几乎打穿了整个贵州承宣布政使司地界，消息传出去之后，云南承宣布政使司、四川承宣布政使司、贵州承宣布政使司、湖广承宣布政使司，四个布政使司衙门均震惊，连忙召集官员商讨会议，并上奏朝廷请求调派大军镇压。2月初9日，叛军水西土司统领：安邦彦，率军包围了贵州宣慰使司都司府贵阳府，还声称要从湖广承宣布政使司辰州府与常德府、荆州府，以挑衅湖广行都指挥使司驻军，在直抵中原地区。此举就让宝庆府、靖州、保靖州军民宣慰使司、长沙府、岳州府，一带为之震惊。一时之间贵州都指挥使司贵阳府境内的明军，全部被派出去平叛，才导致了都司府贵州府兵力空虚，纷纷发出书信求援，仅有明贵州总镇巡抚：李枟、明都察院贵州道监察御史：史永安，督率军民坚守孤城。明铜仁府总兵：张彦芳，听闻消息后急率兵2万人赶赴救援，却被叛军诱败于龙里军民卫。2月17日，暂代的明辽东总镇经略兼兵部尚书：张鹤鸣，到宁远卫后下令全城盘查抓捕间谍，并且极力拉拢漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）、漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓里克图（炒花）、漠南蒙古内喀尔喀五部首领兼翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，等漠南蒙古诸部，希望能够得到他们支持收复失地。另一方面对于前任熊总镇经略却依旧上奏痛骂过错，实际上熊总镇经略根本无实权，因此明刑科左给事中：刘弘化，就为熊总镇经略上奏辩论，却被批奏罚俸禄。随后明都察院山西道监察御史：江秉谦、明南直隶都察院司务：何荐可，继续反驳辩论，但依旧被明辽东总镇经略兼兵部尚书：张鹤鸣，给弹压下来并贬去两人官职。这导致了群臣们的愤怒，明都察院河南道监察御史：谢文锦、明刑科给事中：惠世扬、明礼科左给事中：周朝瑞、明兵科右给事中：萧良佐、明吏科给事中：侯震旸、明工科给事中：熊德阳，等交章极论，请用明世宗兴亲王嘉靖肃皇帝：朱厚熜，戮明兵部尚书兼督团营：丁汝夔、明神宗万历显皇帝：朱翊钧，逮明兵部尚书：石星，的故事，要求与王总镇巡抚一样处理。但明兵部尚书依旧诋毁熊廷弼说他犯有丢失疆域之罪，由明内阁首辅：刘一燝、明吏部尚书：周嘉谟，党庇不令出关所致，因诋言者为明内阁首辅鹰犬，且愤言道“祖宗故事，大司马（指～张总镇经略）不以封疆蒙功罪。”
于是明礼科左给事中也带头复弹劾，并由明都察院湖广道监察御史：周宗文，罗列其八罪，但明熹宗：朱由校，却不问罪。不过也让明兵部尚书有些羞愧难当，不久便卧病在床。3月初8日，明熹宗下令简选精兵，训练于皇宫大内，此事被明司礼监掌印太监：魏忠贤，给总揽下来并按照京军与东厂锦衣卫组织起一批军队，专门训练冷兵器与火器。每次训练之时，都由明司礼监掌印太监：魏忠贤，手持令旗，三军悉听其指挥，其后内操火器兵增至万人，穿甲出入，金鼓之声震动宫内外。3月18日，明户、工、兵，三部左侍郎：王在晋，代熊廷弼以及张尚书为〈兵部尚书兼都察院右副都御史，领辽东总镇经略〉另外又负责节制；蓟州镇、天津三卫、登州府（登州卫、莱州府（莱州卫）的海防军务，明熹宗特赐其蟒袍玉带和尚方宝剑。新任的明兵部尚书兼都察院右副都御史领辽东总镇经略：王在晋，当时分析关外形势说道“东事离披，一坏于清河堡、抚顺守御千户所，再坏于开原卫、铁领卫，三坏于辽阳卫、沈阳中卫，四坏于广宁卫等地，初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，乃捐弃全辽，则无局可布矣！逐步退缩之于山海卫关内，此后再无一步可退。”
此外明辽东总镇经略：王在晋，还评价道“之前毛参将收复镇江堡，擒缚叛贼佟养真，致使辽南四卫震动，人心响应，闻报之日，缙绅庆于朝，庶民庆于野，是自清河堡、抚顺守御千户所失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。“然而明兵部尚书：张鹤鸣，视察辽东都指挥使司复命时，却说“自辽患以来，总镇经略死难系狱，累累匪一，今日总镇经略，难于前日之总镇经略万备矣，王总镇铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于明初（王在晋字）两人耳～王明初不足惜，如辽事何，此今日酿辽事大祸根也，此臣不顾嫌疑，不顾仇害，为国家大计而吐肝胆于陛下之前也。”
