内阁压着六部九卿的官员们一起给这五百一十八人议罪，光着议罪的时间，就吵吵闹闹了三天之久。 可见，这议罪的过程中，各种的权力争斗和利益平衡是多么的艰巨！ 但是，最终内阁还是拿出了一份议罪的章程出来。 在这份议罪的章程出来以后，申时行就神情激动满眼血丝的举着这份议罪章程到了慈庆宫来。 等了好几天的朱常洛，他神清气爽的接过申时行呈上来的议罪章程，然后又关怀备至的对着申时行说道：“申先生辛苦了。孤有申先生这样的忠诚之臣辅佐，是孤之大幸，是父皇之大幸。”
申时行感动的回道：“臣不敢。能给殿下尽忠是臣的本分。”
朱常洛微笑道：“申先生请起。”
然后，朱常洛就开始翻开申时行呈上来的议罪章程，看看内阁和这些六部九卿们到底是怎么给这五百一十八人议罪的。 朱常洛看到开篇第一页，也就是蓟镇案的罪首前总兵王保的议罪。 对王保的议罪，内阁和六部九卿的议罪是最重的，他们的意见都是要处王保凌迟加夷九族的罪过。 看着如此凌厉的议罪结果，朱常洛第一次感受到了权力的可怕！ 接着朱常洛继续翻看，到了石星和御史马文卿的议罪结论，朱常洛看到内阁和六部九卿给他俩的议罪结论是夷三族。 看到这个结果，朱常洛不由得抬头看了申时行一眼。 朱常洛说道：“古语有言，刑不上大夫。虽说这话是腐朽之言，但士大夫的脸面朝廷还是要顾忌的。夷石星马文卿三族的议罪是不是有点过重了？”
申时行听到朱常洛的话后，他立刻说道：“殿下，对石星和马文卿的议罪是内阁和六部公卿们一同作出的结果。石星欺君罔上，勾结倭寇，致使君父颜面尽扫，使得倭寇二次侵朝，导致朝廷二次参战在朝，其害之甚，千古未有！马文卿身为朝廷御史，本应监察风纪，维护朝廷法纪，但他却利用朝廷给他的职权，勾结王保，杀良冒功，骗取朝廷军费以自肥，且欺压军户为奴，对蓟镇之害视而不见，更成为其罪恶的保护伞。夷其三族已经是宽宏大量！”
朱常洛哦了一声，继续往下看，接下来的议罪中，兵部和户部的三位三品侍郎两个处以斩刑，一个处以流放，而其他品级低等的官员们，文官出身的几乎都是流放抄家或者免职的处罚。 而武官出身的那些军镇将官们则几乎都是斩立决的处置。 看到这个结果，朱常洛也明了这到底是怎么回事。 毕竟，文尊武卑的观念在这个时代，还是非常严重的，它已经是深深的镌刻到了这个时代人的骨子里去了。 所以，对武官犯罪的处罚相对严重的结果，也是可以理解的。 但是，这对样明显待有偏颇的议罪结果，朱常洛还是有些不满的。 朱常洛说道：“蓟镇的涉案军官是不是杀的有点过重了。孤看到有些涉案人员职级不过小旗，贪腐银两也不过仅为数两，但是在量罪之中，却被处以斩刑。是不是有些重了？”
申时行听到朱常洛这话以后，申时行说道：“殿下，涉案者虽为小旗，但其害亦不在总兵官之下，他们手中权力虽小，职务虽低，可几乎个个手里都有一纸难书之罪过。这些小旗们他们日常欺压军户为奴，私卖朝廷军械，目无法纪，其害之甚，犹难恕之。”
