还丹也叫凝结圣胎或外药了命，此时已经可以感受到先天一气了，所以是一种本质上的等阶的提升和升华，就和修真小说里面那种跨了大境界的升级，各种属性值不仅有飞跃性的提升，而且会发生一些质的变化。因为下一阶段叫大丹，所以刘一明又把还丹称为小还丹，当然小不是大小的小，而是指“仅还其元”。什么意思呢，就是恢复人的本原，就是恢复原来耗损的精气神。为什么叫“仅还”呢，因为恢复了，但只是恢复，还没有经过煅烧，还没有真正属于自己，所以还是很容易再耗损掉的意思。要接触到先天一气，刘一明的功夫叫得窍，当然和传统的玄关一窍不一样，他不认为身体的某个地方才是窍，这样就有一个问题了，以前给一个具体的或者大概的位置，还可以往那使劲，下功夫去感受，现在没有具体位置了，那怎么修炼。刘一明讲，你只要静坐，功夫到了自然就会进入一种恍惚杳冥的状态中，精神虚静而不会分散，当然他还有一些具体的功夫的，这里不多讲。总之当达到某一个点以后，自然就会与先天一气交通，接下来用十二消息卦中的前六卦下功夫，从复卦到纯阳的乾卦，六阳全复，五元用事，圣胎就结了。还丹只是恢复了耗损，所以到了大丹阶段就要加以温养了，经过温养后的圣胎不但坚固了，更重要的是最终要摆脱肉体，“迸出法身”，此时又达到了一个新的境界，因为没有了肉体的限制，所以此时就跳出了五行，不在轮回中了。简单分的话，这一阶段可以分为温养和迸出法身两步，还丹时进阳火得到纯阳之体，而这一步就是要退阴符，用的是十二消息卦的后六卦，从一阴生的垢卦到纯阴坤卦，实际上就是用真阴保真阳的功夫，纯阳的东西当然不能用阳火温养了，所以这一步是用的退阴符的功夫。经过大丹阶段后，对先天一气的感觉就非常直观了，达到了一定的融合程度，与先天一气的那种隔膜变弱直到完全消泯，“十月胎圆，乃神全气足，根尘拔去，客气消化，阴尽阳纯之象”。刘一明说，这一阶段会有一种混沌七日、百脉皆息、万虑俱寂的假死现象，所以是一个大关口，不注意就真完了，挺过去了，就可以功力大进，圣胎就可以迸出了。这个圣胎，刘一明又称它为婴儿，当然这是丹道里的说法，并非如同现代修真小说里那种元婴，而是种法身，相对于肉身来说的。此时，法身与先天一气就没有一点隔阂了，而先天一气又是宇宙的本原，可以说就是宇宙本身，无处不在，所以此时的境界就很玄妙了，没有了肉身的限制，达到了一种虚空的境界，实际上是完成了性命双修的了命的功夫。同时，又因为是一种虚空的境界，所以又是了性功夫开始。最后，刘一明讲的这个子又生孙的境界，感觉他自己也没有底气，应该是自己没有达到这个境界，或者干脆脑洞还没有开放到那个程度，所以讲得比较少。当然，也明确指出，这是完全修完了性的功夫以后，是一种完全针对法身的修炼，如果简单说，大概就是要和先天一气进一步融合，体会宇宙生化的本原，是传统内丹学中的与道合真吧。表现的话，应该是身就是宇宙，身就是道，无处不在，无所不能，总之超越了人的想象的一种生命层次吧。有了自己完善的内丹修炼体系后，刘一明进一步对外丹等进行了批判，比如外丹，在清朝早已证实了很多矿物是有毒的，泥水丹法的房中术更是否定。其他的如清修派、禅宗等等存在的问题都有涉及，就不一一列举了。刘一明的内丹理论引入了大量的易学方面的东西，特别是他在构建整套修炼体系中，对“中”、“时”和“逆”有自己的一套解释，比如“中”就是后天所损耗的那部分，也是后天返先天要解决的逆的可行性，至于“时”则更多的是用卦爻来和火候相配合的运用。深层次的东西这里不讲了，想了解刘一明在易学方面的成就，可以看看他的《周易阐真》。修炼方面，刘一明对传统的炼精化气那几步功法加以改造，在《修真后辨》中列出了修炼十八招，在《金丹四百字解》中总结了二十四诀，在《修真九要》中又搞了个九步功法，这是他在研究和理解微观和宏观的炼养的基础上的体会，后人归纳总结为四大阶段：炼己筑基、凝结圣胎、沐浴温养、脱胎出神。炼己就是筑基，属于心性修炼，目的就是消灭心中的欲望，坚定修道的信念，“修行炼己最为先，绝欲忘情却万缘，六贼三彭皆剪灭，干干净净一丹田。”
圣胎实际上是无形的，无识无知的，是一点真灵凝而不散。通过阳长阴逍遥，攒族五行，阴阳混合，浑然一气等功夫，使意念不断锻炼加强，由雾丹转化为气丹，最后达到凝结不散的状态。沐浴是为了洗心涤虑，温养是为了进一步消除残存的阴气，达到神气不离，抱元守一的境界，此时意识呈团状，就是金丹，意念引导进黄庭温养。脱胎则是用虚无真性培养圣胎，成神前后是有有之法和无为之法，即了命和了性两个阶段后，法身和色身可以分开，达到合道的境界。后面的三年乳哺、九年面壁和前面的就一样了。以道为本原，结合儒、释，以三教同源发展了自己的丹道。刘一明认为，人的本性、天性是天定的，从孕育而生，就受到虚无中的先天祖气影响，这种先天祖气是至纯至善的，这就是所谓的天赋之性、真如之性。但人一出生，开始呼吸开始，就受到了后天的污浊之气影响而变得邪恶了。那么只有不断的行善才能避免受这种侵染。修持方面，则同样受封建社会的影响，提倡纲常伦理，当然这也是北宗全真教的修性功法。由此，刘一明的三教合一，三教相通，兼而用之方可成圣。这当然也是继承自王重阳的三教合一的思想。他的《三教辨》中有言“儒即是道，道即儒，儒外无道，道外无儒”。三教合一其实不用讲太多，刘一明自然也是支持这一观点的，开始龛谷老人就让他回去细读百家经书，特别是《论语》。悟通金丹大道以后，“混俗和光”，一直在世俗行医，到兴隆山后更是与各地信众一起修复各处建筑。随便举一个例子，他所说的先天一气，在他看来就是周易里面的太极，也是儒家所说的“中”，老子所说的“道”，佛教所说的“虚中”，执中、守中、虚中，这个中字就是三教圣人的心法，所以性命双修，万千大道归根到底就是这个中字。再比如他给五行加入了五德属性，就是儒家的仁义礼智信，这五元五德浑沦一气，生于先天，发于后天。再如他说人的魂是历劫轮回的，就像种子一样，这一思想和佛教的阿赖耶识相似，累世的历劫信息得以保存。当然，再展开讲又涉及了本体论等深层次的理论了，三教都是在走一条穷理尽性之路，最终至于命的过程中，侧重不同罢了。前面讲过，儒家走的中庸之道，不偏不倚，存心养性；佛教的虚中则有中观的特点，明心见性，缘起性空嘛；道教的守中则视作了本体，强调这是人生而带来的先天属性，是修真炼性。刘一明则认为中就是至无中含有至无，至虚中含有至实，生生才是重点，从而构成他的宇宙观的核心。这个话题，刘一明讲得很多，也很深入，特别是利用了易学的内容，融入了儒家和佛教一些思想，既是三教合一的体现，也是他在内丹学方面的一种解析。