2月14日，跟随入李氏朝鲜王国作战的明南镇抚司锦衣卫指挥使：史世用，派出的南镇抚司锦衣卫队侦查之后，得到情报称；李氏朝鲜京畿右道汉城府王京内，有倭军二十万人，且声言幕府关白：丰臣秀吉，欲要亲自出征李氏朝鲜王国？为此明东征提督：李如松，当即就下令诸将们，分布在各处要害之地，扼守大同江等处，又得知幕府兵库小允：平秀嘉，占据了京畿右道竹山都护府龙山县，囤积仓米数十万石。而这龙山县大仓本为李氏朝鲜王国的大仓，里面囤积了李氏朝鲜王国数十年来的粮食。在京畿右道汉城府被倭军占领后，龙山县大仓就成为了汉城府倭军们的军粮库，后来倭军运来的粮食都存放于此地。明东征提督：李如松，得到了这一情报后，他即刻密令明辽东总镇右副总兵：查大受，明御倭副总兵：李如梅，率领敢死队7百名勇士，深夜奇袭龙山县大仓。就这样十三座大仓，数十万石粮食，一夜之间尽被焚烧得干干净净。如此军粮一失，瞬间就让在李氏朝鲜王国半岛的上倭军们，全线进入了被动状态，陷入到了前所未有的困境之中倭军不得已，于4月18日，坚持了两个月彻底搜刮不到粮食之后，商议决定撤离京畿右道汉城府王京，退守到尚庆左道庆州府釜山浦地区。在侵朝倭军退出王京之后，明东征提督就遣将分扼要害，以明东宁卫右参将：李宁、明辽东总镇左副总兵：祖承训，据守在京畿右道开府城，明东征左副总兵：杨元，据守在平安西道平壤府，明东征右副总兵：李如柏，据守在咸镜北道宝山县、明辽东总镇右副总兵：查大受，据守在黄海左道临津江一带，明四川副总兵：刘綎，则据守在尚庆左道庆州府釜山浦海口，至此李氏朝鲜王国的战局略定。不过明东征提督却临时做出了一个决定？那就是宣布停止进攻，全军往北撤回京畿右道开城府，此消息让李氏朝鲜各官员和将领们都大为失望！其中李氏朝鲜兵马佥节制使：李薲，跪地苦劝，怎奈明东征提督却大怒，一脚将他踢翻在地。之后在明东征提督到了开城府时，又传来了幕府第二军右副将：加藤清正，欲偷袭平安西道平壤府的消息？虽然此消息是谣传，因为目前幕府第二军右副将此时已经放弃了咸镜南、北道，正在赶往京畿右道汉城府王京的路上，哪里有功夫偷袭平壤府啊？但明东征提督则是担心失去了这根本之地，便留下明海宁卫游击将军：王必迪，驻守开城府，自己打算亲率大军返回平壤府，待到来年开春时再进军。这一下李氏朝鲜群臣们可就是真的急了。李氏朝鲜领议政：柳成龙，苦苦哀求并跪下来说道“朝鲜语：先王坟墓，都在王京，京畿以南遗民日望王师，吾军将士力弱，正欲倚仗天军，然突然撤退，岂不是前功尽弃也？”
其中李氏朝鲜左议政：尹斗寿，则是跟在明东征提督身前身后，拉扯袖子流泪苦劝，以致有〈泣阁老〉之称。但明东征提督依旧一概没有理会，还是全军拔营开赴平壤府。这让李氏朝鲜军民们失望之余，更有人作诗暗讽明军怯敌，写道“朝鲜语：一自碧蹄衄，壮志乃暗消。还将羁縻计，徒使奴势骄。汉家十万师，不如说舌饶。回首望神都，杀气干云霄。”
虽然站在李氏朝鲜人的立场，希望大明天军能够一鼓作气光复王京，把幕府倭军全部赶到海上去，但是明东征提督不肯进军，也有他说不出的苦衷啊！其一；是兵力不足，大明帝国入李氏朝鲜王国的大军一共才四万多，而倭军仅仅在王京附近就集结了五万人马，在加上沿海的守军一共有十几万，以倭军的作战能力，没有数倍于倭军的兵力，是根本无法取得战场优势的。其二；是军粮不足，由于此时的战线已经从平壤府拉到了开城府，粮草筹集和运输的负担一下子加重，而开城府的粮草又是从忠清左右道和全罗左右道的水路运来，随到随尽，根本不够用！再则自碧蹄馆战后，明东征提督也意识到了战争绝不可能在短时间内结束，并多次对负责筹粮的李氏朝鲜官员大发雷霆，欲加以军法。然而李氏朝鲜官员们却也只能跪在帐下，流涕而已，毕竟是真没粮食。其三；是内部不和，大明南军和北军的矛盾，从平壤府之战中，明蓟州总镇左参将：吴惟忠，率领的蓟州镇步兵（北军）首先攻克了北门牡丹峰。而明京军神机营左参将：骆尚志，则率浙江都指挥使司步兵（南军）首先破城，就连李氏朝鲜王国的文献上也认为大明南军轻勇敢战，是破平壤府大捷的关键。但是明东征提督：李如松，却在给朝廷上报的文书中，把破城的首功记在了自己的嫡系明东征左副总兵：杨元、明东征右副总兵：李如柏，这两位北军将领的头上，才招致了南军将领们的不满。4月20日，明辽东总镇经略：宋应昌，明东征提督：李如松，两人商议之后决定再派明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，前往倭军大本营中议和。临行前明辽东总镇经略还特意交待道“此间和议，汝既专主，吾不当欺李氏朝鲜王国，也亦不敢诬朝廷，尔须率策士五人，领倭众归幕府，受关白降书以来，本部院得此，定会转奏，请旨册封关白为郡王，使之进贡，勿令误事。”
