但也不过是女真内部事宜，无伤大明边防，又加上被都察院审查的李家，也一直替建奴说话，故此便将备战奏疏转给兵部处理，后始下令整饬边备。然而明兵部尚书：李化龙，手下左右侍郎等官员皆是虚衔，有些官职甚至无人充任！再加上经历（万历三大征）之后，国库银两损失过大，且处于党争以及开矿时期，又没陛下备战旨意。加之建奴现在并未造反，故此兵部没有任何备战的意思！3月16日未时，李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，在吃糯米饭时突然被噎住，随即薨逝，享年57岁。他死后传出两道遗教，一道是嘱咐李氏朝鲜世子邸下：李珲，爱护兄弟，另一道是托付李氏朝鲜领议政：柳永庆、李氏朝鲜右领议：韩应寅、李氏朝鲜国丈敦宁府事兼西平府院君：韩浚谦、李氏朝鲜义州防御使：申钦、李氏朝鲜平安西道观察使：朴东亮、李氏朝鲜吏曹判书：许筬、李氏朝鲜兵曹判书：徐渻，这七名重臣复原。并要求他们保护李氏朝鲜嫡长子永昌大君：李㼁，的生命安全，以防不测！4月20日，明礼部尚书兼东阁大学士：李庭机，也上奏称“自臣受事以来，饥馑日趋严重，云南承宣布政使司、两广之地冠敢于横行，辽东都指挥使司建奴渐骄，皆深可忧虑！每见参劾将领之章奏，多是尅饷剥军，没人与士卒同甘苦，兵弱饷急，太仓库久空，太仆寺亦空，内库难捐，税使难撤，部、院缺官，六科、十三道积滞，人心日以涣散，政事日以废弛，盐法积弊不可禁除，京商苦累莫为计议，至于工作之虚糜，官吏之贪墨，刑狱之淹抑，风俗这奢靡，民间之愁怨，天下事尚有不能尽言者。臣论义则不可当止，论力则不能当正，请赐罢归。”
此奏折由通政使司交给明神宗：朱翊钧，览疏后下令优旨慰留，而对于政事则不置可否！4月25日，明尚膳监监丞兼辽东矿监税使：高淮，自从负责开矿之日起，便征税辽东都指挥使司各地，其党横行激起民变。于是明辽东矿监税使遂诬逮诸生数十人，反被明辽东总镇巡按兼都察院右佥都御史：熊廷弼，所弹劾。但明神宗却置之不理。随后明辽东矿监税使就率家丁三百余人，声言将入京见明神宗，潜驻在北直隶京师外城广渠门外。明兵科右给事中：田大益，等臣子们言“高淮搜括士民，取金至数十万，招纳诸亡命降人，意欲何为？”
就连明吏部尚书：李戴、明刑部尚书：萧大亨，亦皆上疏弹劾称“高淮撤离信地辽东都指挥使司，挟兵潜往京师，此为数百年来未有之事。”
包括明都察院山东道监察御史：袁九皋，等人也分别弹劾明辽东矿监税使：高淮，可明神宗就是不听！最后明辽东总镇巡抚：赵辑，也弹劾道“高淮罪恶万端，且无故打死广宁卫指挥使：张汝立。”
这次明神宗依旧不听。于是明辽东矿监税使开始反击了，他上疏自称镇守有功，且协同关务，但是兵部却奏其狂妄，不过明神宗心护他，回复道“朕固命之矣。”
从此明辽东矿监税使自恃无恐，便进一步招募死士，时时出塞射猎，又发黄票龙旗，向李氏朝鲜王国索取冠珠、貂马，且数次与边军将士争抢功劳，山海卫内外皆被其害。其中明辽东矿监税使还时时克扣将士月粮，手下明辽东矿监太监：廖国泰，旋诬劾暂任明辽东总镇总兵：马林，扣除军士月粮俸禄。明神宗得知后，就让吏部下令免去马林总镇总兵一职，改为前任辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，去上任，并且还撤去都察院调查之事。为此还激起了广宁前屯卫、金州卫，将士3千多人发生兵变，皆称要食明辽东矿监税使：高淮，之肉。6月10日，广宁中屯卫、松山堡，以及山海卫等地明军，也加入到讨打高淮的阵营中，此举让明辽东矿监税使大惊，他连忙逃奔入山海卫关内。怎奈路遇山海卫叛军无路可走，只能由水路乘船到天津卫码头，在前往京师避难。途中还上奏托人诬告明山海卫指挥同知：王邦才、明山海卫左参将：李获阳，逐杀朝廷命官，劫夺上供钱粮？结果被明神宗：朱翊钧，命令北镇抚司锦衣卫缇骑逮问王邦才、李获阳，因此激起了边民们的大哗。由此明蓟辽总督：蹇达，立即上书揭露了明辽东矿监税使的反间计罪状，明神宗得知后始命高淮回京，而以明通湾矿监税使：张晔，兼领其事。6月19日，年老体迈82岁米寿之年的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，致仕正式下岗，由明蓟州总镇总兵：杜松，代替其职。6月26日，李氏朝鲜光海大君：李珲，以权署国事的名义，派遣了李氏朝鲜礼曹参议：李好闵，等使臣赶赴大明帝国求赐封。但大明礼部与明神宗因为有「国本之争」的案例在，所以就一再坚持认为李氏朝鲜光海大君的合法性不足，非要派遣官员去李氏朝鲜王国调查才行。可李氏朝鲜礼曹参议则辩解称；先王长子李氏朝鲜临海大君：李珒，已中风，无法继承王位！于是大明礼部又要求，提供李氏朝鲜临海大君让贤的奏文，果然明神宗随后就派遣了明辽东都指挥同知：严一魁、明自在州知州：万爱民，进入李氏朝鲜王国展开调查。这两个官僚非常爱钱，为此李氏朝鲜光海大君便准备了数万两白银贿赂他们，在让他的表叔李氏朝鲜刑曹参判：金礼直，强迫李氏朝鲜临海大君向大明钦差们回答预定的内容。明辽东都指挥同知等按套路到乔桐驿，向李氏朝鲜临海大君问话，待完成使命后便返回大明，并回奏朝廷称“李氏朝鲜临海大君果真有病，确实不能继承王位。”
