宝可梦山庄，8:00pm。 寂静昏暗的密林中，各种各样的宝可梦在那里沉睡着。 五只盖诺赛克特打破山庄上层的玻璃罩，落了下来，漂浮在半空中，红色的眼睛在黑暗中散发着可怕的光芒，它们静静地俯视着下方的一切。 “家！”
其中一只紫色的盖诺赛克特的视线锁定在了一朵漂浮在湖面上的花上面。 闻言，赤红色的盖诺赛克特朝那里望去，随即便下达了“在这里筑巢”的指令。 下一秒，围绕在它四周的那四只盖诺赛克特朝着四面八方飞了过去。 它们背后的炮台竖了起来，明亮耀眼的高科技光炮从中射出，在下方的岩壁上横扫而过。 顿时，原本平静宝可梦山庄变得沸腾起来，沉睡中的宝可梦被惊醒，当它们看清眼前发生的一切之后，立刻朝着半空中的盖诺赛克特投去了愤怒的目光。 其中一只浑身肌肉的大力鳄浮出水面，口中光芒凝聚，对着一只盖诺赛克特就使用了破坏死光。 察觉到攻击，盖诺赛克特侧身躲避，目光锁定攻击者，背后的炮台高高竖起，一发炙热的高科技光炮便轰向了下方的大力鳄。 宝可梦山庄中的其他宝可梦也对这群入侵者发起了攻击。 面对这群宝可梦，赤红色的盖诺赛克特毫不留情的下达了指令：“敌人，应该被击败！”
顿时，五只盖诺赛克特组成进攻阵型，朝着下方的那群宝可梦发起了攻击。 很快，宝可梦山庄便再度恢复了平静。 五只盖诺赛克特从口中吐出虫丝，在宝可梦山庄中心的发电设施上筑出了一个巨大的褐色巢穴。 那巢穴连接着电线，不断从中吸取了电力。 很快，宝可梦山庄的灯光开始闪烁起来。 外面的城市紧随其后受到影响，原本灯火通明的城市一瞬间灯光全部熄灭，陷入了黑暗。 管理室内，宝可梦山庄的管理员艾利克连忙跑出去查看情况，紧接着，他就在山庄中看到了一个巨大无比的巢穴。 “那是……”艾利克满脸震惊。 但现在不是在意那种事的时候，电力受到影响，再这样下去的话，整座城市都会失控！ 艾利克连忙跑到配电室，想要恢复电力，可当他尝试过后，却发现根本做不到。 “出大事了……”艾利克转过头，望向那个巨大的巢穴。 与此同时，宝可梦山庄外面。 小智一行人在路上快速的奔跑，他们看着陷入黑暗的城市脸上露出茫然的表情。 “整座城市都停电了。”
艾莉丝喃喃道。 “那是受到了盖诺赛克特的影响。”
胡杨看向前方那座被黑暗笼罩的建筑，对三人道：“进去吧！”
小智点头：“嗯！”
沿着宝可梦山庄的道路一直向前，众人很快便来到了内部。 望着面前那个巨大的巢穴，小智立刻就明白过来，那就是盖诺赛克特们在寻找的家！ 忽然间，黑暗中传来一阵打斗的声音。 几人抬头望去，就见盖诺赛克特正在与这个地方生活的宝可梦们进行着战斗。 只是那群盖诺赛克特被改造过后的实力太强了，那群宝可梦明显不是它们的对手。 关键时刻，超梦赶到了这里，它拦下了盖诺赛克特，皱眉道：“不许给这座城市的人类和宝可梦添麻烦！请跟我来！”
它本想带着盖诺赛克特去外面，但那只赤红色的盖诺赛克特听到这话非常生气的样子：“不许对我指手画脚！”
说着，它伸出手指，对着前方的超梦发出了一道光束。 超梦身形闪烁，将其躲过，看了一眼对方，然后朝着天空飞去。 赤红盖诺赛克特紧随其后，它们在城市中展开了一场激烈的追逐战。 不过，超梦并不想与它进行战斗，只是冷静的进行着劝阻：“请听我说几句！如果你不听我的话，我就不得不和你们战斗了！”
赤红盖诺赛克特冷冷的望着超梦，它们悬浮在黑暗的城市中进行着对视。 下一秒，赤红盖诺赛克特再度伸出手指，凝聚出了一道光束，轰向了超梦。 超梦再度躲过，而那道光束却命中了一个大厦，顿时，火光冲天，大厦中发生了一场剧烈的爆炸。 超梦望着这一幕，语气变得严肃起来，“快住手！这里是属于人类的地方！”
盖诺赛克特终于回应了，它的眼神敌视，语气冷漠：“妨碍我们的东西都要除掉。”
