因此明司礼监掌印太监兼东厂提督、九千岁：魏忠贤，认为言之有理，便派人婉言暗示明懿安皇后：张嫣，却不想被明懿安皇后直接给拒绝了。得知明懿安皇后的严正态度，让他也无可奈何，便不再强迫她，又打算自己发兵控制紫禁城从而选定拥立者，可也被阉党们劝说行不通。首先不管是东林党、浙党、楚党、晋党、秦党还是阉党他们都来自于为皇帝服务，一单发兵夺权就等同于造反，况且根据明太祖吴王洪武高皇帝：朱元璋，立下的规矩朝中有变，各路藩王大军皆可勤王。再加上北直隶顺天府紫禁城内，还有大批效忠于朱姓天子的官员，一旦勤王那么自己的家族绝对会覆灭，到时候又变成第二个西汉相国：董卓，因此这招行不通。最终只得发布先帝遗诏，依据兄终弟及制度，派亲信明御马监监官：涂文辅、明司礼监提督太监：王朝辅，前去迎接明皇五弟信亲王：朱由检，入宫受命并让明信亲王殿下即皇帝位。主要是九千岁个人觉得信亲王殿下，虽然久居京师却还没赴任藩地，而且在京城内外，也几乎没有任何根深蒂固的势力。也就是小毛孩子一个，很好控制的，对自己也遭不成什么威胁，便决定先东林党们一步，前去扶植登基，也好早日赚个拥戴之功。不过明信亲王殿下在进宫前，就听了皇嫂明懿安皇后手下宫女的告诫，让他自带麦饭入宫，还叮嘱不准随意吃宫中食物，只能吃明信亲王妃：周玉凤，所做的饭菜。并且要对宫中的一切事物保持高度警惕。就这样到了晚上戌时，明信亲王殿下独自一人秉烛而坐，他偶然看见一名小宦官持剑而过，便立即叫到跟前，索要其佩剑，并且详加审视，许诺将要给他赏赐，还将佩剑留在自己桌上。当听到宫中巡夜者击打木梆的声音时，他又起身前往慰劳，并回头询问左右侍从该如何赏赐酒食？侍从们则回答道“启禀殿下，由光禄寺负责赐予。”
于是明信亲王就下令让光禄寺官员连夜准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时之间内廷宦官、宫女们，以及五城兵马司的士兵们都对这位即将登基的信亲王殿下产生了好感。欢呼声如潮水一般，但对于掌管内廷甚至外朝大权的九千岁魏公公，明亲王殿下也屡赐温词，曲加慰劳以安其心。由此才成功渡过了再宫中居住的时光，也打消了阉党们打算废立信亲王殿下的念想。次日，经过文武百官们的三次劝进后，明信亲王殿下于8月24日，在他皇哥大行皇帝陛下灵位前遵照遗命穿上衮冕，祭告天地宗庙，并顺利即皇帝位，面坐皇极殿内举行登基大典时，群臣山呼万岁。然而天空中却突发天雷之声？似乎有某种意义上的征兆？但是新皇帝：朱由检，却并没有太在意，还安慰群臣们表示这是上天的指示？并颁诏宣告天下新皇登基，由礼部准备出了四个年号，以供新皇选择，分别是；乾圣、兴福、咸嘉、崇祯。当大明新皇信亲王：朱由检，看了第一个年号〈乾圣〉之后，觉得这个年号太高大上了，而乾就是上天，圣就是神灵。这时的大明帝国早已经是危机四伏了，再用这个年号的话，恐怕自己担当不起，就给否决了。而这第二个年号叫［兴福］这个意思代表着；中兴降福，形容朝廷正需要一个中兴之主，因此新皇看了看还是觉得自己不够资格，所以这个年号也被否决了。第三个年号叫〖咸嘉〗新皇还没多看几眼，就立刻把这个年号给否决了，他觉得（咸）这个字右边是一个（戈）而如今大明帝国各地狼烟四起，正是要平息兵戈的时候，如果要用这个年号，岂不是要让大明帝国刀兵不断，永无宁日？这第四个年号叫『崇祯』而崇字有高大的意思，祯字有吉祥的意思，因此新皇对于这个年号很是满意，而且在他看来，他一手继承父兄留下来的烂摊子，正是要重振大明帝国的时候。再加上崇祯和重振是谐音，正与他的治国理想相符合，所以新皇决定用崇祯这个年号，当即就下令改明年元年为崇祯元年，是为「明毅宗」此时明毅宗：朱由检，才年仅17岁便担当起了大明帝国的重任。9月初1日，新即位的明毅宗逐渐表现出了勤政爱民的样子，先是把自己信王府家产全部上交国库，再像皇哥先帝：朱由校，那样对待九千岁魏公公及其党羽们，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官。这反倒是让魏公公感到有些不安？为了留条后路便对出身信亲王府宦官的，新升任明司礼监掌司：徐应元，毕恭毕敬，还馈赠珍奇异宝，并且结为兄弟。