可以说对王总镇经略推崇备至。就连明蓟辽总督：王象乾，也上奏建议王总镇经略宣称“得广宁卫不能守也，获罪滋大，不如重关设险，护山海卫，以佑京师。”
于是明辽东总镇经略就以「抚虏、堵隘」守山海卫的方略，在《题关门形势疏》中，写道；画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。他认为高岭有乘墉之势，斗城如锅底之形，昔武侯云地势兵者之助也，不知战地而求胜者，未之有也，奴有战地，而我无守地。山海一关不过通夷贡夷之道，严远戍之防有两河为保障，何夷虏之足忧。而今且以为冲边绝塞，此岂有形之天堑，成不拔之金汤者哉。臣与同事诸臣谋之，有欲筑敌楼，先居高山、高岭者。夫敌楼孤峙，能击远不能击近，倘为贼所乘，则益助其凭高博击，而我失其所控御矣。有为再筑边城从芝麻湾起，或从八里铺起者，约长三十里，北绕山，南至海，一片石统归总括，角山及欢喜岭悉入包罗，如此关门可恃为悍蔽。因此明兵科右给事中：周希令，建议要五百万两银子当做防御经费，而明兵科左给事中：沈应时，则建议筑起边城为山海卫的屏蔽。双方经过商讨之后，群臣们核对估计动工需要工计费，至少为百万两银子，盖并造衙舍、筑铳台、建营房之费不计其数。为此明辽东总镇经略还上奏称“臣尝谓必有复全辽之力量，而后可复广宁卫，必有灭奴之力量，而后可复全辽，不然启无巳之争，遗不了之局，而竭难继之供，不可不虑。”
他还发现山海卫关城内，本身就存在着重大的隐患，因此建议修重城，待重城修好以后，山海卫关城才能真正成为雄关天险，此举极具战略目光。朝廷方面为了支持他的想法，自发内帘黄金20万两。当时主要是关外五城（义州卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁左屯卫中左守御千户所）以及七十二堡皆为漠南蒙古诸部们所占据。虽然声称是替大明帝国助守边，但是实际上则是行窥伺明军势力的举动，对此明辽东总镇经略：王在晋，与明蓟辽总督：王象乾，只会一意姑息，又请筑重关于八里铺。不过他的主张，却遭到了明广宁前屯卫兵备道佥事：袁崇焕、明兵部主事：沈棨、明兵部司务厅司务：孙元化，等将领的反对。其中以明广宁前屯卫兵备道佥事为主，要求修筑到二百里之外的宁远卫，但王总镇经略却不听从建议。随后明广宁前屯卫兵备道佥事还两次，直接将意见报告给明内阁首辅，但明内阁首辅因不知前线的情况，拿不定主意。这时明兵部右侍郎兼詹事府少詹事：孙承宗，自请上奏要亲身前往山海卫关外勘察地形，而由于孙侍郎乃是帝师，所以明熹宗不太舍得让他离开。但为了稳定朝中局势，还是忍痛割爱让帝师出关勘察。3月25日，明兵部右侍郎：孙承宗，巡视回朝后建议出关筑守宁远卫要害，与觉华岛形成相犄角，后又面奏明熹宗，称；王总镇经略不太懂军务、不堪胜任，当自请督师。这让明熹宗大喜，不得不派出帝师总督军务了，便特加明兵部右侍郎：孙承宗，为〈太子太保兼辽东总镇经略〉并赐蟒袍玉带、银币，以示隆礼。3月27日，朝廷传令贵州承宣布政使司附近各镇派遣精兵应援，并调遣了湖广都指挥使司、云南都指挥使司、广西都指挥使司，这三镇都司4万明军入贵州承宣布政使司救援。4月11日，李氏朝鲜兵曹判书：申景禛，以吊唁李氏朝鲜平山府使：李贵，出家为尼的女儿：李礼顺，的名义前去拜访李氏朝鲜平山府使，以阐明举事之意，得到赞同。于是李氏朝鲜平山府使之子李氏朝鲜延阳府院君：李时白、李氏朝鲜汉城府参军：李时昉、李氏朝鲜汉城府儒生：金自点、李氏朝鲜加平郡儒生：沈器远、前任李氏朝鲜兵曹佐郎：崔鸣吉，等人都相继加入到政变集团中，此后预谋效力者较多。4月14日，明礼部尚书：孙慎行，上疏追论红丸案事件，并弹劾先帝光宗泰昌朝时期的明内阁首辅：方从哲，有包庇明鸿胪寺寺丞：李可灼，的行为？为此明熹宗下令廷臣商议，参与议论者达一百一十多人，纷纷声讨方阁老有罪，唯独明刑部尚书：黄克缵，及明礼科给事中：汪庆百，等数人为其袒护。由于事情复杂且有人求情，因此重审此案，以免冤枉忠臣，也能断了流言蜚语。后来为了平息争论明熹宗宣布废除李可灼官职遣去戍边，明御药房太监：崔文升，则被发配到南直隶应天府南京城皇城打扫卫生，而对于在府宅修养的废臣：方从哲，暂不处理。