说着，它化身为高速飞行模式，宛若一颗红煌流星，朝着超梦冲了过去，将其撞到了一栋大厦的墙壁上。 超梦心中升起一股愤怒，强大的超能力从它体内爆发而出，将那只盖诺赛克特给击退。 它的身体被浓郁的蓝色光芒所笼罩。 超梦缓缓漂浮到盖诺赛克特身上，俯视着它：“跟你说什么都没用吗？”
它的身体被光芒笼罩，一瞬间幻化成了觉醒形态。 盖诺赛克特一炮轰出，再度击中了一栋大楼。 两只宝可梦开始在城市中追逐起来，它们的速度极快，分别化作了一蓝一红两道光束，快速的穿梭于城市当中。 这一幕在黑暗中极为显眼，立刻便吸引了城市中的人们的注意。 “那两道光究竟是什么东西？”
“好快的速度！”
但却没有人知道这个问题的答案。 宝可梦山庄当中。 小智抬头望着天空，喃喃问道：“超梦它可以阻止那只盖诺赛克特吗？”
胡杨脑海中想到剧场版的剧情。 对于那只赤红色的盖诺赛克特，超梦并没有真正的想与它们战斗，因为它感觉自己与它们同病相怜，都是从实验室中诞生的产物。 而在剧场版结尾，超梦也成功做到了，让那只赤红盖诺赛克特明白了一切。 想到这里，胡杨点头道：“相信超梦，它可以做到的。”
这时，一只普通的盖诺赛克特从巢穴中飞了出来。 看到它，小智眼睛一亮：“是你啊？”
那只盖诺赛克特点了点头，然后转过身向小智介绍起了自己的家。 小智这才发现，在这个地方，也生长着一朵来自三亿年前的花，奥尔塔丝。 盖诺赛克特友好的跟小智打着招呼，而就在这时，后方的通道中突然走出了一群宝可梦。 其中为首的萌芽鹿、大力鳄、猫老大等等愤怒的看着这个入侵它们赖以生存的家园的家伙。 听到了这里的动静，剩下的那三只盖诺赛克特也飞了出来。 愤怒的宝可梦们看着它们直接发起了攻击。 猫老大与大力鳄使出了破坏死光，却被那群盖诺赛克特给躲避开来。 破坏死光击中一根高大的铁板，那铁板的连接处被击断，直接朝着下方那只友好的盖诺赛克特砸了过去。 见到这一幕，小智连忙下令道：“皮卡丘，使用铁尾！”
“皮卡丘！”
皮卡丘奋力跳起，一尾巴将那块铁板抽飞，然后回头看向盖诺赛克特。 盖诺赛克特意识到了它救了自己，立马开心的抱起皮卡丘，与它蹭起了脸颊。 而那群宝可梦与盖诺赛克特的战斗还在继续。 就像动漫中的剧情一样，它们的招式引起了大火。 火焰熊熊燃烧，将那三只盖诺赛克特给困了起来。 身为虫钢属性的宝可梦，盖诺赛克特非常怕火，它们被困在里面，露出了难受的表情，发出了痛苦的叫声。 见到同伴被困，友好的盖诺赛克特立刻冲了过去，但却不断被熊熊燃烧的火焰给逼退。 地面上的小智等人与那群宝可梦望着这一幕，面露不忍。 紧接着，小智丝毫没有犹豫的放出了水水獭，下令道：“水水獭，使用高压水枪！”
见到这一幕，那群宝可梦中的大力鳄也走上前来，站到水水獭身边，使用水枪灭起了火。 其他的宝可梦也各显神通，隆隆岩石使出了沙暴，四季鹿与萌芽鹿使出了泼沙。 勾魂眼也使用超能力，从湖水中调动湖水，帮忙灭火。 那只友好的盖诺赛克特望着这一幕，心中出现了一种奇怪的感觉：“大家……” 另外三只被困的盖诺赛克特也转头看向那群正在救它们的宝可梦们。 胡杨与克罗斯也各自放出了呆壳兽与沙奈朵来帮忙灭火。 很快，大火被熄灭。 那三只盖诺赛克特眼中的红光消失不见，缓缓从中走了出来。 红光消失，代表着它们已经没有了敌意。 望着这一幕，胡杨忍不住心道：“果然和剧场版中的剧情一样啊！”
他没有出手直接击败这群盖诺赛克特，是因为那样只会加剧盖诺赛克特军团与他们之间的矛盾。 只有让那群盖诺赛克特意识到那些宝可梦不是敌人，它们才会停下来。 而事情果然如同胡杨的预料那般，那三只盖诺赛克特停止了攻击， 然而就在这时，超梦与那只赤红盖诺赛克特打了回来。 赤红盖诺赛克特望着下方的那一幕，它的眼中红光闪过，可怕的能量在背后的炮台中不断酝酿。 忽然间，那四只普通形态的盖诺赛克特挡在了它的面前，请求道： “快住手！”
