双方相遇当即就被要求剃发归降，面对前有东虏建奴骑兵，后有明军水师以及李氏朝鲜追兵的情况下，孔有德首先同意投降。随后不甘心的耿仲明也只得放下面子剃发投降，因此后金军才喝退了前来追击的明军、李氏朝鲜平安东道宁边大都护府联军。投降之后的孔有德与耿仲明，带来了后金汗国急需的船队、红夷大炮以及工匠，所以后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，对他们的投降极为重视，亲自率领诸贝勒们出盛京外十里迎接。不仅如此后金天聪汗还使用了女真人最隆重的抱见礼相待，并以先投降的孔有德为〈都元帅〉，又授予耿仲为「水师总兵」官职，均安置在东京（辽阳府），让他们单独自成一军，称［天佑军］，并给予特殊待遇。然而再次投降后金之后，后金水师总兵：耿仲明，却公认侵夺后金都元帅：孔有德，的部众。这导致了那些部众们开始向后金都元帅控诉，后金都元帅就趁机弹劾后金水师总兵，而后金水师总兵也害怕惩罚，也上奏请求将自己侵夺孔都元帅的那些部众们，全部归还给孔都元帅。两人这一唱一和的，倒是让后金天聪汗看了大笑话，他认为这正是大明帝国军户乃至官员们互相争斗的恶习，是为亡国之举！便下诏嘉奖后金都元帅，并且下令后金都元帅要好好安抚后金水师总兵，还让他俩不要贪念以前的恶习。随即就召他们入汗庭并赐宴。6月初4日，后金天聪汗与众贝勒们商议对；李氏朝鲜王国、大明帝国、漠南蒙古察哈尔部的军事策略，首先由后金镶蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗，上奏道“女真语：李氏朝鲜王国如果不遵守盟约，就退回他们的贡品，只和他们互市交易，不必前去攻打，眼下大明才是我们的敌国，应该先攻取明廷临近京畿的几个城池，长久驻扎，在伺机进攻，另外还要屯兵山海卫以东，广宁中屯卫（后金称锦州）以西，以此来扰乱明廷的耕种，让他们的军队疲于奔命，不得休息，再分兵一半在山海卫前安营，一半绕道至关后，内外夹击，让明军左右为难。”
恰好后金天聪汗也是这样想的，见他一向行事慎重，因此每次在御驾亲征时，总是让他留守汗庭盛京城。6月15日，漠南蒙古察哈尔部左翼大总兵：塔什海、漠南蒙古察哈尔部右翼大总兵：虎鲁克寨桑，以及漠南蒙古察哈尔部万户：巴达西寨桑，等5个头目率领千余户脱离漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）转而向东前去投降后金汗国。而西迁进入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，因部众粮食断绝，甚至到了杀人易食的地步。不过为了摆脱这种困境，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗还联络了，刚刚打入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠北蒙古喀尔喀部却图汗：博尔济吉特·绰克图台吉，一起征服青海蒙古土默特分部。甚至与格鲁派（乌斯藏都指挥使司藏传佛教）发生争斗，以夺取霸权领域。为了方便还联合乌斯藏都指挥使司的藏巴汗：噶玛丹迥旺波、康区的白利土司（仁蚌巴帕竹政权首领）：月顿多吉，一起结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为［反黄教联盟］。正因有了盟友的支持，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗一没有物资，就发兵攻打大明帝国陕西行都指挥使司甘肃总镇地区的卫所，以掠夺人口、粮食。另一边刚投降后金汗国的，后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，二人因咽不下这口恶气，便企图借助后金八旗铁骑之手来报仇雪耻。但后金天聪汗精明，自然能洞察他们这点小心思了，便不愿被他们当枪使，而当时后金大臣们却普遍认为攻取金州卫、金州中左守御千户所（旅顺）的时机已经成熟了，还不断上奏出征。其中以后金兵部启心郎：丁文盛、后金兵部笔帖式：赵福星，上奏称“明廷黄总镇总兵今占据金州卫与金州守御千户所，甚为我国心腹之患，前日虽欲举兵，但犹阻于水路难通，彼得捍御一面，非计之得也，今日既有船只，又有孔耿二位水师将领充当先锋，当顺水而进，随以红夷大炮攻打前方，彼必首尾难顾，而黄总镇总兵必为我军所擒，此今日之机会，决不可失。”
