就这样在明奉圣夫人：客印月，的有意作梗之下，还真就让明熹宗：朱由校，原本答应把「司礼监掌印太监」之位给明司礼监秉笔太监：王安，的但如今这个职位却给推没了。再加上明惜薪司太监：魏忠贤，与明奉圣夫人对食后，就借着明奉圣夫人之力日益亲近明熹宗。这时明奉圣夫人为了能够控制内廷事务，就劝明惜薪司太监想办法驱逐明司礼监秉笔太监，但明惜薪司太监却有所犹豫。关键时候还是明奉圣夫人说了句“昔日西李（李皇贵妃）都曾被王安给倒打一耙，何况你我二人怎能比得上那西李？你根本就是在留后患！”
另一边明都察院右佥都御史兼广宁卫巡抚：王化贞，此刻正在广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫，等处招集从都司府辽阳卫散亡下来的军民，并激励士民们，还联络西部的漠南蒙古各部，才让人心稍微稳定一点。明辽东总镇巡抚兼暂代辽东总镇经略：薛国用，也看重他的能力，还替他上奏朝廷，对此朝臣们都觉得其有才，对其所奏请无不批准。6月初6日，熊廷弼来朝复命了，首先请停止之前言官们的贬谪，被明熹宗给拒绝，并又提出分三方布置的策略，说道“广宁卫当用马步兵在三岔河上设立壁垒，凭借山川形势打击敌人，以牵制敌人的全部兵力，而天津卫、天津左卫、天津右卫、登州卫、莱州卫，各港口则应设置水师船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必就会有内顾之忧，如此辽阳卫就可以收复了。”
于是各官员们就在讨论登州卫、莱州卫，设立何人为巡抚之事？像天津三卫一样，首先由陶朗先充任，而山海卫特设经略一人管辖一方，统一事权。接着明熹宗就封熊廷弼，为［兵部尚书兼都察院右都御史］驻扎在山海卫，负责经略辽东都指挥使司军务，又重新赐予〈尚方宝剑〉。明兵部尚书兼都察院右都御史领辽东总镇经略：熊廷弼，就借此请出尚方宝剑，调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户部、兵部、工部给出补给。又请旨让监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。还建议启用辽人原赞画主事：刘国缙，为〖登莱招练副使〗、明夔州卫指挥同知：佟卜年，为〔登莱监军佥事〕、原临洮推官：洪敷教，为〈兵部职方清吏司主事，充当军前赞画〉用以收拢辽人的心。这点均被明熹宗予以批准。7月初1日，明辽东总镇经略：熊廷弼，启程时，明熹宗特地赐给他一身〈麒麟服〉四枚彩币，并设宴于郊外，还派文武大臣们为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。事后又加派五千名京军三大营抽调勇士，作为前锋护送他前去辽东都指挥使司赴任。此时新任的明兵部尚书兼陕西三边总督：张鹤鸣、明蓟辽总督：王象乾，相继出关与明辽东总镇经略：熊廷弼，相遇。因新任的明辽东总镇经略性格刚毅好斗，且喜欢骂人，故此就与明兵部尚书：张鹤鸣，不合！互相之间产生了一些矛盾。反倒是认为明广宁卫巡抚：王化贞，知书达礼，所以极度信任王巡抚，但是王巡抚本身就是个庸才，喜欢说大话，而且王巡抚所建议的事情张尚书几乎全都同意，根本不受熊总镇经略的节制。这样一来熊总镇经略、王巡抚两人的矛盾，就日益加深了，也为边疆安全埋下了重要隐患。又加之二人的守御方针不同，王巡抚主张分兵把守要害，熊总镇经略则主张集兵把守广宁卫一带，因此两人遂有间隙，进而互相抵牾。再加上明广宁卫巡抚主战，明辽东总镇经略却主守，却反而遭到了明兵部尚书及朝中大臣们多偏袒王巡抚。7月11日，明惜薪司太监：魏忠贤，唆使给事中：霍维华，私自上奏弹劾明司礼监秉笔太监：王安，让其降为〈南海子净军，既～南苑〉，而以明宝钞司太监：刘朝，为［南海子提督］在暗自挑唆其斩杀明南海子净军：王安。故此明南海子提督：刘朝，刚到任后，就绝了明南海子净军：王安，的饮食，使得明南海子净军只得取篱园中的萝卜吃，三日内任然不死。同时因明辽东总镇巡抚：薛国用，辞职告养职位改由明广宁卫巡抚：王化贞，代替。于是明辽东总镇巡抚：王化贞，就部署将领，沿河设立六所军营，每营设置左参将一人、守备一人，各自画地分守。至于西平堡、镇武堡、盘山，平洋桥堡，等要害地带则分别设立防哨，此议报上后，明辽东总镇经略：熊廷弼，却不以为然，反而上书道“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁卫即可，如果分兵在河上驻守，那部队分散力量就弱小了，敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，那么我军力量必然不支，若一营溃败，其余各营就会兵败，西平堡等地的防哨也不能守住，河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人不知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”
