此刻李氏朝鲜王国议政府急差李氏朝鲜通事连礼曹参判：朴弘文，再三前来辩解，说是边臣失事，无关王国！但是明定辽右卫副总兵：毛文龙，却定要上本参奏，还要请登州卫、莱州卫、天津三卫的兵马前来讨罪，事情一度闹大。当时李氏朝鲜议政府左参政：朴弘绪，只得计议道“朝鲜语：留他在此，毕竟为祸胎，还惹得奴酋前来骚扰，不如助他些兵粮，送他回岛，可以两全。”
随后又让李氏朝鲜礼曹参判来见，并说道“朝鲜语：殿下世受天朝大恩，却并无异志。看得本国海中，有一座皮岛，可以屯兵，可以耕种，情愿差人协助开辟，助其耕牛谷种屯田，若奴酋来攻，可发兵犄角。”
因此明定辽右卫副总兵才假意脱手答应。于是李氏朝鲜方面便备办船只，送他们去到皮岛中，果然好一个所在。而〈林畔馆之战〉后，明定辽右卫副总兵以皮岛、铁山岛及宽叆堡等山区为根据地，大量招募辽东都指挥使司难民，以老弱者屯种，精壮者为兵，从无到有，逐渐发展成为一支海外劲旅。另一边的后金正蓝旗贝勒：爱新觉罗·德格类，与后金镶红旗固山额真：爱新觉罗·岳托、后金正红旗台吉：爱新觉罗·硕讬，一起攻击三岔河附近的明军。还到海州卫巡视，负责海州卫城防的后金海州卫总兵：张乐舁，急忙抬着轿子出来迎接。入城之时后金镶红旗固山额真下令后金士兵不得扰民，不得抢夺百姓的财物，还不能住在城上，更不能进入民居。次日，派遣出去巡视三岔河的后金探哨回来禀报，称；桥梁被毁坏，且没有船只可以渡河，才放心率军回去。毛副总兵的镇江之捷，让明辽东总镇巡抚：王化贞，自以为是立了奇功？但明辽东总镇经略：熊廷弼，却反驳道“我军三方兵力尚未集结，文龙发动得太早了！致使敌人恨透辽地的人民，势必会把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，更让李氏朝鲜君臣胆寒，还令河西军队丧气，也大大的扰乱了三方并进的计划，耽误了联络李氏朝鲜王国的打算，若把它看作是奇功，实际上则是奇祸呢！”
这本奏折竭力批评王总镇巡抚，等送到京城后朝臣们正把镇江堡一役看作是大捷时，一听到熊总镇经略的话，心中多有不服。此外明辽东总镇经略又明显地攻击明兵部尚书：张鹤鸣，说道“本部院既然担任辽东总镇经略，那么四方援军理当由我调遣，而张尚书却径自发动，不让本部院知晓，七月里本部院向你兵部询问军队人数，至今已有两个月了，仍然没有回答，看来本部院是空有总镇经略之名，却无其实啊！辽左的战事都是张尚书和王总镇巡抚一起办的。”
这下明兵部尚书听了更加恼恨他了。9月24日，明南海子提督：刘朝，命人痛下杀手，以至其明南海子净军：王安，其死状惨酷异常。自此以后，在整个内廷后宫之中明奉圣夫人：客印月、明司礼监秉笔太监：魏忠贤（代替王安接任司礼监秉笔太监）初期魏忠贤不识字，本不能进入司礼监。但有明奉圣夫人求情以及魏忠贤从小服侍明熹宗：朱由校，有了这些感情基础上，才破例让他总管司礼监。再加上司礼监掌印太监位置空缺，因此魏忠贤便顺利接管过来，还把之前明南海子净军：王安，留在司礼监名下诸位宦官，逐一清除出宫，转而加派自己的人手，安插各方眼线。同时明辽东总镇巡抚：王化贞，上书详述了东西两边的情况，还说“敌人放弃辽阳卫不加守备，河东失陷地区的将士们日夜盼望官军开到，就等抓了敌将来投降，而西部的漠南蒙古察哈尔部都愿意以兵助我，敌人驻守海州卫的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已，如果派军队悄悄过去夜袭，势在必得，南防辽南四卫的敌军得知辽阳卫失守一定北归，届时我军凭借险要的地势，来打击他们惰归的军队，定可以一举歼灭。”
此举明兵部尚书：张鹤鸣，认为对，上书说“机不可失。”
明都察院贵州道监察御史：徐卿伯，也促成此事，奏请朝廷调派明辽东总镇经略：熊廷弼，进驻广宁卫，明蓟辽总督：王象乾，则移驻山海卫附近调度。正好明辽东总镇巡抚又飞章上奏说“敌人因为官军收复镇江堡，就驱赶、抢劫周围辽南四卫的屯民，致使屯民们现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”
于是兵部越发催促进兵，明辽东总镇巡抚就在这个月里渡过河去，准备过三岔河。但当明辽东总镇经略迫不得已让出山海卫，驻兵广宁右屯卫时，却飞章上奏称“海州卫取易守难，不该轻举妄动。”
