但是明司礼监掌印太监兼东厂提督九千岁：魏忠贤，经过后期的学习，现已经能够熟悉掌握批阅奏折能力了，可以说在这点上比明熹宗：朱由校，略微强点。再加上两人从小的主仆关系，所以才让彼此之间非常信任。眼下却被东林党成员明都察院左副都御史：杨涟，给上奏弹劾自己的棋子，因此明熹宗心知肚明早晚会有这一天，也是时候跟东林党员们一较高低了。于是就故意当着南北镇抚司锦衣卫、府军左右卫以及腾骧四卫与部分大臣们的面，在养心殿内说道“朕识字不多，还请忠贤念予朕听。”
这实际上也是在打暗语。果然听出门路的明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，当即就让明司礼监秉笔太监：王体乾，负责念奏折。他故意削减罪状，把重的罪名以及部分罪证直接选择不念出来，弄得明熹宗真假难辨，好坏不分，一旁的官员们则大惊失色！随后明熹宗还反过来安慰九千岁让他放心，这些都是小事，回头就处置杨御史，办他个诬陷之罪。不过事件虽然是平息了，但自此以后，也让九千岁对杨御史恨之入骨，还被列为东厂头号死对手。6月11日，明内阁首辅：叶向高，认为事情差不多到了决裂的份上，是极不应该的，又加上有朝臣先后上疏数十次，还有人劝说叶阁老颁布这事，可以借此机会搬倒魏公公。不过叶阁老经过深思熟虑后，他考虑到魏公公恐怕无法轻易除掉，只有阁臣从中斡旋，还有希望不至于酿成大祸。于是就上疏陛下，称颂魏公公的勤劳，朝廷太宠爱他，盛名之下难免招致非议，应该解除他的权力，让他回老家修养，以保全他的始终。尽管这样全身而退的奏折，是明哲保身之举但是魏公公看后，还是很不高兴的，他则借此机会假传圣旨为自己表功，累计一百多字，但等圣旨出来之后，叶阁老却吃惊地说道“这恐不是魏公公能够写出来的事！一定是有人代替他起草的。”
结果侦察后得知，此人乃是明刑部员外郎：徐大化。不过魏公公虽然气愤，但因为外廷势力还很强大，他并不敢直接加害于叶阁老，可阉党徒中却有人劝导他要制造大案，从此魏公公这才下定决心要好好整治一下东林党人。6月16日，明工部屯田清吏司郎中：万燝，正在督造陵墓事务，就得知明都察院左副都御史及诸廷臣们，前不久交章弹劾明司礼监掌印太监兼东厂提督的奏折，被明熹宗给压下来了。不过也惹得明工部屯田清吏司郎中有些生气，他也跟着上奏弹劾阉党魏公公，称其“自营坟墓仿佛陵寝，坚阻以内官监废铜铸钱之议，内廷外朝只知有忠贤，不知有陛下？”
奏折呈上去之后让明司礼监掌印太监兼东厂提督大怒，他正愁被大臣们弹劾无处发泄，眼下正好拿个小官开刀立威，就矫旨让东厂锦衣卫前去廷杖一百，在贬为平民。这还不算又让北镇抚司锦衣卫队散布消息称去抓万大人，结果部分阉党官员们就去万府看戏，万燝在府中被当众殴打直至趴倒在地，还被众人用脚踩踏。事后仅仅过了四天，万燝便重伤身亡。6月20日，刚刚升任的明都察院四川道监察御史：林汝翥，在谢恩皇帝之后就出城准备上任去了，待经过北城时，就遇到了欺压百姓为非作歹的明司礼监太监：曹进、明司设监太监：傅国兴，当场就让左右手下把这两个阉党处以〈笞刑〉。事后明司礼监秉笔太监：王体乾，就以林御史乃外官却擅自处罚内监触犯朝规为由，上奏皇帝陛下，要对林御史处以廷杖之刑。当时明工部屯田清吏司郎中：万燝，才因弹劾阉党被廷杖毙命，因此明都察院四川道监察御史恐冤死于挺杖之下，又不想连累人，便取消了与明内阁首辅：叶向高，的送行。还偷偷逃出都门，逃到了顺天府衙门向明顺天府巡抚：邓渼，写下《劾魏忠贤疏》，请求明顺天府巡抚转递给陛下。其奏疏历数了九千岁魏公公的罪状，最后还说了句；朝廷上下，人人都惧怕魏公公的淫威，不知有陛下的威灵，还请陛下定要吸取唐文宗江王开成孝皇帝：李昂，纵容唐神策军中尉兼左骁卫大将军：仇士良，而酿成〈甘露之变〉的教训。同时明司礼监掌印太监兼东厂提督当即就派遣北镇抚司锦衣卫缇骑百余人，速去围住明内阁首辅：叶向高，的私第府宅。直接以林御史为叶阁老的乡人（或言是叶阁老之甥）为由，向其索要人员，实为阉党故意折辱叶阁老之举。也算是报了之前的仇，这也让羞愧难当的明内阁首辅认为自己为朝廷所作所为已经仁至义尽了，当即便准备上书辞职！