待奏章交上后，明熹宗：朱由校，当即下诏表扬了他。恰好明都察院山东道监察御史：方震孺，也认为防河有六条不可靠的地方，因此王总镇巡抚的建议，被就此作罢了。而王总镇巡抚也因为自己的计策，未被朝廷采纳，所以恨透了他，竟把军事责任全推托到熊总镇经略的身上。于是明辽东总镇经略：熊廷弼，就请示朝廷，要警告王总镇巡抚，不得有人借口节制军务，以免坐失战机。随后在接待四方援辽的军队上面，明辽东总镇巡抚又大做文章，全改名号为〈平辽〉致使辽人们很不愉快，明辽东总镇经略见状就站出来说道“辽人未曾叛乱，请改为（平东）或「征东」以安慰辽人的心。”
从此以后明辽东总镇巡抚与明辽东总镇经略的矛盾愈演愈烈，总镇经略、总镇巡抚，不和睦的风声，也就开始传起来了。然而王总镇巡抚敢与上司～熊总镇经略针锋相对，最为重要的原因，还是在于朝中有人支持，而他的支持者，便是王总镇巡抚当年科举的主考官、当今朝中明内阁首辅：叶向高，以及与熊总镇经略素来关系不和的明兵部尚书：张鹤鸣。正是在这两人的支持下，王总镇巡抚才敢肆无忌惮的挑战熊总镇经略的权威，与此同时，王总镇巡抚也迫切的需要一场战斗的胜利，来进一步巩固自己在辽东都指挥使司广宁卫的地位，进而到达限制熊总镇经略对于辽东都指挥使司军队的控制力和影响力。于是王总镇巡抚就趁着熊总镇经略尚未过山海卫之际，在并未告知的情况下，悄悄派遣明定辽右卫左参将：毛文龙，冒险出兵。7月14日，亲率养子明定辽右卫游击将军：毛承禄、明定辽右卫镇抚使：尤景和、明定辽右卫千户：王辅、明定辽右卫百户：陈忠，等一百九十七名勇士，安抚了；猪岛、海洋岛、大长山岛、小长山岛、广鹿岛，石城岛、王家山岛、鹿岛，等二千余里沿海岛屿。还一举擒绑了后金金州卫副将：胡可宾、后金复州卫守备：任光先、后金金州中左守御千户所百户：何国用，等人。在经过询问后，又得知镇江堡的后金主力去双山抄杀，不肯「剃发易服」从而投降后金的大明百姓，因此城中必定空虚，遂与明黄骨岛堡生员：王一宁，商议以后金镇江堡中军守备：陈良策，为内应，继续率领197人打算夜袭镇江堡。果然在明定辽右卫左参将率领下，又配合了内应使得明军出其不意攻其不备，奇袭镇江堡擒拿住了之前后金反明七大恨后，攻打抚顺守御千户所时叛变投敌的大明东州堡左参将～现在的后金定辽右卫游击将军：佟养真（后来的满清清康熙帝姥爷）及其长子后金定辽右卫镇抚使：佟丰年、其侄子后金镇江堡总兵：佟松年，等将领打算即刻与捷报一起送往京师交由皇帝陛下处理。仅有次子后金正蓝旗牛录额真：佟图赖，一人逃脱。随即又派出明广宁右卫千总：陈忠，等将领再次奇袭双山，擒贼先擒王先斩后金镇江堡游击将军：缪一真，等将领断其后金军士气，在一鼓作气冲击出来，打败后金军，史称［镇江大捷］。此战之后，宽奠堡、汤站堡、险山堡，等地城堡的残余大明军民相继前来归降毛家军，一时间数百里之内，几乎望风归附，纷纷加入到大明的怀抱之中，归顺之民络绎不绝，使得全辽震动，也引起了后金方面的极大恐慌。8月初1日，明辽东总镇经略上书道“三方面布置的战略实施，必须得联络李氏朝鲜王国，请抓紧时间加派钦差使臣，前去访问李氏朝鲜王国的君臣，让他们征发李氏朝鲜八道的全部兵力，在江面上设立连营，以助我军的声威。”
奏折送上去之后，还不忘举荐了明盖州卫监军副使：梁之垣，说他从小在海滨长大，又熟知李氏朝鲜王国的事情，可以充任钦差使臣。明熹宗得知马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官服以示宠信。于是明盖州卫监军副使还上书提出加强他们的事权、以确定自己的职责等八条要求，明熹宗也都同意了。正当明盖州卫监军副使正在和有关部门商议兵饷之事时，王总镇巡抚所派遣的明定辽右卫左参将袭取镇江堡大捷的捷报，便传入了朝中。