却说马援去世后，他的家人不敢将其运回故里安葬，只能在洛阳城西买了几亩地草草安葬。马援的朋友也不敢前往吊唁，景况十分凄凉。葬完马援后，马援的侄子马严陪着马援的妻子儿女们到朝廷请罪。马援夫人蔺氏知道事情的原委后，先后六次向皇帝上书申冤，言辞凄切。刘秀这才命令安葬马援，并将马援的小女儿送入儿子的后宫。马女渐渐长成，身长七尺二寸，亭亭玉立，袅袅花姿，一头美发光润细长，梳成大髻尚觉有余，再将发梢绕髻三匝方无余发。马女不妒不悍，上下咸安。明帝未即位时，已是宠爱异常，承嗣大统后便册为贵人。永平二年竟立为皇后。可巧云台绘象与立后同时，东平王刘苍至云台观图，独不见马援遗容，便转问明帝道：“何故不画伏波将军遗像？”
明帝笑而不答。明帝的意思马援乃皇后的父亲，不便列入，省得他人滋议。其实内举不避亲，列入又何妨？刘英自杀以后，明帝不肯放过，大肆株连。案子一批又一批，几年都审不完。从京城到州郡，从亲贵到差役，被判死刑和流放的有好几千人，还有好几千人被关在牢里。刘英曾经抄过一本天下名士录，汉明帝发现上面有吴郡太守尹兴之名，于是下令逮捕了尹兴手下大小官吏500多人。马皇后少年时就熟读儒家典籍和史书，知道此事非同小可，也了解汉明帝过分严苛的性格，于是和汉明帝深入聊了一次。马皇后觉得那些无辜受牵连的人很可怜，说着说着竟滴下泪来。汉明帝听完后披衣起床，在寝宫里走了一圈又一圈。经过反复思量，他认为马皇后言之有理，亲自到洛阳监狱审讯，释放了1000多人。刘庄对下面的官员非常严厉，因为光武帝刘秀威望高，所以施政时对大臣比较宽松，而明帝没有他父亲那样有威信，靠他的威望驾驭父亲的那些老臣是不够的，所以他对于官员很苛刻，有一次郎官药崧做事失误被他发现，他抡起棍子就打。药崧吓得钻到床底下，汉明帝气得大喊：“你给我滚出来！”
药崧在床底下说：“天子威而不怒，诸侯庄重文雅，没听说哪个皇帝动手打人的。”
明帝这才消了气，赦免了他。明帝严令后妃之家不得封侯参政，对贵戚功臣也多方防范。他在位时，他的舅舅们位不过九卿。馆陶公主想替他儿子求个郎官做，刘庄宁可送给外甥一千万钱也不答应。大臣阎章才学出众工作突出，但因为他的妹妹是后宫嫔妃，刘庄为了不破坏外戚不封侯参政的规矩，硬是不提拔阎章。但同时，刘庄又委任开国元勋邓禹为太傅，同母弟东平王刘苍为骠骑将军，光武朝太尉赵憙保留原职，使功臣、宗室、官僚集团都有自己的政治代表；同时对生母阴太后、异母郭圣通都非常尊重平等对待，赢得了外戚和臣下的好评。明帝对于宗室的打击我们理解，如果不斩断宗室伸向皇权的手，明帝面临的将是灭顶之灾。但马皇后对于马氏一族的抑制，就让很多人看不明白了。所谓一人得道鸡犬升天，马皇后的家人特别是马皇后的三个哥哥，渴望着靠马皇后加官进爵、荣华富贵。但马皇后尽管经常和汉明帝交流家事国事，却绝口不提娘家人的私事。这让汉明帝对她很是佩服，其实这也是汉明帝赞同立她为后的一个重要原因。马皇后一直没有孩子，她姐姐马姜的女儿贾氏也选列嫔嫱，并产下一男。汉明帝为了让马氏当皇后，便自己出面让她抱养外甥女的儿子刘炟，也就是后来的章帝。贾氏就是贾复的孙女，贾复与刘秀虽然没有结成儿女亲家，但他的孙女却成了汉明帝的贵人，甥姨两人同侍一夫同养一子，这关系有点乱，不知道相互间怎么称呼。后来贾复的曾孙贾建又成了和帝的女婿，再一次乱上添乱，谁也搞不清辈分了。马皇后还是贵人的时候，就以汉明帝子嗣不多为由，给汉明帝推荐女人。如果有人得到汉明帝的喜欢，马氏就会抬高那人的待遇。这样大度的女人，哪个男人不喜欢。在“重养不重生”的理念之下，马皇后对待养子“尽心抚育，劳悴过于所生”。也就是说，比一般父母养育亲生孩子还要用心。马皇后对刘炟爱如己出，抚养甚勤，尝语左右道：“女人不生孩子不用担心，但生了以后要担心爱得不够，养得不好。”