最终经过后金天聪汗的深思熟虑之后，也决定正式下令进攻金州卫。6月19日，后金天聪汗派遣后金兵部承政兼镶红旗贝勒：爱新觉罗·岳讬、后金户部承政兼正蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·德格类，率领右翼部将有；后金先锋总兵：舒穆禄·楞额礼、后金镶红旗固山额真：完颜·叶臣。左翼部将则由；后金镶白旗固山额真：钮钴禄·伊尔登、后金三等子爵：昂阿喇，每旗副将一员、每旗甲喇额真一员、每牛录代子一员，及旧汉军额真兼三等总兵：瓜尔佳·石廷柱、后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，共计马步兵骑兵万余人，浩浩荡荡开往取大明金州卫地区。7月初1日，后金前锋军队已经抵达金州卫河北岸，还率军占领马头、黄金山，等制高点，并开始架设火炮，轰击金州卫的外围城墙，炮兵火力攻击持续了三日。到了7月初4日晚上，后金军开始攻城，他们将几门红夷大炮直接推到城外，直接瞄准城墙开火轰击，还推出云梯、鹅车等各种攻城器械，企图一举攻克金州卫。明东江总镇总兵：黄龙，由于抽调了部分兵力去协助李氏朝鲜王国海防，以防东虏建奴进攻，因此所在的金州卫境内明军兵力不多，他只能亲自登上城墙，指挥守军们作战。明军用城头的火炮轰击远处的敌人，还用火罐矢石攻击城下的敌兵，并用长矛大刀刺砍爬上云梯的敌军，战况十分激烈！经过两天两夜激烈的战斗，后金阵亡超过4千余人，但依旧猛攻黄总镇总兵组织的明军三次出城反击，虽然暂时将后金军击退，但后金军很快就再次卷土重来，围城攻打不辍。7月初7日，新任尼德兰王国（荷兰）荷属东印度公司驻台湾府总督：汉斯·普特曼斯，率领以密德堡号为旗舰的13艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对大明帝国广东承宣布政使司潮州府、福建承宣布政使司漳州府交界的南澳岛，发起了进攻。南澳岛守军们立即给予还击，在激战中明南澳岛把总：范汝耀，身受重伤，17名明军将士阵亡，而尼德兰军队也有部分伤亡，不得不解围北上。7月11日，尼德兰军船队Wieringer号，在东南沿海掠劫途中与26艘明军战船相遇，双方展开水战开火，尼德兰水师败下只能丢失物资撤退。7月12日，尼德兰军船队开到了福建都指挥使司中左守御千户所（厦门）海域上，当时中左守御千户所港口内，正停泊着几十艘明明待修船只。此时南澳岛战斗的消息尚未传来，因此明中左守御千户：张永产，正在泉州府操办器械，明延平卫游击将军：郑芝龙，也正率领主力部队在福宁州剿匪。因此尼德兰军船队Tessel号、Weesp号、Couckebacker号、Catwijck号、Kemphaen号，相继对中左守御千户所港口内的明军战舰发动突袭。瞬间击沉了25~30艘大型战船，以及15~20艘小型战船，暗自窃喜离去。戌时，中左守御千户所商人跑到尼德兰军船队上询问攻击理由？但尼德兰人并没有做任何解释，反而驱赶大明商人，还继续派遣Kemphaen号、Zeeburch号、Salm号，以及一艘大明海盗帆船又来到中左守御千户所北部进行掠劫。这次尼德兰人除了到处抢夺食物外，还迫使中左守御千户所、金门守御千户所、烈屿、鼓浪屿，以及附近村落每周必须提供25只猪、100只鸡、25头牛，否则就再度烧杀抢掠。但是大明地方衙门依旧处于毫无戒备的状态！结果尼德兰人肆无忌惮，一举烧毁和击沉了大明方面的15艘战船（郑军10艘，明廷5艘），并登岸大掠。待偷袭得手后，尼德兰人还封锁了中左守御千户所湾，并威胁地方卫所开放贸易。7月14日，明延平卫游击将军就派遣使者对尼德兰船队送交信件，要求释放7月12日扣留的大明商人，并解释为何尼德兰军船队，要前来我大明中左守御千户所攻击的原因？尼德兰人则单方面释放了大明商人，还解释说是贸易矛盾。此时大明金州卫方面经过几天的激战，明军的火药和弓箭消耗殆尽，金州卫城门被后金都元帅与后金水师总兵攻克，黄总镇总兵只得退到金州中左守御千户所继续抵抗。意识到了形势危急，明东江总镇总兵立即找来明金州卫千户：谭应华，说道“敌众我寡，今夕城必破，若速持吾印送登州府，不能赴，即投诸海可也。”
随后明军继续抵抗，先后杀死后金一等信勇公：瓜尔佳·费英东，之子后金正黄旗牛录额真：瓜尔佳·纳海、后金正红旗甲喇额真：扈什哈理·岳乐顺、后金巴牙喇壮达：额德、后金复州卫千总：程国辅、后金镶红旗牛录额真：西克特立·塔纳喀。由于后金方面久攻不下损兵折将，后金都元帅与后金水师总兵就绕到后方，从蔡家口一带上岸攻入金州中左守御千户所城内，明军拼死阻击，但终因寡不敌众，被后金军成功攻入金州中左守御千户所城内。