“够了，住手吧！”
赤红盖诺赛克特望着它们的举动，微微一愣：“你们……” 那群生活在宝可梦山庄的宝可梦也纷纷跑到那四只盖诺赛克特的身后，对赤红盖诺赛克特发出了请求。 赤红盖诺赛克特看着这一幕，眼中红光闪烁：“大家……都是敌人！”
恐怖的能量从炮台中席卷而出，连同那四只普通的盖诺赛克特也给笼罩在了其中。 见到这一幕，超梦感觉到了前所未有的愤怒。 它的身上光芒大放，通过瞬间移动挡在众多宝可梦面前，将盖诺赛克特的攻击给轰碎。 紧接着，它的眼中闪过一道蓝光，那只红色盖诺赛克特的身体被牢牢的束缚住。 超梦抱着它，化身为Y形态，以极快的速度升上了天空。 所有人都抬头看着这一幕。 小智更是焦急的大喊：“超梦！”
这时，一双手放在了他的肩膀上。 小智回头：“胡杨前辈……” 胡杨点头道：“不用担心，小智，超梦只是带它去看看我们共同生活的这颗星球，嗯，它们很快就会回来了，我们要先去外面做好准备才行。”
高空中。 超梦带着盖诺赛克特极速上升，它们穿过了云层，穿越了大气层，在漆黑的夜空中，飞向了那个极限之巅。 随着海拔的升高，空气中的气温也越来越低，超梦与盖诺赛克特的身上快速的凝结出了一层寒霜。 超梦闭上了眼睛。 当周围的一切声音都消失不见，它才重新把眼睛睁开。 黎明的曙光从远方亮起，它们的面前，是一颗蔚蓝色的美丽星球。 超梦与盖诺赛克特看向光芒传来的方向。 盖诺赛克特震惊的看着面前的一切：“这是……” 超梦的声音缓缓从它心中响起：“无论是我…还是你，都是在这颗星球上诞生的宝可梦，都是因为需要才会诞生的。”
“在这颗星期上生存的人类也好，宝可梦也好，全部都是同伴，我们和大家都是同伴。”
赤红盖诺赛克特微微发愣。 它看向下方的星球，恍惚间，仿佛看到了一脸担心，正在下方等着它们的盖诺赛克特和那群宝可梦们。 “大家都是同伴……”赤红盖诺赛克特重复着这一句话。 超梦点头：“嗯，回去吧！”
它向盖诺赛克特伸出了手。 盖诺赛克特把手递给了它。 两只宝可梦随即朝着下方跌落而去。 但因为气温过于冰冷，超梦终于承受不住，陷入了昏迷。 “超梦！”
见到这一幕，赤红盖诺赛克特皱起眉头，连忙加快速度追了上去，抱着它坠入了人间。 它们的下坠速度越来越快，在穿过大气层时，它们的身体被点燃，看上去就仿佛是一颗从天而降的红色流星。 地面上，四只盖诺赛克特望着这一幕，立刻化身为高速飞行模式，飞向了天空。 小智和艾莉丝也放出了喷火龙和快龙。 在高空之上，四只盖诺赛克特吐出虫丝，想要以此拖住赤红盖诺赛克特与超梦。 但它们的力量远远不够，就在虫丝快要断裂的时候，快龙与喷火龙从下方将它们拖住。 但很快，它们脸上也露出了吃力的表情。 坠落的速度丝毫没有减缓，如果继续这样下去，以这个速度落到地上，超梦与赤红盖诺赛克特会面临粉身碎骨的危险！ 就在这千钧一发之际，一股寒意从下方席卷而来。 喷火龙低下头，就见一只身上长着白毛的龙宝可梦飞了过来。 “退开！”
焰白酋雷姆大吼一声，两只宝可梦立刻后退。 焰白酋雷姆顶了上去，超梦与赤红盖诺赛克特的坠落速度骤然减缓。 就这样，它们平稳的降落到了地面上。 在场的宝可梦们立刻围了过去。 胡杨拿出全复药喂给超梦与赤红盖诺赛克特。 随着药液的灌入，很快，它们便睁开了眼睛。 看着面前的胡杨，超梦轻声道：“谢谢你，胡杨。”
赤红盖诺赛克特的目光从面前那群宝可梦身上扫过，口中喃喃道：“大家都是同伴……” 听到这话，小智嗯了一声，重重的点头：“嗯！没错！大家都是同伴！”