由此可见，明辽东总镇经略赋予了明御倭游击将军与幕府交涉的权利，一是要求倭军从李氏朝鲜王国撤兵，二是要求幕府关白向大明帝国送来投降书。而作为大明帝国回报的条件，则是册封幕府关白：丰臣秀吉，为幕府国王，既〈大明郡王〉，同时准许幕府向大明帝国进行朝贡贸易。恰好幕府关白也是这么想的，他觉得既然拿不下李氏朝鲜王国，又有地方战乱尸体没有处理，而爆发了疫情，还与明军们死磕也不是办法！只能采取休养生息之策，便也同意了双方再次议和。这次和谈，在5月16日，有了初步的结果，由于明辽东总镇经略与明东征提督继续率军南下压境，驱除倭军出全罗左道南原都护府、尚庆右道晋州牧，迫使倭军主力从庆州府釜山浦移驻到了熊川县西生浦。为了不被明军追击，倭军方面同意释放被俘虏的李氏朝鲜庶长子临海大君：李珒，李氏朝鲜庶六子顺和大君：李𤣰，这两位王子和李氏朝鲜兵曹判书：黄廷彧，等人。同时幕府关白还派遣了幕府飞驒守：小西飞（内藤如安）跟随明御倭游击将军：沈惟敬，前来大明帝国落实议和事宜。但幕府关白开出的议和条件，却是要大明帝国天皇帝陛下陪嫁公主殿下，入幕府成为幕府后阳成天皇：周仁，的皇妃？以便于恢复大明、幕府，之间的朝贡贸易关系，两国大臣为通好共立盟誓，在归还占据的李氏朝鲜王国北部四道，同时割让李氏朝鲜王国京畿左右道南半部和全罗左右道、忠清左右道、尚庆左右道，给幕府管理。并且还要求李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，派遣王子以及一两位大臣到幕府为人质，另外李氏朝鲜重臣还要向幕府书写不违背和约的誓词。没想到此举竟然被当朝的明兵部尚书：石星，给全盘默认答应了。另一边在大明帝国的西南方，一股势力正在慢慢崛起，由于统治四川承宣布政使司播州宣慰使司7百多年的杨氏，早已是雄踞一方的霸主，而且新任的明播州宣慰使：杨应龙，此人好斗嗜血，还动辄杀戮村民，并巧取豪夺周边中小土司们的财物。甚至因宠妾的诬告，又将自己的正妻：张春花，给斩杀了！让张氏的娘家〈五司七姓〉的家族者们愤恨不已。都以此为由，使得五司七姓的家族们纷纷写奏折上报朝廷，向大明皇帝弹劾明播州宣慰使之过错。但都一一被朝廷给镇压下来了，毕竟抗倭需要军队，恰好明播州宣慰使又自告奋勇愿亲率五千播州军赴朝讨倭，以便将功赎罪，朝廷考虑到正是用人之际，播州军又有强大的战力，所以明神宗万历显帝：朱翊钧，才答应了他的请求。可在得知倭军已被先期入朝的明军所击溃，才让明播州宣慰使将功赎罪的希望泡汤，而他又认为整个四川都指挥使司的明军弱不经战，对此非常轻视，久欲占据整个四川承宣布政使司准备独霸一方。他的居所全是雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝的行为了。再加上朝廷又一而再，再而三的勘查，让他终于失去了耐心，他将前来勘问的朝廷官员一律都给轰了出去，并且还抗命不出，坚决不配合调查。于是明四川总镇巡抚兼都察院左都御史：王继光、明固原卫总镇总兵：刘承嗣，分路出兵四川承宣布政使司准备强行拘捕明播州宣慰使。但是其兵锋刚抵达楼山关，就遭遇到了明播州宣慰使的投降？这使得明将们犹豫不决，播州军趁着明军不备，暗地里遣兵夺关冲杀明军，导致明军大败死伤过半！随后明四川总镇巡抚被革职查办，朝中官员纷纷表示要严惩杨氏，不过眼下倭情未定，明神宗决定不再生事端。 7月初1日，明神宗下诏撤回明东征提督大军，准备离开李氏朝鲜王国回归到大明帝国境内，只留下明四川总镇副总兵：刘綎，以及明蓟州总镇左参将：吴惟忠，所统之兵合计共有；七千六百人，分守在各处要塞之地。但由于明兵部尚书一意主议和，欲封贡幕府，故此明神宗便下令让明御倭游击将军再次赴倭军大营内议和。