这才使得明辽东总镇巡抚不得已又撤回来，毕竟之前三岔河桥梁已经被后金军摧毁，且需要大量船只载士兵过河才行，又担心河对岸有伏兵，因此只能撤退。说来这王总镇巡抚平日里不善于学习军事，因此轻视大敌，好说大话吹牛，对于文武将吏们的规劝一点也听不进去，又与熊总镇经略抵触得厉害。他多次派人与叛将后金三等总兵：李永芳，交涉还妄想会做他的内应？又相信漠南蒙古察哈尔部人的话，说有派援兵四十万前来相助？一切的大小事务如；兵马、甲仗、粮草、营垒，等都放置在一边不加过问，只是一味的说大话企图蒙骗朝廷。无奈明兵部尚书：张鹤鸣，就是很相信他，并他所请均为答应，因此熊总镇经略无法实现自己的心愿！广宁卫虽有有14万军队，而熊总镇驻守在山海卫，其身边却没有可以调动的大军，仅有数千人而已。真是空有这么个总镇经略虚名罢了！当时从陕西都指挥使司延绥总镇榆林卫调来的部队，还未能适应辽东都指挥使司小冰期气候，又加上散懒惯了，因此不能够作战。所以明辽东总镇经略就请求把主帅明延绥总镇总兵：杜文焕，给治罪，但明兵部尚书却宽恕了他。明辽东总镇经略奏请任用明登莱监军佥事：佟卜年，明兵部尚书则递上奏章反对。之前明辽东总镇经略奏请派遣明盖州卫监军副使：梁之垣，去李氏朝鲜王国，明兵部尚书还故意扣发他的饷银。总之就是熊总镇经略上奏什么，明兵部尚书就挑他的毛病，而王总镇巡抚上奏什么，明兵部尚书就一味地顺从，才导致了两人之间相互怨恨，事事争吵。恰好熊总镇经略这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，更惹得朝臣们大多都厌恶他。当时熊总镇经略主张防御要紧，不能在继续丢失土地了，只要防御做好了，才能图收复失地，因此认为辽地人不可信用，毕竟多数都是被后金打怕的，也不排除含有奸细。至于漠南蒙古察哈尔部人也不可凭仗，汉奸：李永芳，其人更加不可信，广宁卫地方也有很多间谍以及可疑人物让人担心。但王总镇巡抚则一切相反，他绝口不提防御之事，只是一味地说“只要我们一渡河，河东人必为内应。”
并且还飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，可如今朝廷却只是收到镇江大捷的信，故此有见识的人，就知道他一定会坏事，因为疆场战事关系重大，没有人敢说他的不好。再加上明辽东总镇巡抚又说漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）的40万部队就快要来了，请迅速出兵。但明辽东总镇经略依旧谦虚的说“王总镇巡抚大人想靠着漠南蒙古察哈尔部人，不劳而获坐收战功？本部院倒是不敢轻视敌人，更不敢说能不能不战而胜。”
果然后来漠南蒙古察哈尔部军队都始终没来，也让明辽东总镇巡抚再也不敢出兵了。10月18日，叛军首领：奢崇明，率军一路西进围攻成都府，当时城中仅有镇远营明军七百人，以及成都左护卫、成都右卫、成都中卫、成都前卫、成都后卫，这些卫所驻军2千人守城。因此明蜀景亲王：朱志澎，担心成都府安危，就急忙传令明四川左布政使：朱燮元，全力抗击叛军以防不测！这让明四川左布政使：朱燮元，倍感压力，只能急调石柱宣慰使司、龙安府、松潘卫，等地官军入援。再发布信息后，朝廷第一时间就下令册封明四川左布政使：朱燮元，为［四川总镇巡抚］并调派明山东按察使：杨愈茂，为〈四川总镇总兵〉入川平叛。就连一向忠于朝廷的著名女将～明定国将军兼诰命夫人：秦良玉，在接到急报后，也立刻派遣其弟明四川总镇左参将：秦民屏、侄子明忠州游击将军：秦翼明，等将领亲率川军白杆兵4千人进驻南坪关，前去扼守重庆卫以断叛军归路。其中明定国将军兼诰命夫人还亲自统率精兵6千人沿江西上。与此同时叛军首领：奢崇明，进围四川承宣布政使司成都府，并自号［大梁王］的消息传到贵州承宣布政使司时，瞬间就让贵州承宣布政使司全境内戒严。明贵州总镇巡抚：李枟，与明都察院贵州道监察御史：史永安、急贷云南承宣布政使司、湖广承宣布政使司白银四万两，又募兵四千人，储米二万石，用于治战守具。紧接着明贵州总镇巡按：李标、明贵州总镇巡抚：李枟，连忙派遣明铜仁府总兵：张彦芳、明贵州总镇总兵：许成名、明贵州总镇都司：黄运清、明贵州提刑按察使兼剿贼监军副使：朱芹、明贵州提学道佥事：刘锡元，等将领一起去援救四川承宣布政使司司城（成都府）。