而叛国投缅的明伪陇川宣抚使：岳凤，及其子：岳襄乌，则被押送到大明帝都北直隶京畿顺天府紫禁城内处死，边境地区的土司们纷纷重新归顺到大明帝国门下。7月13日，负责籍没前任明内阁首辅：张居正，府中财产的官兵们开始登记人口，封锁门户。此举导致大批人员饿死或者被杀，正当处置张府家族时，年近80多岁的明一品诏命夫人：张老太，亲眼目睹孙媳们一个个投环求死不得，复用匕首刺目，血流不止，左目遂瞎。而先前长孙明礼部主事：张敬修，被抓下狱自杀，次孙明翰林院编修：张嗣修，被发配边疆充军（待罪之身）三孙明江陵县状元：张懋修，投井自杀未成功又绝食自尽也失败，一同被发配边疆充军。四孙明南镇抚司锦衣卫指挥同知：张简修，是武壮士出生又娶了明陕西三边总督兼北直隶刑部尚书领南直隶兵部尚书：王之诰，的女儿，因此只是被贬为庶民，免去一劫。唯有五孙明尚宝司司丞：张允修，听闻风声之后，就逃到湖广承宣布政使司荆州府江陵县老家山林之中隐居起来。以及六孙：张静修，由于年纪尚幼，未授予任何官职，又在亲朋好友的帮助下逃到德安府应城县躲过一劫。就在官兵们动手抓捕明一品诰命夫人，并上奏准备用刑之际，明内阁首辅兼文渊阁大学士：申时行、明都察院左副都御史兼刑部尚书：潘季驯，有些于心有不忍，就上疏明神宗：朱翊钧，他们认为（治张阁老之狱太急，至于奄奄待毙之老母，茕茕无倚之诸孤，行道之人皆为怜悯。）但是明神宗看后却有些不悦，恰好明都察院江西道监察御史：李植、明都察院河南道监察御史：江东之，等人与明内阁首辅兼文渊阁大学士：申时行、明吏部尚书：杨巍，互相攻击弹劾对方。明刑部尚书：潘季驯，则帮助内阁打压其余弹劾官员。于是明都察院江西道监察御史就以党庇张居正，「朋党奸逆，诬上欺君」言辞刻薄，呈交给皇帝陛下观看，让明神宗大为喜悦，即刻就令明刑部尚书自辩。谁知明刑部尚书上疏认罪，却被削籍为民。8月初5日，广西都指挥使司平乐守御千户所内，发生了因军饷分赏不均，而导致士兵们闹事，杀死打伤了四十余人，并逮捕明平乐县知县：王佩摇，还企图索要粮饷。于是当地州府立刻命令官兵前往讨伐，参加兵变者几乎全部被杀尽，首要分子明平乐守御副千户：徐凯，被俘不屈自缢身亡。之后由明都察院右副都御史兼广西总镇巡抚：吴文华，奏报朝廷，明神宗特此下令将明平乐府知府：周祈，逮捕入京问罪。9月13日，朝廷升孟密安抚使司为孟密宣抚使司，并任命明腾越州副总兵：刘綎，为临安府兼元江军民府左参将，移镇蛮莫安抚使司。为了对付缅军的象阵，明临安府兼元江军民府左参将：刘綎，还买了大象，临阵演习兵马冲锋，这些措施巩固了云南承宣布政使司的边防，也加强了抵御缅军入侵的力量。10月22日，明平乐府知府被押解至京，明神宗欲重治其罪，因阁臣搭救，才从宽处置革职为民。12月11日，建州左卫军民指挥使司女真部族人们认为，朝廷既以授封爱新觉罗·努尔哈赤为建州左卫军民千户，而他却还不领情！依旧在练兵准备攻打明苏克素浒河部图伦城主：佟佳·布库录（汉名：尼堪外兰）报仇。导致他的四族叔：爱新觉罗·龙敦，又起杀意，甚至有些人，也反对他掌管千户所事务，并向明建州左卫军民指挥使：松塔，反映情况。不过明建州左卫军民指挥使却碍于他勇猛，且与朝廷有关系，故此没太在意！随后四族叔就唆使了明建州左卫军民千户：爱新觉罗·努尔哈赤，的庶母弟（堂弟）：爱新觉罗·萨木占，合谋由兆佳女真部城主：李岱，出面去导引海西女真哈达部抢劫建州左卫军民指挥使司治下的瑚齐寨。而爱新觉罗·萨木占，则谋害了明建州左卫军民千户的得力助手，练兵主帅既；明建州左卫军民千户的妹夫，明建州左卫军民百户：噶哈善·哈思虎，致使他本部麾下的兵马无人训练。但明建州左卫军民千户却并没有闲着，他一心想要报仇，更想要谋夺军民卫指挥使的官职，便决定先稳住族内势力，再图出征之事。明万历十三年公元1585年正月19日，四川都指挥使司治下的叙南卫建武守御千户所士兵骄纵，不听节制，并要求预给当月钱粮。这让明叙南卫总兵：沈思学，得知消息后，当即下令革去闹事官兵，也引得其余士兵们不服，连夜发生哗变起事，放火焚烧了总兵府官署，还打伤了沈总兵，就连明四川总镇巡抚兼都察院右佥都御史：雒遵，都控制不了这个局面。只得上奏给朝廷，请求明神宗派兵镇压，并把明叙南卫总兵革职查办。正月21日，明建州左卫军民千户：爱新觉罗·努尔哈赤，获悉海西女真哈达部是被内部人员引诱进来，的这个情况后，他决计先发制人，向兆佳女真部城主：李岱，发动攻击。时值大雪纷飞，建州左卫军民指挥使司女真兵由瑚齐寨至兆佳城，需要翻越噶哈岭，此处山势陡峭，道路难行。