三三年与宋庆龄、蔡元培、鲁迅等组织成立中国民权保障同盟，任执行委员兼总干事，主持该同盟的日常工作。先后组织并亲自参加了营救罗登贤、廖承志、陈赓等共产党员和许德琦、丁玲、潘梓年等教授作家的活动，公开发表谈话揭露国民党当局镇压人民抗日爱国运动的罪行。因得罪了当局，而被特务暗杀。 蔡元培此前对保护明清档案史料也是做了很多的事情，其中最大贡献，是他创立了专门学术机构，使档案史料能够永久保存。 蔡元培中西兼容的学术背景，使他成为二十世纪初较早具有公共意识的学者。国外的学习考察经历，使他对西方档案馆的公共性，对大学与档案馆的关系都有切身体会。对国外各国都有大规模的档案馆十分羡慕，认为只有专门设立档案收藏保存机构，史料与修成之史才“有并存共在之可能”。 此外，国内大量珍贵史料档案的流失，引起蔡元培的愤慨。他谴责造成档案流失之人“缺少公心，不知史料的价值”。强烈的公共意识促使蔡元培积极投身于专门学术机构的建设，并借以保存史料及明清档案。 一九二四年四月，蔡元培就在英国呼吁将各国退还中国的“庚子赔款”用于发展教育文化事业，特别提到要建立一个科学博物院，这所科学博物院包括“陈列、实验、演讲、研究、编印新图书杂志等事”。他对档案保存机构的设想是紧密结合整理与研究，集保管、开放、利用为一体的西方档案馆性质的学术机构。类似的学术机构在民国时期先后出现过三个，分别是北大国学门、中央研究院历史语言研究所、故宫博物院文献馆，这三个机构先后参与了明清档案史料的整理，且都与蔡元培有密切的关系。 他先后担任过北大校长、中央研究院院长、故宫博物院理事会理事长。蔡元培以他卓越的才能成为近代中国学术机构的奠基者和领导者，为明清档案史料建立了永久的保存机构，也是清代内阁大库档案最后得以归还公有的关键性人物。 前面提到过了，蔡元培这时已经辞去大学院院长的职务，但是为留住这批珍贵档案，即于九月十二日致函大学院总干事杨杏佛，“欲大学院以二万元购李盛铎所藏之档案。如能腾出此款，当然甚好。但几日内有法筹出否？”
收到老院长的信后，杨杏佛马上全力为之。 蔡元培、杨杏佛对于这部分内阁大库档案最终得以保存在史语所，并得到迅速整理、研究、刊发功不可没。 一九二八年十二月，史语所派员至北平，由马衡介绍，找李盛铎洽谈，后又由陈寅恪、李宗侗出面办理。 一九二九年三月，陈寅恪致信傅斯年，说已向李盛铎预付定金，并说由罗振玉清理印出之史料乃其中之极少数，其余并未开包。最后，如傅斯年设计的路径，大学院买下了这批档案，交由中央部研究院，最后，傅斯年如愿以偿。 清亡以来，这批档案数易其主，辗转搬运，潮湿腐烂、鼠啮虫蛀，损失相当严重。一般官僚政客，乘检视之机，将珍贵案卷攫为己有，加上纸店主人挑选出售，罗、李收藏时各有留取。历史语言研究所运进时，计称得存于天津之档案六万余斤，存于北平的部分大约与之相当，总计约十二万斤，较原来应该是已经少了二万余斤。 但是，无论如何，这些国宝，还是基本保留下来。 那些为保护这批国宝，曾做出不懈努力的先贤们，是不应该被忘记的。