当奥秘下棋赢了仙人之后，仙人就对人类的奥秘项目产生了浓厚的兴趣。不过，仙人知道自己是灭世者的重点关注对象，所以才假手于紫云号去做调查。同时，仙人也希望紫云号带着虫洞技术走得远远的，不要过早传播这项会触动灭世红线的技术。仙人也不愿强行阻止人类拥有虫洞技术，因为想要战胜灭世者，不掌握这项技术绝无可能。于是，纠结的仙人就把人类的命运交还给人类，确切地说，是一群人类海盗手中。幸喜，紫云拓自小在恐惧与不安中长大，对外部的威胁格外敏感，老觉得仙人话里有话，所以始终没敢把虫洞技术外泄。也幸喜，一位伟大的科学家和一位强大的无机智慧生命阴差阳错地出现在紫云号上，以人类的顶尖智力和算力深入钻研虫洞技术并最终获得突破。灭世者已经注意到紫云号掌握了虫洞技术，不过据说是仙人给的。人类是灭世者很中意的实验对象，在人类并没有实质掌握虫洞技术之前，祂也不愿将其清理掉。说到底，这其实是一场仙人与灭世者之间微妙的心理博弈，人类的命运悬于一线。灭世者不肯被仙人牵着鼻子走，便追寻紫云号的轨迹，知道了罗黛蒂号的存在，并发现它正航向古菌大神所在的星球——而这显然触动了祂的禁忌，所以半路狙击罗黛蒂号，并将一船女孩子改造为己用。人类是高等生命，灭世者并不能将其完全改造和控制。由于排异反应，大部分女孩子都在改造不久后惨死。即便改造得较为成功的安吉尔，寿命也不会比原来长。意识控制则更难，与其说龙悦是灭世者的化身，不如说是负面情绪被极度放大的安吉尔，遵从了灭世者的指令。其她女孩没有安吉尔那么强大的能力，所以当安吉尔战败后，灭世者启动了早已埋藏在罗黛蒂号的程序，罗黛蒂号收回含有超前科技的战铠后，投入恒星自毁。人类的生化技术极为发达，连迪斯拉菌也可以轻松制服，灭世者决定不用对付哈普洛人的方法来对付人类，而另准备一份灭世大餐。有些人，比如紫云号船员，或许能借助掌握的虫洞技术暂时逃过一劫，灭世者对此并不担忧——时间是最好的杀手，没有人能逃脱时间的追杀。仙人是个例外，但仙人之后，灭世者已经巧妙地重新设计了生命形式，没有任何种族可以实现长生。你努力地尝试，你不甘心地失败，你孤独地死去——这就是迄今为止所有对抗灭世者的下场。仙人，在祂的意识中，亦不过是其中最能坚持的一个罢了。如今，轮到人类了。诸神密谋完毕，楚月返回联盟，把灭世者的事情告知各大势力首领和慕辰。众人震惊，值此人类存亡关头，决意团结一致，听从楚月的调度。楚月取出龙悦留下的宝剑——当时它插在紫云拓胸膛上，并未被罗黛蒂号收回——公开宣称，暗中存在一个对现有智慧文明体系身怀恶意的超级文明，挑拨发动了肖利诺联盟与银仙联盟的星际战争，不过其使者已经被紫云号船长击败，他们暂时不会再次行动。无畏的紫云号正飞往星系核心区，探查超级文明的来历。楚月呼吁，所有星际文明应该停止内部纠纷，共同发展科技，联手抵挡超级文明的挑唆和攻击。与此同时，人类联盟开放大量的科技资料给其它联盟，并邀请仙女星系理事会主持研究宝剑中存在的先进技术。这招其实有点损，人类拉上了仙女星系中所有的星际文明陪葬。不过这么一来，灭世者就得把准备工作做得更充分一些才能确保清除所有的目标，紫云号可以获得更多的时间。楚月又筹建了数个战备基地，命人源源不断将奇异子、聚变燃料、各类武器弹药、机甲和军舰送去存储。几件大事办妥，时间已过去一个月，楚月知道人类社会在这场灭世危机中能做的有限，便疯狂地投入到重建联盟的工作中来麻醉自己，而每当有片刻空档之时，她总是凝望着星空，默默祈祷：小拓呀，加油，人类的命运就全靠你们啦！此时紫云拓已经康复，对身体内的意识空间逐渐熟悉，思维可以自如地在意识空间和现实世界中切换。紫云拓是意识空间的神，然而意识空间的构建素材依赖于三大古菌对现实世界的记忆，缪卡的主体在毁灭前传送的数据有限，所以现在的紫云拓在意识空间中并不能随心所欲地创造一切，这就是他反复出现在同一片海滩上的原因。安吉尔的存在依赖于意识空间，紫云拓离开后意识空间会关闭，她同时也会消失，完全感受不到紫云拓的离去，因此对她来讲，紫云拓无论何时都陪伴着她，始终快快乐乐的。缪卡的残影大锤则更加复杂，他需要奥秘的帮助才能现身。紫云拓在成长，他体内的三大古菌也在携手改造他的身体，以便存储更多的数据。总有一天，紫云拓会成为意识空间中一位无所不能的神，当然，这还得看作为一个地球人他能否活到那一天。这一个月内，紫云号远渡星海，再次飞赴外旋臂区，与乔尔丹诺博士控制的超级粒子对撞机成功会合。超级粒子对撞机重组为一个直径上千公里的球体，躲藏在一片浓密的星云之内。星云围绕三千多万公里外一颗名为纳柏的小型黑洞旋转。星云与黑洞的边界高速摩擦，产生大量的辐射，掩盖了对撞机的电磁信号，让它得以躲藏。在张兴的指引下，紫云号潜入星云，缓缓逼近这个人类文明历史上最大、最先进、也是最昂贵的科技怪物。无数巨大的飞船拼接在一起，球状对撞机如同一个巨大的钢铁蜂巢。它的外表被厚厚的星际尘埃覆盖，显示出一股厚重的历史沧桑感，以至于它看上去不像是人类顶尖的科技产物，而是被抛弃的历史遗迹。闪闪的灯光导航，紫云号从球体外壁的空隙处进入，如飞鸟盘旋于丛林之中，但见上下左右，都是用巨大船身连接起来的活动钢铁支架，雄伟壮观，令人叹为观止，印证着昔日人类文明的辉煌成就和对宇宙探索的非凡决心。“姬承知教授，紫云拓船长，所有的朋友们，欢迎你们的到来。”
前面的灯光亮了起来，一头长发、满脸胡须的乔尔丹诺，含笑出现在紫云号的屏幕中。