可明武英殿大学士：薛国观，就拟严旨责备明文经略：刘宇亮，前后两次奏折互相矛盾，还让陛下决定下九卿科道商议，定明文经略一个玩弄国宪，大不敬之罪。但明文经略还想继续上奏疏辩，却被六部尚书们一致商议应该去职回府中闲住。再加上明吏科给事中：陈启新、明兵科给事中：沈迅，也一起附议弹劾，最终明毅宗：朱由检，只能下令让其戴罪立功，等把满蒙联军赶出去再议。却不曾想刘宇亮竟主动上奏，要求去掉职位，此举正中明武英殿大学士的圈套，因此才让明武英殿大学士：薛国观，代为〈内阁首辅〉。2月11日，满清扬威大将军兼镶红旗多罗贝勒：爱新觉罗·岳讬，此人之前得罪过满清太宗：爱新觉罗·皇太极，又在劫掠济南府时身负重伤，待撤到顺天府蓟州玉田县（兴州左屯卫）附近时，就被明军追击而来。身旁亲信竟被满清将领故意支开，导致其在军营内被明军击杀（疑似满清太宗借明军之手除掉心腹大患？）。随后满蒙联军继续北逃，进入永平府迁安县（兴州右屯卫）选择绕开直奔冷口关长城而去，但却在兴州右屯卫遭到了明保定府总督：孙传庭，设下的伏击导致满蒙联军惊慌不已。又连忙北撤入冷口关长城，却不料出关之前也被冷口关长城明军打了一个伏击，两次斩杀了数百满蒙联军，均取得了小胜。事后明保定府总督在驱除鞑虏出关后，便不再追击而是下令班师回朝，一路上均得到了州府县卫所军民的欢迎，风头一时很盛，顿时让明兵部尚书：杨嗣昌，感觉非常不妙。他特别害怕明毅宗会让孙总督代替自己兵部尚书一职，毕竟前有卢督师这个典范在，所以眼下不得不防。便假传圣旨让回京的孙总督率军驻扎在通州三卫地区镇守，暂时不得随意进京。2月20日，满清太宗为了缓解出关满蒙联军的压力，害怕他们回不来便亲率八旗劲旅杀向大明帝国辽东都指挥使司松山堡（广宁中屯守御千户所），并在松山堡南台下扎营七处，将其广宁中屯守御千户所城池团团围住。眼下这松山堡的指挥所内，正是明松山堡副总兵兼广宁中屯守御千户：金国凤，负责驻守城池，清军在抵达松山堡之后，满清太宗想要围点打援的，主要是逼明广宁中屯卫总兵：祖大寿，这个反复无常之人出来活捉他。但明毅宗也的确下诏命令明广宁中屯卫总兵前去支援松山堡，而这明广宁中屯卫总兵刚刚出兵，清军就到了，因此明广宁中屯卫总兵只得跑去了宁远卫驻守。也让满清太宗所谓的围点打援计划泡汤了，眼看打援是不可能了，于是就从2月22日开始，一直到2月28日，清军先后对松山堡发动了多次强攻。而守将明松山堡副总兵则以3千人不到的明军，进行对清军反击，英勇顽强的抵抗着清军的进攻，并让其付出了惨痛的代价。首战如此艰难，没办法满清太宗一怒之下，便派人回国都盛京城内运来红衣大炮27门、炮弹1万发、火药5百斛，开始对松山堡城池进行狂轰乱炸，连城楼上的堞都被炸毁了。眼看对方较真了，明松山堡副总兵知道被动挨打是根本守不住的，就率领军队数次主动出击，但均以失败告终。无奈之下明松山堡副总兵只能命令将士们，连夜修补被敌军炸毁的城垛，并且严防死守，任他清军作战勇猛，可数次登上城墙，都依旧破不了明军防御，均被明松山堡副总兵率军击退。这下更让满清太宗无比愤怒，强攻不成、轰炸也不成，就命人在城南挖条地道，为激励士气，甚至当众宣布道“女真语：有能穴地以火药崩溃者，城破时为首效力，及运送火药之人，无主者赏而授之以官，奴仆则赏以人牛，准离其主，其指示督率官员，照先登大城例升赏，协同穴城兵丁，视其出力多少，以资赏赉。”
在此激励上清军埋藏的炸药悉数在松山堡城外爆炸，但依旧被守城明军击退，让清军进不得半步。几次试探一下满清太宗，只能听从汉官投降派的建议，对明松山堡副总兵进行诱降，但却直接被明松山堡副总兵给严词拒绝，反而还其大明建奴反叛军投降，气得满清太宗牙痒痒。虽然想尽了各种办法，但是在明松山堡副总兵的严密部署之下，满清太宗始终也没有攻破松山堡城防。3月初9日，满蒙联军来到漠南蒙古青山口，在此地瓜分从大明帝国处掠夺来的物资、人口，随即便分道扬镳，返回大清国都盛京城。3月26日，明毅宗召集明淮扬兵备道左参议：郑二阳，于养心殿平台处询问练兵措饷之事，明淮扬兵备道左参议就回答道“臣初到南直隶扬州府扬州卫时，各营均设有官兵，向来以相沿虚冒，臣刻意简练，有一额即求足一兵，随时操练，所以防寇二年，不请一兵一饷。”