然而这时的明熹宗面对林御史的奏折，自然是听不进去的，毕竟还要依靠九千岁魏公公来打压东林党，以及充实国库税赋，因此便下旨将林汝翥廷杖后解职为民。10月初3日，明司礼监掌印太监趁着皇帝陛下做木匠之际，矫旨责备明都察院左副都御史：杨涟，以「大不敬、无人臣礼」为由，直接将杨涟革职为民。11月初8日，水西叛贼首领罗甸大王：安邦彦，领兵3万余人渡过三岔河南下，入安顺州进攻普定卫。面对紧急军情明兵部右侍郎兼贵州总镇巡抚：蔡复一，急忙派遣明湖广川贵总理：鲁钦，等将领在汪家冲、蒋义寨处拦截水西叛贼大败之，明军又乘胜追击渡过三岔河直抵朵你则溪治所织金。此时明贵州总镇巡抚：蔡复一，檄榜明湖广川贵总理：鲁钦、明贵州总镇总兵：黄钺，等将领分道御之。之后明湖广提刑按察使兼赞画军前：尹伸，驻守普定卫击败来犯的水西叛贼，又与大军会合，吓得水西叛贼首领罗甸大王连忙逃遁渡河西奔。后方的明湖广川贵总理、明贵州总镇总兵则督率诸将穷追不舍，明军还长驱直入织金，焚烧敌营数十里，获得牛马、甲仗无数。明天启五年公元1625年正月11日，后金军发兵6千铁骑来势汹汹，开始反扑金州卫以及金州中左守御千户所的皮岛部明军，导致驻守在此沿海且兵力薄弱，又无后援的情况下，让明军节节败退！在此的明金州卫游击将军：张盘、明金州卫千户：朱国昌，两位将领且战且退来到金州中左守御千户所沿海弹药打光，不幸殉国！从此后金军又重新占领了金州卫地界，控制了辽南四卫地区的统治。正月17日，明湖广川贵总理：鲁钦、明遵义军民府总兵：刘超，等将领从织金凯旋而归，却不料在渡河之际，反遭水西叛贼袭击，致使明军阵亡2千余人！事后上奏报时，明贵州总镇巡抚：蔡复一，也因此遭到弹劾被罢免了官职。3月初1日，朝廷经过商议后传旨让明贵州承宣布政使司左参政：王瑊，代为〈贵州总镇巡抚〉实际上仍由明兵部右侍郎：蔡复一，明贵州总镇巡按：傅宗龙，主持贵州都指挥使司军务。他们决定采取沿河渡口置寨驻兵方案，就地屯田，彻底封锁水西叛贼的策略。3月初8日，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，出于战略目地考虑，决定以占领区内原大明帝国辽东都司府沈阳中卫，作为都城，摒弃辽阳卫迁都。并在沈阳中卫原指挥所城内，修建了议政之所设有大政殿和十王亭，在中轴线北侧依照女真族建筑模式，建设一个居住之宫，史称罕王宫，这是为营建沈阳中卫故宫之开端。在后金迁都沈阳中卫之后，还对统治境内的辽人展开了〈辽东之屠〉先屠谷尼堪、再杀富户、还诛贤人，致使辽人大面积反抗，以至于后金覆育英明天命汗几个月无心政事，更抽不开兵力对大明用兵。3月11日，趁着东林党人游走奔波，去营救之前被关北镇抚司诏狱的明辽东总镇经略：熊廷弼，而让明中书舍人：汪文言，负责多方上奏祈求赦免。怎奈此举惹怒了魏公公，他借此机会派出北镇抚司锦衣卫出动抓捕了明中书舍人下北镇抚司诏狱，并让明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯，施以酷法拷讯。其中魏公公还让明大理寺右寺丞：徐大化，去弹劾杨涟、明大理寺左寺丞：左光斗，宣称其；党同伐异，招权纳贿，并假借［汪文言之狱］企图谋害杨涟等人。明北镇抚司锦衣卫指挥佥事在魏公公的授意下，开始对明中书舍人严刑逼供，要他诬陷杨涟受贿，可免他一死，但明中书舍人却宁死不屈，只能仰天大呼道“世岂有贪赃杨大洪哉。”
这样明北镇抚司锦衣卫指挥佥事无计可施，只好自己捏造供状，用来诬陷杨涟等人曾受明辽东总镇经略：熊廷弼，的贿赂二万两白银。随即魏公公就光明正大的，派遣了北镇抚司锦衣卫缇骑与东厂锦衣卫配合，一同前去逮捕杨涟等人来京审讯。然而在审问明中书舍人：汪文言，当中由于负责刑案画押的明北镇抚司锦衣卫指挥副使：刘侨，不愿意逼迫犯人，也不肯做此等勾当，便被魏公公给赶出了北镇抚司锦衣卫衙门。一切审问事务均交由明北镇抚司锦衣卫指挥佥事处理。5月初4日，明都察院江西道监察御史：田珍疏，上奏称“限禄一法，以万历四十八年见给之数禄银二十万六千两为额，根据各府宗室多寡均定，除亲王本人定额外，以现在人数为准，日后子孙增多，止在原额内均支，要在禄支不滥。”
明熹宗看后遂实行。