张献忠死了之后，赵率舟带兵继续剿杀残余的大西军溃兵。 关鹏则带着人开始在四川各地寻找进入山中避祸的百姓，劝说他们重新返回家园，恢复生产。 同时关鹏又派出人马剿抚并用，清理四川各地的山贼土匪。 张献忠的死，并不意味着四川人灾难的结束。甚至可以说，川人的灾难不过刚刚演完第一幕。 第一重灾难是饥荒。 张献忠据蜀期间，破坏了农业生产的正常进行，绝大多数耕地都被撂荒，积存的粮食则被搜掠净尽。所以张献忠部走后，四川遇到了严重的饥荒，粮价大涨。 从张献忠入蜀到他最终败亡，前后两年有余。被杀害的百姓不计其数，逃入山中避祸的百姓更是难以统计。 老弱妇孺被杀，穷困饥饿而死难以计数，侥幸活下来的青壮也多被张军拉去当兵，大量的田地荒芜，老百姓攒下的粮食则被张军抢走了。 在这种情况下，四川百姓陷入了严重的粮食危机当中。 彼时，一般的汉族地主都没有了余粮，手中有粮食的只有那些经历了数百年传承的西南各地土司。 这些土司囤积居奇，更是让粮价暴涨，米一斗银十余两，嘉定州三十两，成都、重庆四五十两，是承平时期的数十倍不止。 而且往往还是有价无市。 家有钱财的人毕竟不多了，于是不可避免地出现了吃人的现象。 《五马先生纪年》载，张献忠死后，地方秩序恢复，傅迪吉因事由简州赴成都，亲眼看到吃人。他记载，一路都是饥荒景象。 “宿谭家场，这里还有人家。见到有七八个人，饿得将死，睡在板上，时而张（手），时而睁目。明日，翻山到了毛家坡，见沟下有烟，我于是令人到那里讨火，正撞住杀人吃，我的仆人将强盗锁绑来，问他们肉从哪来，他们说从贺家场弄的。让他们带路到贺家场，见有七八人，搜出一大袋。将一少妇打起，问：‘你们何故吃？’她说：‘我们有何本事杀得！是公婆将死，去与申从天、申从文弟兄买来。’余问：‘怎么买来？’答以：‘一两银五斤。’” 吃人之事，在彼时的史料中记载甚多。再引欧阳直的亲身经历： “我在军营中听说外面有吃人的事，我还不信。不久，随抚军马公驻内江，乡绅范文英的弟弟带着他母亲来求粮食，马公给了他几升米，不料回家的当夜就被邻居把粮食抢走，又把范的弟弟杀了。”
及到后来，欧阳直自己也免不了： “后来我路过威远的时候，遇到十数个饥人。他们叫我们过去和他们同路走，我们不敢过去。他们大声喊叫说：‘你们走也走不远，不如留下两个给我们当粮食吧！’” 以上种种骇人听闻的惨剧在当时的四川可以说是司空见惯，比比皆是。 虽然历史已经被改变，没有了清兵，变成了齐军入川击败张献忠。 但是面对的烂摊子却不会因此改变。 关鹏带兵入川之后，看到种种惨象，心中不忍，连续向齐皇沈墨上书表奏四川百姓的凄惨，请求派遣一名精干大臣入川主持战后恢复之事，并且从外省调派粮食来赈济灾民。 沈墨收到关鹏的上书之后，对于四川的种种惨象，虽然心中早有准备，但是看到那一行行的文字还是触目惊心。 次日，齐皇沈墨下诏任命吏部尚书吕归尘任四川总督，前往四川主持一切战后恢复安抚示意，并任命关鹏为四川都指挥使，协助吕归尘安抚四川，尽快恢复生产生活秩序。 赵率舟则被齐皇任命为西南招讨大元帅，继续带着齐军主力平定四川各地的流寇余孽还有各地不服大齐朝廷管辖的土司。 必要的时候可以带兵进入云贵广西等地。 