于是他派人成功地招抚了这两个地方的土司，但是孟养长官使司境内，还有密堵城、送速城，仍被缅军占据作为据点。接着明孟养长官使：思威，就想收复这两座城池，便联络了明孟密宣抚使：思化、明蛮莫安抚使：思顺，一起出兵，并要求明军援助。明云南提刑按察使：李材，就派遣明广南卫指挥使：刘天俸，前去配合作战，他们让明广南卫把总：杜斌、明腾冲卫千户：李朝，等将领先行。不过先锋明将带兵不多，且只要新招募的新兵1500人，因此就把许多面明军的旗帜，授予孟养长官使司军队，用来虚张声势迷惑敌人，等待后方大军到来，集合完毕在合围缅军。两军相遇于遮浪城，缅军看见到处都是明军主帅旗帜，如；天子青龙旗，虎豹旗、豹尾旗、朱雀旗、玄武旗、白虎旗、藤蛇旗、以及五方神旗；东方温元帅、南方关元帅、中央王灵官、西方马元帅、北方赵玄坛、金木水火土五旗、太极八卦旗、清道旗、金鼓旗、二十八星宿旗、七十二星将旗、三军司令旗、十二生肖六丁六甲旗、黄底红日旗，等等。这让缅军看了以为是天军将至，纷纷大惊失色！明军与孟养长官使司军队趁机斩杀敌军，杀敌千余人。其中明广南卫把总：杜斌、明腾冲卫千户：李朝，等将领又击破了遮鲁城、哒喇城，等城池，并趁夜包围了密堵城。但密堵城上的缅军巡逻时，意外发现了明军踪迹，吓得缅将散铎：猎挽、缅将大襄长：岳哈，连忙乘战象，率领标枪手数百人由西南方向突围，导致防守该方位的明广南卫把总：杜斌，战死！气得明腾冲卫千户：李朝，大怒不已，他亲率士兵百余人前去拦截，以火砖、火箭，等火器连续朝缅军打去。缅军战象受到惊吓后，四散奔逃，自相践踏而死者，几乎不可胜计，缅将大襄长：岳哈，被流矢击中坠象而死，仅有缅将散铎：猎挽，一路遁逃回阿瓦江。之后，明孟养长官使顺利收复密堵城、送速城，并派兵占领。6月12日，明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·努尔哈赤，再次率军攻打建州女真右卫军民指挥使司哲陈部。这次杀死了哲陈女真部寨主：阿尔太，仅剩下哲陈女真部巴尔达城。故此明建州左卫军民镇抚使就派遣了，明建州左卫军民总旗：钮祜禄·额亦都，前去攻打攻打巴尔达城…。从6月23日开始，北直隶京畿地区连降大雨，官民房屋倒塌不计其数，居民被压死、溺死者亦不计其数，民饥困不堪。6月29日，明神宗：朱翊钧，急忙传令明顺天府府尹：周继，加意赈恤，贫困户每人发米五斗、银五钱，压死者，每人一石、银一两，伤者，米七斗、银七钱。7月10日，大明南北各地相继发生旱涝，灾情严重，先是黄河决堤水淹河南承宣布政使司开封府，再到河南府陕州、灵宝县，附近一带府州县大雨不止，漂没人畜不计其数。北直隶京畿通州三卫大风大雨连绵，漂损漕米八千一百七十三石。7月21日，江北蝗灾、陕西承宣布政使司大旱、江南大雨，据明户部右侍郎：孙丕扬，上奏称“黄河饥民食草木，陕西承宣布政使司富平县、蒲城县、同官县，等诸县皆食石头，今海内困于加派，请酌定岁用，清难裁之冗，息难支之民。”
明神宗见饥民以石为粮，立刻传令停止先年不时征取，并派遣官员分往各方进行救济。8月初9日，明建州左卫军民总旗到达浑河女真部时，因河水涨潮无法渡过，只能以绳索将士兵乘坐的船只相互连接起来。在渡河后，明建州左卫军民总旗连夜就袭击了巴尔达城，守军们没有任何防备就仓促应战，被明建州左卫军民总旗率领士兵奋勇杀敌，捷足先登攻占了城楼。虽然明建州左卫军民总旗身上创伤有五十多处，但他依然坚持不退！最后还一鼓作气攻占了巴尔达城，因此明建州左卫军民总旗获得了，明建州左卫军民镇抚使赐予的建州左卫女真「巴图鲁」勇士称号。随后再由明建州左卫军民镇抚使，以佟·努尔哈赤，为名继续领兵攻打洞城女真部。吓得洞城女真部城主：扎海，直接开城投降，至此哲陈女真部完全被建州左卫军民指挥使司给吞并。9月16日，卫拉特厄鲁特部又以5百多名骑兵，先攻西宁卫，再劫南川伏羌堡，明军出击遭遇败绩，导致明西宁卫副总兵：李魁，阵亡！使得明军死伤860多人。11月初9日，明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·努尔哈赤，在经过一年休养生息之后，担心自己频繁出兵会被朝廷怀疑，容易引起大明帝国的关注？毕竟自己还隶属于明建州左卫军民指挥使：松塔，麾下部将，只是目前挑唆他，以自己的假名字为由，出兵征服其余女真部落而已。