上面讲过，林兆恩创教的初衷是三教归儒，为什么呢，主要是他发现佛、道二教的问题较儒学问题更大一些，比如“道氏者流只求炼丹，轻视明伦嗣续；释氏者流只知顽空枯坐，不求导引阶梯”。当然儒家的问题也不小，既然三教都存在着不足，那么以问题最少的儒家为基础加以改造、完善显然是最符合情理的了，所以他希望以彼家之长补儒家之短，这就是他的初心，这一思想同样表现在他的《九序心法》中。先学会明伦处世，再修身炼性，最终明心见性，这是建立在三教归儒基础上的最正确的修行姿势，而这也是林兆恩创作《九序心法》的目的。其实林兆恩有这样的思想并非个例，前面刚刚讲完的伍、柳同样一直在想办法向儒家表达善意。儒家千百年传承下来的，道士们出家前接受的也是儒家的教育嘛，从开蒙到科举考试，必须生活在这个被儒家思想统治着的社会，不受儒学影响根本就不可能吧。在这种背景下，三一教要求先学习三纲五常，学会做人，然后才可以炼性明心，是不是一点也不感觉奇怪了？至于以后能否修成正果，成圣成仙成佛，达到极则之境，然后去拯救地球，不能实现又怎么样，反正先接受了一番儒学的洗脑，所以，看到这部绝世秘籍《九序心法》中还要背四书五经就不会再奇怪了。三一教的教内秘传，历来是口口相传，心心相授的，所以教外就鲜有人知，但是由于代代相传下来，因人施教，分别授法，循序渐进，所以师傅的水平就成了决定性的因素。每个人的资质不同、理解不同、功夫的进境也不可能相同，于是在给门人弟子们传授功夫的时候自然就有了各种不同的地方。经过一代代的传承，特别是进入清代以后逐渐转入地下传播以后，对这部心法的解释就更加多了，甚至出现了上面所说的邪修，所以下面只能大概讲一讲。林兆恩是按照自己的理解，综合了三教的很多东西，设计了九层，称为九序心法。道友们都知道，九是极数，也是极阳，意味着这套功夫最终要达到纯阳境界，也和他的夏教配套。林兆恩说过：“以明伦为立本，以见性为入门，以虚空为极则。”
这是九序的总纲。按他的这个总纲，九序可以分成三大境界：立本、入门和极则，每个境界各有三个小境界，修炼的过程就是要一步一步打怪升级，和现代修真小说相似。下面简单讲一讲每一级的内容，多少会讲一点具体的功法方面的东西，当然丑话先说在前面，只是个人的理解，不保证和林教主的心法一样。先看立本境界，林教主说过：“立本者，莫先于孝、悌、忠、信、礼、义、廉、耻”。不用解释也知道了，前三序主要是洗脑的，坚定儒家的三纲五常之类的信念。前面讲过，入三一教不用抛家弃子，那样的话就与儒家的思想相背了，只要心里有坚守，什么人都可以入教，在哪都可以修行。第一序艮背这一序要多讲一点。首先得先简单解释了一下艮背的意思。艮背这个词出自易经中艮卦的卦辞：“艮其背，不获其身；行其庭，不见其人，无咎”。第一序艮背，第二序就是行庭，都是源自这句卦辞。这句卦辞就不解释了，估计道友们都明白，林兆恩把艮背作为整套功法的第一序，入手的功夫，显然是有自己的理解和目地的。易经中艮的本义为山为止，林兆恩就是取它的不动如山的意思，用来表示心念不动的静的功夫。只有艮山才能够使人真正脱离对财色的贪欲，当然凡俗界的其他各种诱惑也算。艮山，就是山其心，是要把心练得和山一样稳，心在山林间，保持正念，不被迷所迷，不被惑所惑，而不是说让你人跑到深山老林里，心里却还想着外面的花花世界。仔细想的话，林兆恩也没有什么创新，这不就是前面讲的坐忘吗，只不过用艮山、艮心、山心解释了一番。艮背的背字林兆恩是这么理解的，它由北和月组成的，月不管了，只用这个北就行了。北方属水，背就是水，就是后天八卦的坎位。而心属火，是南方的离卦，如果把心火放到北方水中，再用南方的火温养，这就是洗心退藏于密。比如要想修炼必须先有一个好身体，这和道门前辈的观点是一致的，否则也就没有所谓的筑基功夫了。前面讲过，林兆恩的医术相当高，对传统中医非常推崇，他认为人的健康最重要的有两方面，一是心理，要恬淡虚无，二是生理，要经络气血正常。