当然汉明帝也经常亲自教导刘炟。汉明帝喜欢儒学，要求刘炟一定要熟读儒家经典，有时还会给刘炟讲经。刘炟一边学习父亲倡导的儒学，一边剔除父亲的严苛，成为一位仁君。明帝一家人从来没有在“无子”或者“亲生”上纠缠，反而一门心思扑在孩子的成长上，最后的成果也是出人意料地好。明帝与马皇后共同抚育孩子，共同对抗大家族的撕扯，一起创造了难得一见的帝后深情。史书评价汉明帝对马皇后的态度时，用了“宠敬”二字。这两个字耐人寻味，这是爱恋与尊重的结合，这在封建皇权之下是极为罕见的，这恰恰也是马皇后对汉明帝的态度。尽管帝后感情很好，但汉明帝后宫中的美人也很多。汉明帝比较宠爱的妃子是阴贵人，也就是母亲阴太后的侄女。而且阴贵人给汉明帝生下了儿子刘畅。汉明帝因为宠爱阴贵人，所以刘畅得到的食邑在其他皇子之上。但汉明帝面对立后人选时，却没有为阴贵人说话，而是把此事交给了阴太后。阴太后当时就拍板：“马贵人德冠后宫，就是她了。”
阴太后怎么不选侄女而选马贵人呢？原来永平二年阴家出了一件大事。阴丽华弟弟阴就的儿子阴丰娶的是刘秀的女儿郦邑公主。这位郦邑公主善妒，可驸马爷阴丰也不是好惹的，小夫妻俩谁也不让谁。终于在永平二年的某一天，阴丰将郦邑公主咔嚓了。这下事情闹大了，不但阴丰自己被诛杀，他的父母也被迫自杀。这件事情让人觉得阴家人仗着自家出了一位太后和皇帝，所以连公主都不放在眼里了。在这样的情况下，阴太后自然不敢再让侄女当皇后了。汉明帝喜欢游玩，喜欢歌舞，但马皇后喜欢做针线，喜欢读书，对音乐一点兴趣都没有。马皇后一直非常节俭，她不穿华丽的丝绸衣服，反而成天穿没有修边的粗布衣服。即便是嫔妃和公主来拜见，马皇后也是穿着简单的衣服接见她们，还说：“这种布料容易上色，所以用它来做衣服挺好的。”
有次汉明帝带领一众宫人、官属游园，大家说应该把马皇后也请来。汉明帝笑着说：“我家那位不好游玩，来了反倒不高兴。”
马皇后克己复礼，也不是做给别人看的，大部分还是发自内心。现实告诉马皇后位高权重都是暂时的，总有一天会害得家破人亡。马家如此，阴家也如此。无权无势，至少可以吃穿不愁永享安康。更何况马皇后心里也清楚，汉章帝终究不是自己的亲儿子。永平十八年秋月，汉明帝在东宫前殿告崩，享年四十八岁。太子刘炟嗣位，是为章帝。奉葬先帝于显节陵，庙号显宗，谥曰孝明皇帝，尊马皇后为皇太后。刘庄在位十八年，谨守建武制度不稍逾越，外戚不得封侯干政，百姓安居乐业共庆承平。刘庄是一个执法非常严格的帝王。 不管是文臣还是武将，高级将领还是皇亲国戚，只要触犯法律，等待的就是法网恢恢。轻则开除免职，中则发配流放，重则当即处死。对刘庄来说，整个帝王的繁荣和发展，必须依靠强而有力的法律制度来支撑。严刑峻法，一视同仁，这样的皇帝不多。但在这样威严的法律之下，会不会有冤假错案？会不会有无辜牵连的人？会不会给民众造成恐慌，会不会阻碍社会发展的进步？刘炟发出了对父亲汉明帝的疑问，也发出了对自己的疑问。历史证明，刘炟是个好皇帝。他吸取父亲在法律制度上过分严苛的经验和教训，搞起了政宽刑疏的政策。如果说刘庄的执政风格像巍峨的大山，压得人喘不过气来，那么刘炟的执政风格就像和煦的阳光，无时不刻都能给你一种如沐春风的感觉。刘炟登基之初，按照惯例要对马太后的兄弟们进行封赏的，却被马太后拒绝了。第二年夏天遇到大旱，有人上奏说：因为汉章帝没有封赏马太后的娘家人，所以才遭到天谴。汉章帝听到这话怀疑是马太后故意让别人这么说的。马太后为了打消汉章帝的怀疑专门下诏道：“凡是将大旱与没有封赏马家外戚联系到一起的人，都是在媚上。”
马太后严格管束自己的娘家兄弟，不让他们跟着沾光，正好也断了贾家人的念想。马太后以自己的实际行为此告诉贾家人：你看，我并没有因为抚养皇帝而给娘家人带去任何好处，你们也就没必要来争了。如果没有汉章帝这个养子，马氏不可能被册立为皇后；如果刘炟不是马氏的养子，他也不可能成为皇太子。所以他们之间谁也离不开谁。对于皇帝来说，只要不危及到皇权，其他的都好说。汉章帝对于自己的亲生母亲贾贵人，似乎并无特别的感情。如果说马太后在世时汉章帝还有所顾忌的话，可是马太后去世后汉章帝也没有给生母任何尊号，只是增加了她的待遇而已。