士兵们刚到达岭前，便有人畏怯意图后退，被明建州左卫军民千户得知后，一方面晓喻兵将树立信心，另一方面则周密布置，他率先凿山为磴，命令士卒们用绳子连马，前拉后推鱼贯而上，很快就围困住了兆佳城。而兆佳女真部城主事先接到密报，已聚兵登城早有戒备，让明建州左卫军民千户见状，不得不亲自身先士卒奋力强攻。其中明建州左卫军民总旗：钮祜禄·额亦都，率先登上城墙领兵跟进，守城的兆佳女真兵们力不能支，出现了全线溃败的情况，导致兆佳女真部城主被俘。同时在北直隶京畿顺天府紫禁城内，明神宗召明通政使司左通政：海瑞，为南直隶都察院右佥都御史，命他即刻赴任。当时明南直隶都察院右佥都御史：海瑞，已经七十二岁了，他直言上疏称自己衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，并列举出明太祖吴王洪武高皇帝陛下刑法，剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法多达八十贯，用以判处绞刑的规定。并且还说应当用这样的方法，来惩治贪污，其它谋划时政，言语极为切实，只有劝皇帝用暴虐刑法才能治国。然而当时南北直隶都察院的官员们评议，都认为这样做是错误的？故此由明都察院经历使：梅鹍祚，出面弹劾明南直隶都察院右佥都御史：海瑞。好在明神宗明察秋毫，认为明南直隶都察院右佥都御史言论虽有过失，却清楚的意识到海大人的忠诚，为此只是免去明都察院经历使的俸禄，并改任海瑞为南直隶吏部右侍郎。3月10日，朝廷下令明元江军民府知府：那恕，去招抚明车里军民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年间，车里军民宣慰使司就曾以大车里（既；宣慰使司南部）应缅甸军民宣慰使司，而以小车里（既；普洱县一带）应大明帝国。这次在明军对缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明帝国，并进献训象、金屏、象牙诸物，以谢罪。在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的车里军民宣慰使官职。4月初10日，礼部重修「大明会典」，要刑部提供有关法律资料，明刑部尚书：舒化，与明吏部尚书：杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。5月19日，明神宗早朝退了之后，以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事。明陕西总镇巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，趁机上奏疏称“总镇巡抚、总镇巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，总镇巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”
此刻明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若总镇巡抚、总镇巡按，官员不亲历地方，而专委小官，岂不误事也！”
但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖总镇巡抚、总镇巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若总镇巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”
明神宗则说“总镇巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”
立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”
由此引起了明神宗的注意。6月17日，四川都指挥使司叙南卫建武守御千户所，参加哗变的士兵将领如；明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州蕃人联合起来集结成48寨，北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。