这明司礼监掌司倒也是个爽快人，直接暗示魏公公交权？但是魏公公却不死心，他还打算继续试试？便给明毅宗送去4个美女，这一幕似曾相识，当初先帝明光宗泰昌帝：朱常洛，刚继位后就是收到明郑皇贵妃：郑梦境，送来的8美女，然后日夜寻欢作乐导致丧命。不过明毅宗可不是明光宗，他吸取了父皇的教训，根本没有碰她们，并且还从她们身上搜出了迷香，这让魏公公觉得非常不对劲，决定以退为进，主动提出辞职。于是九千岁魏公公就假意上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实，结果明毅宗不仅没有批准，而且还好言相劝，故意慰留一番，并且表示自己刚刚登基没有他辅助怎么行？过了两日后，明奉圣夫人：客印月，也有模有样的学魏公公上奏辞职，没想到明毅宗直接给批准了，毕竟她是先皇的奶妈又不是自己的奶妈，且先皇已经驾崩，她没有理由在留在宫中。因此就准许魏公公的对食明奉圣夫人出宫，去到私人宅第内居住，而魏公公又上书乞求免去户部丧礼香蜡三万金，明毅宗立即表示同意。9月初4日，明司礼监秉笔太监：王体乾，请求辞职，但明毅宗不准。9月初5日，明毅宗在处理完政事之后，就下令追谥生母明贤妃：刘氏，为「孝纯恭懿淑穆庄静毘天毓圣皇太后」还将其迁葬至父皇明光宗泰昌贞皇帝：朱常洛，的〈庆陵〉合葬。可能是从小就缺少母爱，也可能是之前压抑地太久，让当了皇帝的明毅宗日益思念自己的母亲，先是询问左右宦官宫女们母后的遗像。后来他又找来以前和母后一起生活过的老宫女，甚至特意将自己的外婆接到宫里，就是为了让宫里的画师画出生母的模样，还册封明信亲王妃：周玉凤，为皇后，而皇嫂明张皇后：张嫣，则册封为［懿安皇后］。9月初5日，后金联军驻扎在李氏朝鲜王国义州府的军队，再完全平定战事后，才开始全部撤离回到鸭绿江对面。9月12日，明毅宗素来熟知魏公公的罪恶，自己也深加戒备，导致魏公公的党羽们也开始恐惧起来，因此就让东林党官员们看到了一丝希望。9月16日，南直隶应天府的阉党成员，明南直隶通政使兼都察院右副都御史：杨所修、明都察院山东道监察御史：杨维垣，感觉阉党之首魏公公似乎已经在朝中失势？而且东林党官员们正在崛起，为了明哲保身趁早撇清关系，或者做到中立派的举动，因此他俩首先将炮口对准了明兵部尚书：崔呈秀、明太仆寺少卿：陈殷、明延绥总镇巡抚：朱童蒙、明工部尚书：李养德，等人弹劾的理由，是他们在父母去世时不守孝，还在继续忙着贪污受贿。此举一出搞得魏公公以及明毅宗都大吃一惊，魏公公这边以为他俩是被新皇帝陛下给收买了？而明毅宗这边又以为是魏公公故意派手下来唱双簧？企图试探自己动向？其实这完全就是两位杨大人自己的主张，因为他俩都明显看出来，魏公公不得势了，必须早点划清界限，以免日后遭到清算。不过朝堂之上明毅宗依旧不动声色，还严词指责两人乱扣帽子，任意扩大事态，企图破坏目前和谐的朝政局面，并对遭到弹劾的四人好言劝慰一番后。就同意明太仆寺少卿、明延绥总镇巡抚、明工部尚书三人回府守孝去了，但明兵部尚书由于岗位特殊，说什么也都不同意他轻易离职，也算是蒙蔽阉党的另一种手段了。但很快明国子监监生：陆万龄，就遭到了老师明国子监祭酒：朱三俊，的弹劾，理由就是他当初想讨好九千岁魏公公，就将他的地位抬高到了和鲁国大成至圣先师：孔子、邹国亚圣：孟子，等圣人同等的位置。还要求南直隶国子监甚至北直隶国子监两都，均要把魏公公列入教学史册当中。没想到这次明毅宗很快就下令将明国子监监生给打下狱，闹到今天这一步，魏公公才觉得自己不能再装聋作哑了，毕竟事情皆因自己而起，所以他要面见皇帝陛下，表示对这种不着调的人一定要严惩。这接二连三的事情让魏公公的内心七上八下，恰恰此时还有些阉党分子没眼力，其中明江西总镇巡抚：杨邦宪，就上书明毅宗要求继续给魏公公修建生祠。可把魏公公给气得直跳脚，都什么时候了，还来添乱？但没想到的是明毅宗很爽快地就批准了这个的请求。原因就是故意要把阉党们捧得高高地，打消他们的一切防备，在狠狠地摔落在地。因此9月25日，感觉事态不对劲的魏公公便立即上书，乞请明毅宗停止为其建立生祠行为，明毅宗也批准了，毕竟省钱也是好事，但以前的生祠依旧保留如故，而不再新修，还夸魏公公有功不居，更见劳谦之美。