为了全力对付花剌子模，成吉思汗经过慎重考虑，马上任命厚重沉稳的木华黎将军为国王，毅然将对金作战的大权，全部移交了。
不过，他要经过长途奔袭，才能攻花剌子模，其实心里也没底，于是将蒙古国的精锐，悉数带走了。 蒙古人攻下中都后，阿里不对金国非常失望，便劝边防将军带着乣军，投降了早己认识的成吉思汗。成吉思汗留下了一万五千人的乣军，并让阿里不协助木华黎将军，继续征伐中原。 这时的乣军，主要由契丹人、汉人、高丽人、女真人和弘吉剌人等组成，但成吉思汗知人善任，相信富有谋略，文武双全的木华黎，是不会辜负自己的。 木华黎后面的累累战果，也足以说明，成吉思汗没有看错人。 在攻花剌子模之前，成吉思汗按照一贯小心谨慎的风格，进行了充分准备，并让大将哲别带两万人马，先去攻打横亘在蒙古国与花剌子模之间的西辽国，以打通交通运输线。 接下来，他又通知附属国至少出兵五千，跟着蒙古大军一起出征，除了西夏跟着征伐了好几年金国，已不堪其烦，不答应出兵以外，其它附属国，都派出了军队。 他还找来沙吾提了解情况，沙吾提做生意时，多次去过花剌子模，对那里的情况非常了解。 成吉思汗拿出地图，让沙吾提根据打探来的情报，将花剌子模的地形、城池和军队分布等情况，给自己和各位将军讲了一遍，然后才开始探讨作战部署。 拿出了作战方案，他想了当年跟着忽鲁打猎时，那五只窝子犬，于是叫来了四个儿子：“上次，你们额吉讲了鹰和狐狸的故事，还没有忘记吧。应该知道，蒙古本土东边的领地，早已分给了你们的叔叔哈撒儿、别勒古台、合赤温和帖木格。斡难河和克鲁伦河之间的蒙古本土，按照我们蒙古人守灶的传统，是留给拖雷的。”他神色严峻地看着术赤、察合台和窝阔台，“现在，你们开疆拓土的机会也来了，这次谁攻下的城池多，到时候得到的封地也多，明白了没有。”
三个儿子听了，立即摩拳擦掌，准备大干一场。 这种善于调动大家积极性的做法，也成就了成吉思汗一生的辉煌。 听说花剌子模也是以平原和荒漠为主，成吉思汗还吩咐哈撒儿，从兴安岭北面的老林子中，找来了十个盲骨子。 为了有备无患，他让哈撒儿找盲骨子时，还收集了很多牛皮袋晒干的木耳回来，准备带到花剌子模使用。 晒干了的木耳，泡了水之后，膨胀得很大，在急行军时，可以喂马不说，人也可以吃，是一种非常方便的人畜皆宜的干粮。 征集大军的同时，他还亲自带着人，从金国的百万匹战马中，选出了三十万匹骒马，其中有三万铁蹄马，然后又让人从燕然山的育马场，选出了十五万匹骒马，其中有两万铁蹄马。 除了铁蹄马，他选的马主要还是蒙古马，这种马其貌不扬，却耐寒吃苦，在近距离交战时又不惊不乍，远非一般战马能比的。 选好了马，他自然想到了军犬，由于是第一次远征，共选用了五万只，外表威武雄壮的藏獒，非常适合充当先锋，便征用了两万只，而蒙古獒、契丹犬和杂交犬，则各选了一万只。 这一次，由于犬的数量多，他也想试一试杂交犬的战斗力。 在武器方面，成吉思汗听从了耶律楚材“工欲善其事，必先利其器”的建议，让工匠抓紧时间改良和打造兵器，从中原抓来的汉人工匠，还发明了喷火筒，是攻城的利器，也准备投入使用。 另外，经过好几年的准备，除了怯薛军借鉴铁鹞子，全部配备了瘊子甲，蒙古大军的左中右大军，重骑兵已达到了四成，轻骑兵则为六成。 每个蒙古士兵，都分别配备有远战和近战武器。远战武器有复合弓，冲刺所常用的弯刀，近战武器则为砍斧、长矛和狼牙棒。 轻骑兵除了外穿皮制战袍，还得穿上好几层丝绸制成的内衣。 丝绸的质地致密坚韧，当敌方的箭穿透外面的皮制战袍，就很难穿透里面的丝绸内衣了。这样一来，丝绸一般会包裹着箭头进入人体，除了防止毒箭的毒素侵害，箭的倒钩也无法发挥作用，箭也容易跟丝绸一起被拔出来。 花剌子模毕竟是西域的大国，通过打探和了解，成吉思汗和将军都知道了，他们的战马，最好的是高大的汗血马和阿拉伯马，武器也毫不逊色，士兵一搬手持弯刀、长矛，背上背着组合弓，身上披的则是锁子甲。 探子还专门从花剌子模，带回了一套弯刀、长矛、组合弓和锁子甲，各位将领试用了以后，对弯刀特别感兴趣，明显比蒙古人的锋利，也更轻便，使用起来更为方便。 而蒙古的弯刀，基本上是仿造辽国和金国以前的样式，成吉思汗便叫来工匠，开始仿制了一大批花剌子模的弯刀，开始投入军中使用。 成吉思汗作各项准备时，哲别将军已经到了天山兀畏儿的地盘，兀畏儿以前归附于西辽，后来倒向了蒙古国。 却说乃蛮部的太子古出鲁克，当年败逃到了西辽，当上附马后，便谋害了西辽皇帝，自己取而代之。他信奉景教，便强迫本来信奉***教的西辽人，也跟着改信景教，从而犯了大忌，引起了当地人的不满，兀畏儿毗邻蒙古国，首领亦都护率先倒戈，投靠了成吉思汗，畏兀儿也成了蒙古国的附属。 当蒙古大军来到果子沟时，眼前一亮，这里果树成林，绿草如茵，山花烂漫，牛羊成群，与荒凉的戈壁阿尔泰山相比，迥然又是另外一个天地。 山谷中的巩乃斯河两岸，分布着成片的枣林和桑林，陡峭的山坡上，则到处是野果林，除了高大的野杏、野苹果等果树，还有黑果小檗、天山樱桃等灌木丛。 大军来到野果林，远远就闻到了一种香味，那是地上长年堆积起来的苹果泥，经过发酵以后，散发出的酒香味。 这个时候，恰逢野苹果熟了，掉落在地上，吸引了成群的野猪和马鹿。 哲别将军见状，让大军停了下来，捕杀了很多马鹿来充当军粮，他们不喜欢吃野猪肉，在打猎时，发现这里的野猪，数量多不说，个头还非常大，有些皮毛发白的老公猪，甚至有牛犊一般大，足有近千斤重。 大军还采摘了一些野苹果，试尝了一下，发现很酸，只得丢了。