8月初9日，因云南都指挥使司滇军与地方土司兵的联合围攻之下，叛贼首领：郑举、叛贼伪武定府知府：阿克，两人兵败被俘送至京师问罪。同时朝廷还以失武定府印玺罪为由，逮捕了明云南总镇巡抚：陈用宾、明云南总镇总兵兼黔国公：沐叡，下大理寺狱论死，实乃可悲之事！12月11日，兀良哈部朵颜卫进犯大明帝国北直隶顺天府蓟州，大肆劫掠军民住宅区，明蓟州左参将：马栋，不能低御。还好大明禁卫骑兵以及蓟州镇、蓟州卫、营州右屯卫、营州后屯卫、兴州左屯卫，的援军及时所至，以火器进攻敌人，碰巧让居民们望见天空中明军交战时火器打出来的火光，就以为是敌军将至？导致百姓纷纷大惊，各自逃入京城，每日多达数万人，少则数千人，使得京师内外城的九门尽闭，帝都开始戒严。而明兵部尚书：李化龙，就请以白银三十万两填补蓟州镇缺饷，并修军械器具，户部则以国库告乏，请暂借内务库矿税银，定期补还。明神宗不许借用内务库银，而命发太仆寺马价银十万两、户部银十万两，才让蓟州卫以及蓟州镇军心稍定。此刻朵颜卫见明军有备而来，且久攻不下损失惨重，大多数朵颜军都被明军火器打伤，便开始撤兵，但明军追击时还趁势杀了袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部151人。这让漠南蒙古河套部首领：拱菟，怀恨再心伺机复仇。12月18日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）首先是责令三弟明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，放弃自立为王的念头，重新归附到建州女真三卫麾下，但被拒绝了。在劝说无效的情况下，他决定断然采取了强硬措施。在明万历三十七年公元1609年正月10日，明开原卫左参将：李如楠，准备伏击漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，以报四年前漠南蒙古内喀尔喀五部诱杀明庆云堡守备：熊錀，之仇。这个消息被明建州左卫军民指挥使知道了，他迅速报给漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗听，并让他成功逃脱。然而诱杀漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗失败后，而造成的后果却很严重，还引起了在漠南蒙古内喀尔喀五部中地位举足轻重的漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗，对明建州左卫军民指挥使的感谢和对明廷的憎恨。再加上漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗，又觊觎大姨子叶赫老女：纳拉·东哥（布喜娅玛拉），还听信了明建州左卫军民指挥使的谗言，认为海西扈伦叶赫女真部人协助明廷诱杀他，因而出兵配合建州女真八部一起来攻打海西扈伦叶赫女真部。这导致了开原卫明军不得不派出火器手去救援叶赫女真部，又派人向漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗解释诱杀事件和叶赫女真部没有关系。但这却并不能缓和漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗与叶赫女真部的关系，反而让尝到甜头的明建州左卫军民指挥使更加注重和漠南蒙古的关系，还进一步去拉拢和争取孛儿只斤·恩格德尔。3月初7日，明建州右卫军民指挥使的两个儿子（长子：爱新觉罗·阿尔通阿、三子：爱新觉罗·扎萨克图）两人均被兄长明建州左卫军民指挥使派兵诛杀。包括明建州右卫军民总旗：纳拉·武尔坤，也被处死。但明建州左卫军民指挥使的余怒还未消，仍打算将他的次子：爱新觉罗·阿敏，处死，只是在自己的第八子：爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）等人的极力求情下，才逃过一劫免于一死，不过他的一半家产却被没收。面对兄长咄咄逼人的姿态，更让明建州右卫军民指挥使开始向着复仇出发，谁知出兵战败！导致失去了继续抗争的勇气。