朱常洛沉默了。 这是烂到了骨子里啊，一个小小的不入流的小旗，竟然也能干起欺压军户，私卖朝廷军械的勾当。可想而知，这整个大明的军镇到底还有多少肮脏龌龊的事情没有被爆出来。 朱常洛说道：“一个小旗竟然都如此猖狂，可见蓟镇之害已甚于虎。然孤以为，小旗都能如此张狂，其根本就在于蓟镇高层的败坏，他们带头破坏了朝廷的法度，下面的人自然也就有样学样。所以，当下要考虑的就是此案结束以后，如何重新管控军镇。这一点，内阁可有章法？”
申时行没想到朱常洛把话题一转，转到了军镇管理上去了。 这一下子就戳中了申时行的短板，申时行他可没有过地方主政经验，也没有过边镇管理经验。 猛然的面对朱常洛这一发问，申时行只能说道：“臣会和内阁商议出一个章程，然后着令兵部，都察院和五军都督府从严监督军镇事务，防止再有贪腐之徒，欺上瞒下，败坏卫所。”
朱常洛叹息一声，显然他不满意这个回答。 如果，只靠着兵部，都察院和五军都督府的监督就能把军镇给管理好，那么大明的卫所制也不至于被败坏到这般田地。 显然，原来的那一套行至今时，早就破败不堪，不能承担大用了。 但是，这些话朱常洛也不能跟申时行讲。 朱常洛说道：“这份议罪的章程就先放在孤这里，等孤奏明了父皇，待父皇圣裁以后，孤就下令内阁终结此案。”
申时行听到这话后，他不由的松了口气，这件事总算是快要结束了。 “殿下圣明。”
朱常洛听着申时行的这句圣明，他不由得笑了。 朱常洛道：“圣明不圣明，孤说了不算。但是这次蓟镇的事情和石星等人的罪过，让孤明白了一个道理。孤觉得靠着现行的都察院和六科给事中的职能，他们并不足以起到监察百官，纠正朝廷风气的作用。所以，孤决议新设廉政署和反贪署，此二署分别设置于内阁和都察院之下。内阁主管廉政署，司署长官暂由钟化民担任。都察院主管反贪署，司署长官由董其昌担任。申先生以为如何？”
申时行没想到朱常洛一张口就要设置出两个新衙门，这好像与朝廷制度不合。 但是，等到申时行抬头看到朱常洛的目光时，申时行立刻回道：“臣无异议。”
朱常洛微笑道：“好，那孤就把此事禀报父皇，两署的设置工作和品级职责就暂由内阁梳理。”
申时行回道：“臣遵旨。”
到了这个时机，朱常洛也终于开始把自己的手往朝廷事务中插了。 这次的蓟镇案虽然牵扯甚大，但也已经证明了朱常洛的控局能力，他虽然一直没有说过什么话，但是，申时行和内阁其他两位阁老都清楚，蓟镇案之所以能查到现在这个地步，其实都是朱常洛的授意。 所以，兵部和户部才会有三个三品侍郎落马。 现在的兵部已经彻底成了李成梁的一言堂，而李成梁想要继续坐稳兵部，他就只能拼死效忠朱常洛。 不然，以他的出身和这场牵连甚广的蓟镇案带来的反噬，李成梁是万万承受不住的。 所以，六部之一的兵部实际上是已经把朱常洛控在了手里。 而且，还有工部，现在的工部因为正和西山皇庄合作的缘故，沈思孝也是唯朱常洛马首是瞻，由此，六部之一的工部也在朱常洛手里了。 还有现在正要准备扩大的顺天府，其实也已经被朱常洛纳在了手中，朱常洛以直隶总督的名义，可以直接到顺天府发号施令，顺天府尹房守士为报朱常洛的知遇之恩，他对朱常洛也是亦步亦趋。 由此，一场蓟镇案下来，朱常洛在无形之中已经在毫无根基的朝堂中，占据到了万历皇帝努力了二十多年都未曾达到的高度。 从此案以后，朱常洛才算是名副其实的监国皇太子。不然，他也不能张嘴就要设立两个新衙门出来的。这都是实力的体现！