因此就经常前去讨好大明辽东都指挥使司官员，还向明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，送礼并把自己的长子：爱新觉罗·褚英，送去李总镇总兵府上当做人质。以此来保证建州左卫军民指挥使司听命于大明帝国，归属于辽东都指挥使司统辖区内，毕竟自己刚刚干掉了李太保要拥立的对象，明苏克素浒河部图伦城主：佟佳·布库录（汉名：尼堪外兰）对于这种极限挑战，要是没有把柄在别人手上，那么下一个被灭的，将会是建州左卫军民指挥使司。所以这种密切的关系，也使得明辽东总镇总兵：李成梁，很是看重。他一方面继续实行大明帝国的政策，对于边疆外族采取「扶弱抑强」的做法，一方面又大力支持建州左卫军民指挥使司这个刚刚崛起的女真部族，作为铲除辽东都指挥使司女真各部势力的对象，称为〈以夷制夷〉攻略。再加上之前明建州左卫军民镇抚使，又曾是自己府中的用人，而且还有上司明建州左卫军民指挥使压制着，故此双方也比较了解，可以互相利用。明万历十六年公元1588年正月初9日，在湖广承宣布政使司黄州府蕲州有百姓：刘汝国，因之前参加梅堂军领导的农民造反事件，又在梅堂军首领：王安，被杀之后继任首领。现在被明军追捕潜逃到了湖广承宣布政使司黄州府，与南直隶安庆府太湖县、宿松县，一带地区重新集结力量抗明，自称为「顺天安民王」。恰好时值旱灾，饥民多数从之，队伍迅速发展到了数万人，以焚烧官府、驿站，劫掠富商乡绅田产粮食为生，用来救济广大饥民，并与官军展开殊死搏斗。乱民们先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军，被斩于安庆卫指挥所。部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。2月11日，居住在叶赫女真部与哈达女真部交界处的，纳拉·康古鲁，依旧不太老实，他经常联合其余漠南蒙古部众侵略犯边。惹得辽东都指挥使司大怒，决定向叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，索要纳拉·康古鲁，可这过程中，却始终受到海西扈伦叶赫女真部干扰，并禁止明军进入领地，还借故出兵攻打哈达女真部，因此辽东都司府决定对其实施加军事打击。3月初2日，明辽东总镇总兵兼太子太保：李成梁，统帅；海州卫、辽阳卫、定辽中卫，明军以三日急行军快速奔袭，率军赶至开原卫境内。为了防止哈达女真部属下的军士遭受误杀，明辽东总镇总兵就命令哈达女真部士兵皆以白布绑在手臂上，以作辨认标记。到了鸡鸣时分，明辽东总镇总兵督军急行三十里，从辽东都指挥使司威远堡直扑海西扈伦叶赫女真部的落罗寨。此刻落罗寨内守军们，一见领头的哈达女真部军队旁边，还有大量明军，便不敢率众抵抗，随即打开寨门迎降。明辽东总镇总兵就命领明军竖起一面大明旗帜于寨门前，并派十个明军守护，严令军士不得侵扰军民。在以落罗寨守军为向导，直奔叶赫女真部西城而去。此刻叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布寨，在见到明军突然到来时，吓得直接弃城而逃，一直逃到东城，去投奔了叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，打算商议对策。很快叶赫女真部西城贝勒的兵马，就与东城贝勒汇合在一起了，于东城外隔道结阵与明军相拒。虽然明辽东总镇总兵督军甚严，以火器攻城，但明军惧怕叶赫女真部东城军队的骁勇，不敢先发起进攻，仅有哈达女真部军队从旁配合。在两军相拒之中，叶赫女真部东城贝勒突然率骑兵向明军发起进攻，当即杀死明军三十人，才返回。见到自己的队伍受挫后，明辽东总镇总兵立即下令大队人马全线出击，力图重创叶赫女真部东城军队。由明辽阳卫游击将军：吴希汉，率部首先冲击到叶赫女真部东城军队前方，看得叶赫女真部东城贝勒大惊失色，连忙一声令下，箭如飞蝗般射向明军。明辽阳卫游击将军当场被射中一箭手臂血流不止，其弟明定辽中卫总旗：吴希国，见到哥哥身受重伤，急忙冲入叶赫女真部东城军队阵中，斩杀射伤哥哥的叶赫女真部东城士兵，自己亦受重伤。同时明军主力在明辽东总镇总兵的严令下，结队如墙壁般推进，明军铳炮齐发，打得叶赫女真部东城军队开始节节败退撤入城中。