虽然这些地方名义上还是南明朝廷的地盘，但是齐军根本不在乎。 吕归尘接到沈墨任命之后，立刻选拔了一批年轻的官员，跟着他们一路沿着运河南下，乘坐齐军水师的战船直入长江，向着四川而来。 同时，在济宁城，齐皇将从孔府手中弄到的数百万石粮食也跟着吕归尘同时前往四川。 同时又派人前往江南筹粮。 说是筹粮，其实就是找南明朝廷借粮。 南明朝廷虽然弱小，但是却占据着天下最富饶肥美的江南和湖广地区，大粮商比比皆是，粮食绝对是不缺的。 在安排人借粮的同时，齐军水师舰队又在南京附近的长江上举行了一场声势浩大的演习，其中用意不言自明。 而且，齐国大将高远也带着十万齐军从京城赶到了徐州一带。 这一番动作自然又让南明朝廷心惊肉跳，所以齐国筹粮的事情也很顺利，短短时间又筹到了百万石粮食，分批由齐军水师运往四川。 随着吕归尘入川以及大批的粮食进入，四川的灾情得到了有力遏制。 吕归尘在四川各地迅速打起了官府的架子，跟着他一起入川的那些年轻官员们被派去各地上任。 这些官员们去上任的时候都带着粮食，在各个城池门口设置粥棚，赈济灾民。又同时在城中开设官营的粮铺，平价甚至低价售卖粮食。 同时，关鹏也给各地官府派出了军队，用来打击那些偷盗抢劫粮食，杀人吃肉的罪犯，一旦现场抓获，严惩不贷。 通过种种手段，四川的饥荒终于得到了有效缓解，各地开始逐步恢复生气，生活生产秩序逐步恢复。 四川百姓的第二重灾难则是当时所谓的“摇黄”起义军。 “摇黄十三家”原是四川本地的十数股农民起义军，他们纠集在一起的目的，从其各部首领的名字上就可以看出来： “争食王”“夺食王”“闯食王”……这不太像陕西大乱初起时，各农民军首领模仿《水浒传》风格起的那些外号，倒颇有些《西游记》中魔王们“狮驼王”之类称号的风采，而其所作所为也颇似食人魔王。 他们称首领为“掌盘子”，内部有一套行话：称杀人叫“折割”，锁人叫“带线”，埋伏叫“卡子”，与土匪似乎区别不大。 《南明史》说，他们“后来同当地官匪纠结，变成一种不伦不类的武装”。他们有时与各地小股土匪结合，有时又受雇于官兵，为其打土匪。 虽然他们规模没有张献忠浩大，但所作所为酷烈过于张献忠。欧阳直《蜀警录》载： 摇黄贼攻破长寿、邻水、大竹、广安、岳池、西充、营山、定远各州县，城野俱焚掠，炮烙吊拷后，尽杀绅士及军民老弱男妇，掳其少妇幼子女人入营，所获壮丁用生湿牛皮条捆之，交其面背粮，无人得脱，积尸遍地，臭闻千里。 张献忠败亡后，他们声势大振，可惜此时四川财富已经净尽，他们只好全军以人为粮。欧阳直评论说： “张献忠部军纪严明，他们杀人，是在执行长官命令，至摇黄贼营内没有军纪可言，随军小孩子都可以擅自杀人，他们是逢人便杀。我后来被摇黄贼掳入营中，亲眼见到他们的暴行。”
张献忠死后，这些所谓的起义军反倒是成了四川最大的祸害。 所以赵率舟和关鹏两人联手组建了一支专门针对摇黄十三家的军队，又从当地百姓中寻找了一些熟悉地形的向导，对摇黄十三家进行了严厉打击。 这些人欺负屠戮百姓无往不利，但是遇到了强悍的齐军之后，节节败退，虽然借着四川复杂地形能够勉强支撑，但是很快就没有以前那么无所顾忌了。 在经过半年多的剿灭后，摇黄十三家损失惨重，大部分都被齐军剿灭，剩下的要么偷偷下山重新当回百姓，要么躲在身上老林中苟延残喘。 