第五十集开头是阿笠博士带少年侦探团去野营，关于神秘列车戒指的讨论和原著差不多，不同的是车上还多了一只黑猫——有时会去清水和真家里蹭饭的那只被称为“丸子”的流浪猫猫。灰原哀带三个小孩子去捡柴火的时候佩戴了侦探臂章，黑猫也跟在他们身旁。原著需要小哀变成大人才能解决的危机，因为有侦探臂章而消弭于无形。柯南和警察们能根据定位快速赶到，嫌疑犯没来得及放火。
镜头转到清水和真这边，意识实验室的vr电影截取的一些剧情和出实验室后他的反应，让弹幕绷不住哭成一片。尤其是他坐在车里，入眼的现实画面叠上种种意识流视界，很好地把既敏感惊惧、又无力挣脱的双重精神折磨的感觉传达给了观众。
意识实验室近两年的各种实验，清水和真只在最后这几回依系统推荐开了直播，并把剪辑交给了系统。值得直播的点在于那些vr电影的剧情，揭露身份的属于指定对象攻击，直接放出来给观众看也没什么，最多是刀一刀他们。但是有些解构和虚无主义剧情，系统会剪辑到不影响观众心理健康的程度，或者直接不播出，以免心智不坚定的观众看完出什么精神问题。
停车场清水和真意外遇到琴酒和易容成实验人员的贝尔摩德，公主抱那段弹幕难得欢快了一会儿。清水和真在车上睡着，在琴酒安全屋醒来。直播没录进去的那段琴酒和贝尔摩德的争执，动漫里放了出来。系统还在他们的聊天中夹杂了获取情报的回忆剧情，交代了一下他俩针对二号实验基地某位实验人员的布局全部经过。争执的异议点是把假死脱离组织的sake藏在哪里，结果清水和真参与对话之后干脆地说他不走。结尾定格画面是三人谈话的全景。
第五十一集开头贝尔摩德打电话的地点和原著相似，电话对面还是琴酒，计划的执行地点也仍是神秘列车，但目标不是雪莉而是sake。
镜头转到列车出发前，小兰和园子带着少年侦探团在月台候车，世良真纯来到之后，清水和真与爆处组也来了六号车厢上车处。小兰去八号车厢把毛利小五郎拉回来，大家一起拍了合照。
在列车上，少年侦探团的剧情与清水和真的剧情并行，清水和真在餐车车厢吃午餐时，少年侦探团发现了八号车厢b室的死者。
广播响后，毛利小五郎接到小兰的电话摩拳擦掌打算破案，带着他的大弟子安室透去了八号车厢，清水和真与爆处组也跟了过去旁观。
谋杀案的破案过程中世良真纯被伤疤赤井的身影吸引，脱队去追，清水和真悄悄缀在后面。清水和真接住被打昏的世良真纯放到一边，问了几句发现这个易容成赤井的是琴酒，不像原著是贝尔摩德。两人聊到一半，琴酒发觉有人靠近，谈话中断也是终止，清水和真抱起世良真纯回自己车厢。
第五十二集开头是毛利小五郎的推理，刚开始不久没穿外套的清水和真就回到了八号车厢。又过了一会儿，毛利小五郎提到画时，不知何时离开的安室透刚巧拿着那幅画回来。趁拆画框推理暂停的时候，爆处组和清水和真聊了两句。之后推理结束，八号车厢b室冒出浓烟，安室透去查看说是失火，喊大家去前面的车厢避难。
前面的六号车厢及之前车厢都发现有炸弹，广播通报了炸弹犯的留言，跟着其他乘客刚走到五号车厢的清水和真闻言往八号车厢跑去，爆处组分别去拆五号车厢和六号车厢的炸弹。
清水和真经过七号车厢b室时，易容成赤井的琴酒与他缠斗进入房间，门外又出现了一个身影。
镜头一转，清水和真按炸弹犯要求进入e室，炸弹犯关上e室的门释放了麻醉气体。再度打开门，炸弹犯踢了踢趴在地上的清水和真的腹部，确认他已然陷入昏迷，把他拖出e室。谨慎怕死的炸弹犯也因其谨慎被清水和真发现他没有可信的同伙。清水和真控制住炸弹犯，却在快整点时被告知炸弹还有一个定时触发，而关闭装置就在货车车厢。清水和真冲入货车车厢后，车厢连接处先是被炸断，接着停在桥中央的货车车厢剧烈爆炸。
没看直播的观众被这个叙事吓得一慌，又不由怀疑琴酒和贝尔摩德的计划有没有成功，前面暗示应该是成功了，但后面这个清水和真不像是贝尔摩德假扮的，而且贝尔摩德也不可能把自己置身于即将爆炸的货车车厢这种险境吧？
安室透先赶到八号车厢，他看到炸弹犯被绑在一边，露出一丝意外和凝重的神情。
安室透的回忆剧情从他接到贝尔摩德的短信开始，他去查探发现贝尔摩德从某个车厢出来。安室透进入车厢发现昏迷的“清水和真”，检查生命体征时发觉不对，解开这个人衣服通过体型判断他不是清水和真。把一切恢复原样，安室透去拿了画回到八号车厢，在烟雾弹冒烟时，按贝尔摩德的命令说是失火。一直到清水和真冲去八号车厢，安室透都没来得及告诉他贝尔摩德的计划，追到六号车厢没赶上，碍于炸弹犯的威胁没有跟进去七号车厢。
回忆剧情结束后，接着是安室透揪住炸弹犯的领口问清水和真在哪儿，得到了一个他不想相信的回答。
慢了一步赶到的柯南说自己拜托了怪盗基德易容成清水和真去见炸弹犯，爆处组否认了这个可能，但萩原研二忍不住问基德的身手如何。
安室透知道贝尔摩德有一个计划想抓住毫无准备的清水和真但是失败了，贝尔摩德的突然袭击都没能起效，怪盗基德又不会把清水和真当成敌人对待，自然也不可能达成目的。
怪盗基德出现，希望破灭，但众人仍不肯相信“清水和真在货车车厢中被炸死”这件事。沉默中突然传来一个熟悉的声音，紧接着清水和真收起滑翔翼冲进车厢。结尾定格画面是八号车厢的全景，大家纷纷露出了庆幸或失而复得的表情。
这一集看动漫和看直播的情绪完全不一样，看直播时观众还没等担心的情绪冒起来就看到问题一个个被主角解决了，就像在看他沉稳地过五关斩六将，看动漫则是一直提心吊胆，一个个悬念都没有及时揭晓答案。
琴酒和贝尔摩德成功了吗？进入货车车厢的是谁吗？清水和真活下来了吗？看完安室透的回忆剧情，得知贝尔摩德准备了替死鬼，观众们只隐隐得到了第一个问题的答案，贝尔摩德失败了。紧接着柯南的话回答了第二个问题，他说是怪盗基德。但是爆处组立刻表示不可能。萩原研二还有一丝希冀，安室透又否认了这种可能，基德本人现身，那么进入货车车厢的只可能是清水和真本人。紧接着第三个问题的确切答案出现，清水和真活下来了，观众们总算松了口气。
看结尾处满屏“有被吓到”和“后半集心情一直七上八下”之类的弹幕，清水和真不由感慨系统还是挺会剪辑的。