自那之后，绫波丽再也没有和李林私下接触过。 她就像是平常那样，作为EVA的驾驶员等待着，配合着治疗，即使零号机已经损毁也是一样。 这期间，发生了很多事情。 首先是李林消失了，没有任何理由，但Nerv基地中有传言，失踪的当天，第三新东京市内曾经出现过枪击案。 这个案子并没有被大众所熟知，只是在Nerv中有着些许传闻。 但绫波丽却清楚，这一切八成都是真的。 奈欧斯的力量在这个世界是恐怖的，唯一一次看似竭尽全力也是因为两线作战的缘故，而且，面对的敌人也是同样来自于异世界的存在。 这种情况下，想要决定人类命运之人自然会想尽办法的将奈欧斯排除在外。 但是，碇源堂应该不会贸然这么做，这样的做法太明显了。 那会是谁做的呢？ 绫波丽不清楚，以她现在的认知能够思考到这一层已经是极限，虽然已经觉醒了被人类禁锢的记忆，但那些记忆对于她来说更像是远古洪荒时期留下的碎片而已，恍如隔世。 从没有学习过其他知识的绫波丽，即使是现在的状态，也心有余而力不足。 不过，现在的绫波丽，却诞生了新的困惑： “为什么，你会这么宽容？”
是的，宽容。 明明有着决定整个人类，甚至整个地球未来的他，却对人类如此的宽容。 在遭到人类的攻击时，面对使徒的到来，在Nerv无力抵抗的情况下依旧挺身而出多次，拯救了人类。 究竟是为什么？ 一时间，绫波丽对于李林的态度产生了好奇。 说起来，绫波丽对于李林究竟是什么态度？ 爱恋？似乎过了。 二人的接触始于那一次很普通的伴手礼，沐浴了光芒之后，绫波丽也只是对这份光产生了向往之情，接下来的接触中，这份感情也开始悄然变化，与其说是爱恋，倒不如说是依赖比较合适。 而现在，因为奈欧斯的行为，绫波丽开始对于人类产生了异样的感觉——好奇。 这些某种意义上来源于她的生命，有着弱小的力量，却有着无比复杂的心理。 善良？罪恶？ 相比依靠本能活动的动物们，人类的心恐怕连他们自己都搞不明白。 想到这里，绫波丽的眼前闪过了一道道身影。 那是她以人类的姿态生活的这几年接触的人类。 Nerv的工作人员，碇源堂、冬月、碇真嗣、明日香、李林等等。 很多人，他们也有着各式各样的面貌和心理。 那么，什么才是真正的人类？ 哲学的问题开始诞生，却终究得不到答案。 绫波丽暂时放弃了思考这个问题，却没有抛弃，只是将其埋入了心中。 时间就这么一天天过去。 在这期间，之后的使徒也接二连三的袭来。 第十五使徒鸟天使，第十六使徒子宫天使，第十七使徒自由天使。 他们的进攻方式各式各样，有的从外太空对人类直接展开精神呢攻击，有的以光带的姿态侵蚀EVA，也有的以人类的姿态，直接出现在了基地中。 他们，也迎来了各式各样的死亡。 只是自由天使——化名为渚薰，来到了基地中，和碇真嗣结下了友谊，甚至还和李林有过一段对话。 这一切，都被绫波丽默默的看在了眼里。 至此，第三使徒至第十七使徒尽数被消灭。 死海文书中记载的使徒有十八个，除了被人类控制的第一使徒和第二使徒外，剩下的使徒就是李林（LILIN）——人类。 而在这期间里，绫波丽也因为记忆的苏醒，沉睡在她身体中的力量也开始不受控制的增长了。 说起来很可笑，在众多使徒攻击下屹立不倒的Nerv基地，最后真正战胜它的反而是人类自己。 碇源堂偷偷发展自己的计划这一事件早已被SEELE所发现，当所有使徒消灭的那一刻，最后一位使徒人类便展露了獠牙。 面对使徒而建造的第三新东京市，却意外的没有任何对人措施。 曾经防御了诸多使徒攻击的装甲，面对数以万记的N2地雷直接被爆破开来，这是谋划已久的，全球各个地区的超级计算机也在同一时间试图入侵Nerv总部的超级计算机。 内忧外患之下，Nerv根本无法抵抗。 惨绝人寰的大屠杀，在这一刻开启了。 而这一次，奈欧斯却没有出现。 正如他说的那样，人类自己的选择，谁也无法干涉。 只是，这一切也在碇源堂的计划中。 混乱之中，他带着绫波丽来到了Nerv基地的中央教条。 所有人都被耍了一道。 就连SEELE都认为，中央教条中的巨人是第一使徒亚当，但其实是第二使徒莉莉丝。 不过，现在的莉莉丝只是空有肉体，没有灵魂，她的灵魂——在绫波丽的身体内。 是的，绫波丽便是第二使徒，莉莉丝。 这具身体，也不过是禁锢灵魂的囚牢罢了。 但现在，绫波丽已经觉醒，碇源堂的计划也到了最关键的时候。 他摘下了手套，手中有着一个胚胎，那是第一使徒亚当。 当亚当与莉莉丝相遇的瞬间，人类补完得以实施，而他，也就能看到自己朝思暮想的妻子。 他为这一切计划了许久，对于绫波丽的控制也是因为这个原因。 因为他要一个听自己话的莉莉丝。 “丽，拜托了。”
说着，他将带有亚当胚胎的手伸向绫波丽。 但是下一秒，他的表情呆滞了。 咔嚓——！ 绫波丽一抬手，碇源堂的手被齐根斩断，落在了绫波丽的手中。 “我不是你的人偶。”
冷冷的说了这么一句，绫波丽将亚当胚胎放在了自己的胸口。 紧接着，肉体张开，亚当胚胎融于身体之中。 随后，绫波丽不再看碇源堂，身体缓缓浮空，朝着莉莉丝那巨大的身体飞了过去。 “等等，等等我，丽！”
最终时刻，功亏一篑，碇源堂只能待在原地，无力的大喊道。 对此，绫波丽没有动摇，只是留下了这么一句话： “他在等我·····” 这个世界的人类命运，在神明的意志下，交给了异世界之人手中。