从军方指挥所返回到了基地总部后，碇源堂第一时间来到了作战室。 望着屏幕上伫立在大地上的使徒，碇源堂面色不变，但心中却已经泛起了微微波澜。 Nerv，这个耗费了无数人力财力构筑的神秘组织，在这一刻即将发挥出设计之初的作用。 “一晃十五年过去了，终于要发挥作用了吗？”
“别忘了冬月，Nerv创建之初的目的可不只是为了这个，五年前我们确实也取得了巨大的成果不是吗？”
碇源堂带着手套的双手拖着嘴巴，眼镜的反光让人看不穿他的心思，使他显得有些高深莫测。 “但是，‘圣杯’是否还存在于世间这还是个迷，迄今为止，我们暂时击退了怪兽，也获得了深绿，但对于炎山和天界还是没有办法，这种情况下，你确定不会产生变数吗？”
“无妨，既然‘圣杯’的造物还存在于世间，也就代表着圣杯依旧存在于这个世界。”
“还是先思考一下怎么对付那个家伙吧，碇，你打算怎么做？”
“我打算启动初号机。”
“初号机，不是还没有驾驶员吗？”
听到这里，冬月有些奇怪的问道。 而碇源堂则开口了，声音很是冷淡： “无妨，下一个替补人员已经到了。”
所谓的替补人员，自然就是名为真嗣的少年，那位少年的名字是碇真嗣。 对此，冬月也很清楚对方的身份，同样，他对于碇源堂如此冷淡的态度也不感到意外，毕竟，碇源堂就是这样的男人，除了那个人，谁也无法走进他的内心。 “那么，接下来就就拜托了。”
碇源堂说着，乘坐着电梯走下了高台。 看着他离去的影像，冬月自言自语道： “时隔三年的重逢啊·····” “副司令，目标已经开始移动了！”
“好，全员准备进入第一战斗！”
紧张的气氛展开，面对使徒的第二场战斗也在这一刻开始了。 对此事一无所知的碇真嗣并不清楚，自己接下来的人生，将在这一刻完全改变。 而另一边，奈欧斯正化身为光芒，在地球大气层内快速移动着，短短几分钟他的身影就踏遍了全球，只要他愿意，就连GUYS级别的雷达探测技术都无法探测到他的身影，所以，这一举动没有惊动任何人。 然而，他心中的震惊已经溢满心头。 “这就是，那次爆炸的后果吗？”
眼前的地球，完全不同于自己去过的几个地球，不管哪个世界的地球，哪怕经历过文明灭绝的大灾难，但星球本身并没有遭受过多么严重的创伤，而这个世界的地球，却宛如末日一般。 大片大片熟悉的海岸线已经消失，甚至连大陆的轮廓都发生了改变，甚至于，整个星球的运动方向都发生了变化，这是海平面上升和地轴偏转的后果。海平面以下，奈欧斯可以轻而易举的看到埋藏在海水中的废墟，以及废墟中那数不清的白骨。 一眼望去看不到边。 以这幅惨状来看的话，整个地球上单纯人类的伤亡需要以数亿乃至数十亿来计算，这还不算其他生命的消失。 奈欧斯想到了奥特之王给他展示的那个画面。 那种程度的爆炸，确实足够造成这样的后果。 “如果是前辈们看到这一幕的话，会很心疼吧·····” 心里想着，奈欧斯却注意到，这个地球的南极冰层部分已经消失，被血红色的海水所覆盖。 或许，这一切的起因跟南极脱不了干系。 奈欧斯这么想着，他下意识想要前往南极调查，但就在这时，远处的一道异常气流，吸引了他的注意力。 那是一团大型的台风，无论从哪方面来看都是如此，不过，风速显得有些过大了。 奈欧斯心念一动，下一秒就来到了台风的正上方，他看到，台风眼的位置宛如深渊，什么都看不清。 这并不正常，台风眼，即台风中心，在这里风速接近静止，如果有人处于台风眼中，白天则可以看到阳光夜晚看到星星。 而眼前被黑暗掩盖的台风眼，也预示着这场台风并非正常的天气现象。 奈欧斯的双眼光芒一闪，透视能力让隐藏在黑暗中的事物无处遁形。 那是一个类似于巨大铜铎的机械。机械的顶部分宛如风车一般旋转着，周围的气流迅速被纳入其中，然后再度喷出，而让人惊讶的是，被喷出的气体，有害物质大大减小，这台机器就像是大自然的洗衣机，洗涤着受污染的大气。 这时候，奈欧斯才发觉，这个地球的空气要比他所去的任何一个地球都要清新，原本他以为是多数人类灭亡的原因，现在看来，眼前这个东西功不可没。 机器的上面铭刻着两个字。 “天···界····原来如此，这就是小勉他们说的自然控制机器吗？”
确定了对方的身份，奈欧斯当即做出了决定。 “xia——！”
没有迟疑，一道奥特光芒回旋镖被他射入了台风眼内部，紧接着，台风眼内部一阵电闪雷鸣，周围肆虐的台风缓缓停了下来，气流散去，露出了天界的真实面目。 而奈欧斯见到这一幕，立刻乘胜追击，双手合十，斯派修姆光线骤然射出。 嗖——！ 出乎意料的是，天界展现了与自身姿态难以联系在一起的灵敏度，灵活的闪避了奈欧斯的攻击，紧接着，再度旋转，高速朝着远方逃窜，并迅速聚集起气流，凝聚在周围，化作保护层。 看到这一幕，奈欧斯没有迟疑，立刻追了上去。 与此同时，碇源堂望着眼前被使徒吊打的，名为初号机的巨大机体，脸上没有丝毫的波澜。 哪怕初号机的驾驶员是他的儿子。 哪怕他的儿子不过十四岁，未经过任何训练，就被他命令进入了驾驶舱，与连N2地雷都无法解决的使徒战斗。 毫无疑问，碇真嗣驾驶的初号机面对使徒毫无还手之力。 这就是第三使徒，水天使萨基尔恐怖力量，力量之大直接将初号机的手臂折断。 和初号机感官相同的碇真嗣也感到断臂之痛，他恐惧的尖叫着。 但即便听着亲生儿子的哀嚎，碇源堂也没有丝毫惊讶，只是静静的坐在桌子上，面色如常。 就在这时，耳边响起了其他人的声音： “司令，第二观测所报告，有台风朝着基地过来，确认正体为‘天界’！”