反过来说，如果心病、气逆，身体自然就会生病，所以健康的前提就是“神定而气顺”。丹经里的心火是指的是念头、心神，心神本是正的，但会受到外邪的影响，要达到内外两忘，就需要用内心的念止外念，忘了外念以后再忘内念，以妄离妄，以幻灭幻，先忘其外，再忘其内，这就是顺序，不能乱。这样的结果，或者说要达到的目标是什么呢？当然就是使内心清净，这就是艮背的功夫，是一种以念止念，以妄离妄，把念头逐于外返于内的静心功夫。那么怎么神定？答案就是艮背。人受到外界的各种诱惑和刺激，自然就会产生出各种欲望，热血上脑、心跳加快，估计谁都有过体会，这样的结果就是心火炽盛，水火也就失去了平衡，身体自然就会生病了。艮背就以念止念，使你的心火下降，肾水上升，易经里讲水火既济，洗心养心，就消除邪念，重新恢复水火的平衡，身体就没问题了，OK，下面就可以修炼了。具体怎么行功就不多讲了，这些也没有文字记载。有兴趣的道友可以看看《九序心法》，说实话，大约是为了尽量和儒家思想联系上，传达三教归儒的思想，林兆恩往道教内丹修炼的那套东西里面掺进了太多东西，所以艮背的功夫搞得又啰嗦又玄忽，程序也过于繁杂。第二序行庭上面讲了，行庭也是出自易经，不过与本意就完全不同了，林兆恩的解释是周天。这里的周天和前面内丹理论中的大、小周天有所区别，不过基本的原理是一致的。“效乾法坤以立极”，这一点和道家传统观念是相同的，就是人体的结构、变化和天地宇宙的结构、变化是一致的，有阴阳、四时、五行等，“四时以序，寒暑以调，而七政不忒矣。心运则百脉流通，水火既济，金木交并，而性命混合矣。”
总体上和传统道家、中医的理论是一致的。三一教的行功方法是秘传的，不过也有一些功法流传了下来，比如意守心脐之间，大概就是在中脘穴的位置，这里就是太极中心。在这里立极，左旋向上达到心脏再右旋向下回丹田，再右转向上，这样左旋右转称为小周天，又称为南北周天。与小周天对应的，还有卯酉周天，又称为东西周天，两个周天在体内构成了一个立体的空间循环。具体行功过程中，小周天功法守的位置并不是固定不变的，可以守脐，也可以守病灶位置，然后再按小周天的功法左旋右转，达到练功、治病、强身的功效。林兆恩的大周天功夫也是一种太极的循环，大致是从尾闾开始左旋，经左八髎、左夹脊、玉枕到顶门，注意，如果此时气息再向下就会通到任脉了，也就是传统的打通任督二脉，神功大进，不过九序中则是右转向下，回玉枕、从右夹脊、右八髎到尾闾，这样循环往复，因为是对应四时变化，所以称为大周天。小周天也好，大周天也好，实际上都是为了炼药、炼神，体内水火既济，口津不断，虽是初级功夫，养生效果相当不错，主要是为下面的通关打基础。第三序通关通关就是要打通关键的穴窍，贯通任督二脉，所以说在修炼功法方面无论林兆恩怎么变化，怎么设计，最终还是要回到任督二脉上面来。前面也讲到过，其实每个穴窍都是一关，都需要打通的，不过相对来说，尾闾、夹脊、玉枕（也有一种说法是泥丸）这三关打通的难度最大，所以有三关的说法。为什么这三关这么难打通呢，因为有大Boss守关嘛。谁呢？就是著名的三尸。这一序的流传出来的功法很多，各经脉都有不同的行功路线，也是通关时要打通的穴窍顺序，具体不展开讲了。总之，完成通关以后，内息不仅走任督二脉，实际上奇经八脉，十二正经全部打通了，此时体内的正气流布，经络疏通，气血调和，百病不生，达到所谓的“形神俱妙”的境界。为什么前三序是立本呢？因为在修炼过程中，用现在的话说都要洗脑的，心里默念也好、存想也好，或者嘴里反复念诵也好，或者“三教先生”，或者四书五经中的一些经典语句，每天修炼几个小时，年复一年一直念这些东西，就算这些儒家思想不能刻到骨子里，估计随便拉出一个门人来四书五经都可以倒背如流了，潜移默化的影响力到底有多大，谁也不敢轻视。