齐军的剿匪策略这时候也发生了变化，将军队分成小股部队，在当地百姓的带领下，以拉网式进行密集搜索，进一步的压缩这些人的生存空间。 又经过数月，摇黄十三家基本上被清剿一空，再也无法危害百姓。 四川百姓的第三重灾难则是瘟疫。 死人既多，瘟疫随生。 《蜀碧》：其时瘟疫流行，有大头瘟，头发肿赤，大几如斗；有马眼瘟，双眸黄大，森然挺露；有马蹄瘟，自膝至胫，青肿如一，状似马蹄。三病，中者不救。 为了遏制瘟疫，吕归尘采取了很多措施，不仅从四川本地寻找郎中，还上奏齐皇沈墨，请求从外省征调郎中赶赴四川支援。 在经过了数月的努力之下，四川瘟疫的态势也得到了有效遏制。 四川百姓的第四重灾难则是虎灾。 尸体遍地之际，野狗突然多了起来，数十成群，人不敢近。 更让人惊异的是，老虎的繁殖力似乎突然增长了百十倍。 在四川各地，都出现了大批老虎。经常有成群的老虎，公然出入城市，在屋脊上闲庭信步。 欧阳直说： “张献忠走后，突然四川遍地皆虎，或者七八只，或者一二十，爬楼上屋，渡水登船，真是古所未闻，让人难以置信。我从内江逃出的那个夜晚，四次见到老虎。坐船在叙南行走时，看见沙洲上大虎成群。过泸州，岸上虎数十，鱼贯而行。”
这些虎吃人吃够了之后，遇到活人，专以咬死为务，杀戮之后扬长而去。 原本历史上，顺治七年（公元1650年），四川巡抚张春向皇帝报告，他好不容易在南充县招徕了五百零六人，不久，居然给老虎吃掉了二百二十八人。 针对虎灾，齐军抽调神机军组成了数百支灭虎队，到处灭杀这些吃人的猛虎。 经过数月努力，大部分的老虎被灭杀，剩下的也都重新逃回山林之中，轻易不敢再进入城池村寨。 经过齐国君臣上下齐心努力，四川迅速地从重重灾难中恢复过来，原本荒芜一人的村落里又重新冒起了炊烟，又有了鸡鸣狗吠之声。 原本萧索的城池中人烟也逐渐繁盛起来，商家叫卖之声也开始回荡在大街小巷。 原本横行无忌的盗匪山贼基本上很难再看见踪迹，反倒是能时时看见军机严密的齐军巡逻队四处巡逻。 被张献忠盘踞四川，又加上重重灾难，四川人口十不存一，甚至更少。 没有人，万事都无从谈起。 所以，吕归尘又上书齐皇，请求从外省迁移人口入川。 元末的时候，四川也是主战场之一，人口损失严重。 后来朱元璋定鼎天下之后，又迁移了大量的外省人口填入四川。 不过迁移人口毕竟是一项大事，并非轻易能够做成。 而且北方各省经过连年战乱，人口也损失严重。 倒是江南各地，因为没有了清兵南下这一档子事情，所以人口基本上没有损失太多。 要想迁移人口，肯定主要要从江浙乃至湖广地区迁出。 但是这些地方又都处于南明的地盘。 所以齐皇决定拿下南明，完成天下统一。 大齐复兴元年六月十八日，齐皇派人给南明朝廷送去了一封国书，要求南明弘光皇帝主动退位，宣布南明并入大齐。限期一月，否则就要尽起大军来攻打南京。 弘光虽然知道迟早都有这么一日，但是依然惶恐不安，不知所措，召集群臣商议此事。 结果群臣大多数竟然都赞成归顺大齐，弘光瞠目结舌，知道满朝大臣早都心向大齐了，心中绝望。 无奈之下，只能亲自携带皇帝宝印，带领文武百官打开南京城门向着齐军大将高远投降。 南明遂亡，大齐至此终于完成了天下一统的大业。