明毅宗就说“此一方事，谓天下如何？”
明淮扬兵备道左参议回答道“大抵额设之兵，原有额饷、但求实练堪用，则兵不虚冒，即核兵即足饷，若兵不实练，虽措饷亦无益。”
接着明毅宗就问“何以练兵？”
明淮扬兵备道左参议答道“臣所见只以左右参将、游击将军以下官员操练。”
不知所措的明毅宗又问道“如何操练？”
明淮扬兵备道左参议答“如；左右参将、游击将军选拔千人、千总与把总选十百，责按兵法。”
可是明毅宗却问道“不知爱卿打算如何措饷啊？”
谁知明淮扬兵备道左参议就说“关于措饷之事，诸臣条陈已十分详尽，关键是得其人，如鼓铸得人，利归公害，否则在私室。”
深知江南官员不肯轻易拿出饷银，明毅宗便发愁道“近来各地灾伤乏饷，该如何处置？”
这下明淮扬兵备道左参议答道“可裁不急之官，亦可节省开支，如扬州府有催饷主事，不如由扬州府巡按催办。”
可明毅宗却说“催饷主事非为定例。”
却被明淮扬兵备道左参议仗义执言道“臣见残破州县，如；北直隶保定府庆都县、真定府栾城县，眼下急宜下宽大之诏，以收拾人心。”
随后明毅宗纳其言。3月28日，待北直隶以及山东承宣布政使司各州府县卫所上报消息后，结果官员核查此役明军失陷城镇多达六十余座！是役让满蒙联军入关半年时间，深入大明腹地二千多里，攻占一府、三州、五十五县、二关，斩杀明总督2人、守备以上将吏百余人、俘获人口四十六万余、黄金四千余两、白银九十七万余两。中原人民所遭受的苦难和财产损失，更是无可计量，因此明毅宗传令明兵部尚书：杨嗣昌，召集文武诸臣商议丢失城池以及临阵脱逃、怯敌不战之罪。4月初9日，由于大明帝都北直隶顺天府紫禁城内城浚濠，宽五丈、深三丈，因此明工科给事中：夏尚絅，奏陈道“连年胡骑入犯，皆藩篱失守，门庭无恙，若使堑水足拒，则去冬长驱如；北直隶顺天府通州三卫、济南府德州卫与德州左卫、沧州与沧州守御千户所、济南府济南卫，其为广川巨津更多，而扬鞭飞渡，如入无人之境，则控扼队要，是在人不在险之明证，今掷此百万于水滨，不如移而用之于岩疆，防御要害，使胡骑不敢入。”
得到明毅宗审批。到4月15日，满清太宗眼看对于松山堡（广宁中屯守御千户所）攻守两难，便转而回去攻打广宁中屯卫（满清叫锦州）与广宁左屯卫城池，但是依旧遭到了明军炮火狂轰乱炸，还差点变他父汗身负重伤，因此无奈之下只得选择撤兵。事后捷报传入京师，明毅宗听闻消息后，大喜过望连忙任命明松山堡副总兵兼广宁中屯守御千户：金国凤，为「辽东都指挥佥事」、升任［宁远卫团练总兵］。而对于满清太宗来说，此次出兵非但没能攻下松山堡（广宁中屯守御千户所）以及广宁中屯卫与广宁左屯卫，反而还让清军伤亡惨重。在清军撤退回国都盛京城之后，满清盛京城内的官民们得知军队大败而归，大将数人还被明军击毙，因此行街之人，多有惶惶不乐之色，城外远处，坊曲之间，哭声彻天。不过明军这边也不怎么好，虽然二次打退清军取得了胜利，但松山堡（广宁中屯守御千户所）的守军也同样伤亡惨重。更何况满清太宗战败后，势必不会善罢甘休，故此朝廷在为明宁远卫团练总兵兼辽东都指挥佥事：金国凤，加官进爵的同时，也迅速调兵遣将，为其补充兵力。5月初1日，明兵部尚书与群臣们经过统计损失后，上奏称“守边失机、残破城邑、早失陷藩封、失亡主帅、拥兵观望。”
于是以明蓟州总镇监军道：郑希诏、明昌平州监军道：孙茂霖、明顺天府巡抚：陈祖苞、明保定府巡抚：张其平、明山东总镇巡抚：颜继祖、明蓟州总镇总兵：吴国俊、明蓟州卫总兵：陈国威、明山东总镇巡抚：倪宠、明援剿总兵兼宁远卫指挥佥事：祖宽、明援剿副总兵：李重镇，及其他左右参将以下级别将领与官员，乃至州县有司，凡三十六人同论死，被贬削者为数更众。仅有部分官员以及将领因有背景，且朝中有官员求情才免去一死，改为罚俸一年作为惩罚。6月23日，明毅宗因北部战事加重，便决定抽调各镇精兵，复加征〈练饷〉，由明兵部尚书提议称；万全都指挥使司宣府镇、山西行都指挥使司大同府、陕西都指挥使司延绥镇、宁夏七卫、陕西行都指挥使司甘肃总镇、固原卫总镇、临洮府、辽东都指挥使司、蓟州镇。